Le fleuve St. Johns est important pour l'effort de l'Union dans la prise de la Floride. Si les fédéraux contrôlent le fleuve St. Johns alors ils pourront lancer des raids sur les positions confédérées à l'intérieur de la Floride et aussi utiliser le fleuve comme une barrière pour le contrôle de l'est. L'Union veut contrôler le nord de la Floride et l'utiliser comme un refuge pour les esclaves en fuite et utiliser sa position pour entamer la Reconstruction de la Floride. Les fédéraux occupent d'abord Jacksonville, en . Les canonnières fédérales stationnées à Mayport Mills opèrent en amont et en aval du fleuve.
Au début de la guerre, afin d'arrêter le mouvement des bâtiments de la marine de l'Union an amont du fleuve St. Johns, le brigadier-général confédéré Joseph Finnegan met en place une batterie d'artillerie à St. Johns Bluff, sur le côté sud de la rivière, à 29 kilomètres (18 miles) en aval de Jacksonville, en Floride. Les victoires de l'Union à fort Donelson et fort Henry obligent les confédérés de Floride à partir dans le Tennessee pour renforcer l'armée confédérée. Avec peu de ressources, Finnegan réussit à fortifier St. Johns Bluff où les troupes confédérées emploient des esclaves pour construire des défenses[3]. Cela fait partie d'une série d'ouvrages confédérés de défense qui sont construits à proximité de Fort Caroline et de Yellow Bluff Fort.
Le , les confédérés ouvrent le feu sur la canonnière de l'Union USS Uncas approchant de la falaise. L'USS Patroon rejoint l'USS Uncas et ouvre le feu sur la falaise, mais ne parvient pas à détruire la position confédérée. L'Union envoie plus de 800 soldats en Floride, à partir de la Caroline du Sud pour prendre la falaise s'attendant à un obstacle difficile. Les renforts de l'Union arrivent le à Mayport Mills. Le lendemain, les soldats de l'Union sous les ordres du brigadier-général J. M. Brannon approchent de la falaise par l'arrière. Le colonel confédéré Charles F. Hopkins est en proie à la panique en raison des renforts de l'Union approchant par l'arrière et des canonnières de l'Union tirant encore sur la falaise. Le capitaine Winston Stephens croit que la position confédérée peut repousser l'assaut fédéral. Cependant, Hopkins décide d'ordonner une retraite de la position confédérée les et . Les fédéraux occupent la position confédérés et de la saisissent des canons. Deux jours plus tard, le , les fédéraux se déplacent à proximité sur Yellow Bluff Fort qui a été aussi évacué[4].
Jacksonville est réoccupée le , après la victoire de l'Union à St. Johns Bluff. Finnegan pense que la retraite de Hopkins de St. Johns Bluff est une « grosse bavure militaire », mais Hopkins a toujours défendu sa décision de retraite. La menace confédérée dans le nord de la Floride n'empêche plus les fédéraux de prendre le fleuve St. Johns et Jacksonville[5],[6].
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Brigadier-général Joseph Finnegan
Capitaine confédéré Winston Stephens
Brigadier-général John M. Brannan
