En raison des limitations matérielles de la console, le système de jeu ressemble plus à celui de Space Harrier, s'éloignant du genrerail shooter en 3Dpolygonale des deux premiers Panzer Dragoon. Le joueur contrôle un dragon, parmi trois proposés, et doit soit tirer sur ses ennemis pour les abattre, soit les éviter, cette seconde solution constituant le meilleur moyen de progresser dans le jeu[2]. À la fin de chaque niveau, le joueur affronte deux boss et s'il sort gagnant du combat, un mot de passe apparaît, lui permettant de reprendre la partie ultérieurement.
Dans cet épisode, le dragon n'est chevauché par aucun pilote[2].
