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Heterokonta

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Heterokonta
Description de cette image, également commentée ci-après
Phytophthora porri sur une feuille
de poireau (Allium porrum)
Classification WoRMS
Règne Chromista
Sous-règne Harosa

Infra-règne

Heterokonta
Cav.-Sm., 1986[1]

Synonymes

Embranchements de rang inférieur

Les Heterokonta[2],[3] sont un infra-règne d'organismes eucaryotes caractérisés par l'existence, au cours de leur cycle, d'une cellule biflagellée avec deux flagelles différents : un flagelle lisse et un flagelle plumeux à mastigonèmes tubulaires tripartites.

Les Hétérokontes, ou Hétérocontes, ont investi des niches écologiques très variées. Certaines sont des algues, principalement brunes (Laminariales), et pratiquent la photosynthèse, comme l'embranchement des Ochrophytes. On y retrouve également des protistes d'importance majeure, telle que les diatomées, un des composants principaux du plancton. Ou encore, l'Oomycète parasitique Phytophthora, le pseudo-champignon qui causa la Grande Famine Irlandaise de 1845.

L'infra-règne des Heterokonta ne doit pas être confondu avec l’ancienne classe des Heterokonta ou Heterokontae (Luther 1899) qui désigne principalement les Xanthophyceae actuelles[4],[5]. C’est seulement à partir de 1995, que le terme désigne les Stramenopiles ou Heterokonta Cav.-Sm., 1995[6].

Dans la classification proposée par Thomas Cavalier-Smith, le taxon des Heterokonta forme un infra-règne dans le règne des Chromista[2]. Ils comprennent trois embranchements :

Cavalier-Smith (2010 dans son supplément[3]) indique que le taxon des Heterokonta Cavalier-Smith 1986 relève du CINZ (nomenclature zoologique) puisqu'il est majoritairement formé d'organismes qui n'ont traditionnellement pas été étudiés par les botanistes et les phycologues. Seuls les Ochrophytes et les Oomycètes relèvent du CIN (nomenclature botanique).

Étymologie

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Le nom dérive du grec ἕτερος / héteros, « différent, autre » et κοντός / kontós, « perche, bâton, javelot », en référence à l'existence, au cours de leur vie, d'une cellule biflagellée ayant deux flagelles différents : l'un lisse, l'autre plumeux.

Variantes dans la classification

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Selon Margulis & Chapman (2009)[9] :

  • Règne des Protoctista (Hogg 1860)
    • Sous-règne (Division) des Heterokonta (Stramenopiles)
      • Phylum des Bicosoedida
      • Phylum des Jakobida
      • Phylum des Proteromonadida
      • Phylum des Kinetoplastida
      • Phylum des Euglenida
      • Phylum des Hemimastigota
      • Phylum des Hyphochytriomycota
      • Phylum des Chrysomonada
      • Phylum des Xanthophyta
      • Phylum des Phaeophyta
      • Phylum des Bacillariophyta
      • Phylum des Labyrinthulata
      • Phylum des Plamodiophora
      • Phylum des Oomycota

Concernant les Protozoaires, Margulis et Chapman dans Kingdoms & Domains (2009) utilisent Heterokonta (Stramenopiles) en incluant, dans leur sous-règne ou division, les euglènes et les trypanosomes mais pas les opalines.

Selon ITIS (17 septembre 2022)[10] :

World Register of Marine Species (29 janvier 2022)[11] : cinq phylum

Taxons de rang inférieur

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Phylogénie

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Article détaillé : Heterokonta (classification phylogénétique).

Cladogramme basé sur les travaux de Ruggiero et al. 2015 & Silar 2016[12],[13],[14] :



Platysulcidae Shiratori, Nkayama & Ishida 2015




Sagenista s.s.

Eogyrea



Labyrinthulea






Bikosea Cavalier-Smith 2013



Placidozoa

Placididea Moriya, Nakayama & Inouye 2002




Nanomonadea Cavalier-Smith 2013




Opalomonadea Cavalier-Smith 2013


Opalinata

Blastocystea Zierdt et al. 1967



Opalinea Wenyon 1926 emend. Cavalier-Smith 1993






Gyrista

Bigyromonadea Cavalier-Smith 1998




Oomycota Arx 1967




Hyphochytriomycota Whittaker 1969




Pirsoniales Cavalier-Smith 1998


Ochrophyta
Khakista

Bolidophyceae Guillou & Chretiennot-Dinet 1999



Bacillariophyceae Haeckel 1878



Phaeista
Hypogyristea s.s.

Dictyochophyceae Silva 1980 s.l.


Chrysista

Eustigmista

Pinguiophyceae Kawachi et al. 2002



Eustigmatophyceae Hibberd & Leedale 1971





Phagochrysia

Picophagea Cavalier-Smith 2006




Synchromophyceae Horn & Wilhelm 2007




Leukarachnion Geitler 1942



Chrysophyceae Pascher 1914





Xanthophytina
Raphidoistia

Raphidophyceae s.l.


Fucistia

Phaeophyceae Hansgirg 1886




Chrysomerophyceae Cavalier-Smith 1995




Phaeothamniophyceae Andersen & Bailey 1998 s.l.



Xanthophyceae Allorge 1930 emend. Fritsch 1935


















Controverse de nomenclature

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Initialement, le terme « straménopiles » (du latin stramen, straminis, et pilus : organismes à « pelage » en forme de « feuillage »).) était un terme informel inventé par Patterson[15] c'est-à-dire un mot descriptif anglais n'ayant pas vocation à servir comme nom scientifique latin d'un taxon. Il a ensuite été maladroitement latinisé en « Stramenopiles » par d'autres auteurs[16]. En conséquence, du point vue de la nomenclature botanique, le terme Straménopile, restant un synonyme taxinomique du terme originel Heterokonta, il est donc formellement invalide aux regard des codes de nomenclature du fait du principe d'antériorité.

L'origine du terme straménopile est explicitée dans le passage suivant d’Adl et al. (2005)[17] :

« Regarding the spelling of Stramenopile, it was originally spelled stramenopile. The Latin word for ‘‘straw’’ is ; d'autres ont corrigé l'orthographe latine en straminopiles. stramine-us, -a, -um, adj. [stramen], made of straw—thus, it should have been spelled Straminopile. However, Patterson (1989)[18] clearly stated that this is a common name (hence, lower case, not capitalized) and as a common name, it can be spelled as Patterson chooses. If he had stipulated that the name was a formal name, governed by rules of nomenclature, then his spelling would have been an orthogonal mutation and one would simply correct the spelling in subsequent publications (e.g. Straminopiles). But, it was not Patterson’s desire to use the term in a formal sense. Thus, if we use it in a formal sense, it must be formally described (and in addition, in Latin, if it is to be used botanically). However, and here is the strange part of this, many people liked the name, but wanted it to be used formally. So they capitalized the first letter, and made it Stramenopiles. »

« En ce qui concerne l'orthographe de Stramenopile, il était à l'origine orthographié stramenopile. Le mot latin pour « paille » est stramine-us, -a, -um, adj. [stramen], fait de paille - ainsi, il aurait dû être orthographié Straminopile. Cependant, Patterson (1989) a clairement indiqué qu'il s'agit d'un nom courant (donc, en minuscules, non en majuscules) et qu'en tant que nom commun, il peut être orthographié comme Patterson le souhaite. S'il avait stipulé que le nom fut un nom formel, régi par des règles de nomenclature, alors son orthographe aurait été une mutation orthogonale et on aurait simplement corrigé l'orthographe dans les publications ultérieures (par exemple Straminopiles). Mais ce n’était pas le désir de Patterson d’utiliser le terme dans un sens formel. Ainsi, si nous l'utilisons dans un sens formel, il doit être formellement décrit (et en plus, en latin, s'il doit être utilisé en botanique). Cependant, et voici la partie étrange de ceci, beaucoup de gens ont aimé le nom, mais voulaient qu'il soit utilisé formellement. Alors ils ont mis la première lettre en majuscule et en ont fait des Stramenopiles. »

Lecointre & Le Guyader (2006)[19] emploient le terme Straménopiles dans la langue française.

Le comité Adl et al. (2012)[20] de la Société internationale des protistologistes entérine Stramenopiles Patterson 1989.

Le taxon constitue un cas de conflit de nomenclature. En effet, certains biologistes, entre autres des mycologues et des parasitologistes (étudiant les parasites fongiques des plantes, des algues et des invertébrés), confondent ou assimilent les taxons Stramenopila (aussi écrit Straminipila) et Chromista en tant que règne[21],[22],[23],[24].

Notes et références

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  1. ↑ Cavalier-Smith, T. 1986. The kingdom Chromista: origin and systematics. In: F. E. Round and D. J. Chapman, eds. Progress in Phycological Research. BioPress Ltd. Bristol, UK. vol. 4, 309–347.
  2. ↑ a et b (en) Cavalier-Smith T, « Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree », Biol. Lett., vol. 6, no 3,‎ , p. 342–5 (PMID 20031978, PMCID 2880060, DOI 10.1098/rsbl.2009.0948, lire en ligne)
  3. ↑ a et b (en) Thomas Cavalier-Smith, « Supplementary material for : Kingdoms Protozoa and Chromista and the eozoan root of the eukaryotic tree », sur Biology Letters, (consulté le ).
  4. ↑ Voir « Systématique / Procaryotes ; Plantes I : Phycobiontes », p. 549 dans Gunther Vogel et Hartmut Angermann, Atlas de la Biologie, « Encyclopédies d'aujourd'hui », La Pochothèque, Le Livre de poche, Librairie Générale Française, 1994, xiv + 641 p. (ISBN 2-2530-6451-3) [Édition originale (de) dtv-Atlas zur Biologie, Deutscher Taschenbuch Verlag, GMBH & CO. KG, Munich, 1984. (OCLC 605921149)]
  5. ↑ J. Feldmann in H. des Abbayes, M. Chadefaud, Y. de Ferré, J. Feldmann, H. Gaussen, P.-P. Grassé, M.C. Leredde, P. Ozenda, A.R. Prévot, Botanique, anatomie - cycles évolutifs : systématique, Paris, Masson et Cie, coll. « Précis de Sciences Biologiques publiés sous la direction du Pr Pierre-P. Grassé », , 1039 p., Les algues, p. 83-249
  6. ↑ Voir en particulier les ouvrages :
  7. ↑ Corinne Fortin, Guillaume Lecointre (dir.), Alain Bénéteau (dessins), Thomas Haessig (dessins) et Dominique Visset (dessins), Guide critique de l'évolution, Paris, Belin, , 571 p. (ISBN 978-2-7011-4797-0, OCLC 965978019).
  8. ↑ (en) Carl R. Woese, Otto Kandlert & Mark L. Wheelis, "Towards a natural system of organisms : Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya", Proc. Natl. Acad. Sci. USA, Vol.87, n° 12, 1-er juin 1990, p. 4576-4579, DOI 10.1073/pnas.87.12.4576
  9. ↑ (en) Lynn Margulis & Michael J. Chapman, Kingdoms & Domains : An Illustrated Guide to the Phyla of Life on Earth, 4th edition, Academic Press, Boston, 2009, 731 p. (ISBN 978-0-12-373621-5)
  10. ↑ Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 17 septembre 2022
  11. ↑ World Register of Marine Species, consulté le 29 janvier 2022
  12. ↑ Ruggiero et al., « Higher Level Classification of All Living Organisms », PLOS ONE, vol. 10, no 4,‎ , e0119248 (PMID 25923521, PMCID 4418965, DOI 10.1371/journal.pone.0119248 Accès libre, Bibcode 2015PLoSO..1019248R)
  13. ↑ Silar, Philippe, « Protistes Eucaryotes: Origine, Evolution et Biologie des Microbes Eucaryotes », HAL Archives-ouvertes,‎ , p. 1–462 (lire en ligne)
  14. ↑ Thomas Cavalier-Smith et Josephine Margaret Scoble, « Phylogeny of Heterokonta: Incisomonas marina, a uniciliate gliding opalozoan related to Solenicola (Nanomonadea), and evidence that Actinophryida evolved from raphidophytes », European Journal of Protistology, vol. 49, no 3,‎ , p. 328–353 (PMID 23219323, DOI 10.1016/j.ejop.2012.09.002)
  15. ↑ « Patterson's (1994) informal unranked group 'stramenopiles' is identical in phylogenetic concept to the infrakingdom Heterokonta. » Dans : Thomas Cavalier-Smith, 1998. A revised six-kingdom system of life. Biol. Rev. 73 : 203-266.
  16. ↑ Adl SM, Simpson AG, Farmer MA, et al., « The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists », J. Eukaryot. Microbiol., vol. 52, no 5,‎ , p. 399–451 (PMID 16248873, DOI 10.1111/j.1550-7408.2005.00053.x)
  17. ↑ Adl, S. M. et al. (2005). « The new higher level classification of eukaryotes with emphasis on the taxonomy of protists ». Journal of Eukaryotic Microbiology 52 : 399-451.
  18. ↑ Patterson, D. J. (1999). The diversity of eukaryotes. American Naturalist 154: S96-S124
  19. ↑ Guillaume Lecointre et Hervé Le Guyader, Classification phylogénétique du vivant, Paris, Belin, , 3e éd. (1re éd. 2001), 559 p., 1 vol. + 1 livret des arbres de la classification phylogénétique (ISBN 2-7011-4273-3), p. 118-119
  20. ↑ (en) Sina M. Adl, Alastair G. B. Simpson, Christopher E. Lane, Julius Lukeš, David Bass, Samuel S. Bowser, Matthew W. Brown, Fabien Burki, Micah Dunthorn, Vladimir Hampl, Aaron Heiss, Mona Hoppenrath, Enrique Lara, Line Le Gall, Denis H. Lynn, Hilary McManus, Edward A. D. Mitchell, Sharon E. Mozley-Stanridge, Laura W. Parfrey, Jan Pawlowski, Sonja Rueckert, Laura Shadwick, Conrad L. Schoch, Alexey Smirnov et Frederick W. Spiegel, « The Revised Classification of Eukaryotes », Journal of Eukaryotic Microbiology, vol. 59, no 5,‎ , p. 429-514 (ISSN 1066-5234, DOI 10.1111/j.1550-7408.2012.00644.x, lire en ligne)
  21. ↑ (en) Constantine John Alexopoulos, Charles W. Mims et Meredith Blackwell, Introductory Mycology : 4th Edition, New York, John Wiley & Sons, , 4e éd. (1re éd. 1952), x + 868 (ISBN 0-471-52229-5)
  22. ↑ (en) Michael W. Dick, Straminipilous Fungi : Systematics of the Peronosporomycetes Including Accounts of the Marine Straminipilous Protists, the Plasmodiophorids and Similar Organisms, Dordrecht (Pays-Bas), Kluwer, , xv + 670 (ISBN 0-7923-6780-4)
  23. ↑ (en) Eleanor Lawrence (dir.), Henderson's Dictionary of Biology : Fourteenth Edition, Harlow (Essex), Pearson Education, , 14e éd. (1re éd. 1920), xii + 759 (ISBN 978-0-321-50579-8, lire en ligne), p. 744-745
  24. ↑ (en) Gordon W. Beakes et Satoshi Sekimoto, « Chapter 1 : The evolutionary phylogeny of Oomycetes—Insights gained from studies of holocarpic parasites of Algae and Invertebrates », dans Kurt Lamour & Sophien Kam (ed.), Oomycete Genetics and Genomics : Diversity, Interactions, and Research Tools, Hoboken (New Jersey), Wiley-Blackwell, John Wiley & Sons, , xvii + 574 (ISBN 978-0-470-25567-4, lire en ligne), p. 4-5

Références taxinomiques

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