Crystallographic Information File

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
Aller à : navigation, rechercher

Crystallographic Information File (CIF) est un format de fichier texte standard pour échanger des informations sur la structure des cristaux prescrit par l'Union internationale de cristallographie (IUCr).

Historique[modifier | modifier le code]

Le format CIF fut développé par le groupe de travail sur l'information cristallographique de l'IUCr (IUCr Working Party on Crystallographic Information) dans un effort sponsorisé par la commission pour les données cristallographiques de l'IUCr (IUCr Commission on Crystallographic Data) et la commission pour les journaux de l'IUCr (IUCr Commission on Journals). Ce format de fichier fut publié pour la première fois par Hall, Allen et Brown[1] et a depuis été révisé, la version actuelle étant la version 1.1[2]. La description complète du format est disponible sur le site de l'IUCr[3]. Plusieurs programmes de représentation visuelle de molécules et de cristaux sont compatibles avec ce format, dont Jmol.

Le format mmCIFpour les macromolécules, alternatif au format utilisé pour la banque de données PDB, est très proche du format CIF. Le Crystallographic Information Framework est également en rapport étroit avec le sujet. Il s'agit un système de protocoles d'échange basés sur des dictionnaires de données et les règles afférentes qu'on peut exprimer sous divers formats informatiques, en particulier CIF et XML.

Contenu d'un fichier CIF[modifier | modifier le code]

À partir du fichier CIF d'un cristal, il doit être possible de décrire complètement sa structure cristalline. On y retrouve donc principalement les informations suivantes :

D'autres informations sont aussi souvent présentes[4] :

  • le nombre d'oxydation des atomes ;
  • les paramètres de déplacement atomiques, isotropes ou anisotropes (agitation thermique, etc.).

Exemple de fichier CIF[modifier | modifier le code]

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. (en) S. R. Hall, F. H. Allen et I. D. Brown, « The crystallographic information file (CIF): a new standard archive file for crystallography », Acta Crystallogr. Sect. A, vol. 47, no 6,‎ novembre 1991, p. 655-685 (ISSN 0108-7673, DOI 10.1107/S010876739101067X, lire en ligne)
  2. (en) I. D. Brown et B. McMahon, « CIF: the computer language of crystallography », Acta Crystallogr. Sect. B, vol. 58, no 3,‎ juin 2002, p. 317-324 (ISSN 0108-7681, PMID 12037350, DOI 10.1107/S0108768102003464)
  3. (en) « Crystallographic Information Framework », sur Union internationale de cristallographie (consulté le 28 août 2010)
  4. (en) S.R. Hall, F.H. Allen et I.D. Brown, International Tables for Crystallography Volume G : Definition and exchange of crystallographic data,‎ 2005 (lire en ligne), chap. 4.1 (« Core dictionary (coreCIF) »)
  5. (en) B. E. Warren et W. L. Bragg, « Atomic arrangements in silicates », Z. Kristall., vol. 69,‎ 1928, p. 168-193 (ISSN 0044-2968)