APOBEC

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APOBEC, est l'acronyme anglophone de « Apolipoprotéins B mRNA editing enzyme, catalytic polypeptide-like" («enzyme d'édition d'ARNm de l’apolipoprotéine B, qui se comporte comme un polypeptide catalytique»).
APOBEC désigne une famille de cytidine désaminases, conservées de manière évolutive.

L’édition d’ARNm est l’un des mécanismes de génération de diversité protéique. Les membres de cette famille de protéines sont des enzymes d'édition de C-vers-U, c’est-à-dire de Cytidine en Uridine.

L’extrémité N-terminale des protéines de type APOBEC est un domaine catalytique, alors que l’extrémité C-terminale est un domaine pseudocatalytique. Plus spécifiquement, le domaine catalytique est un domaine de cytidine désaminase dépendant du zinc, et est essentiel pour la désamination de la cytidine. L'édition d'ARN par l’APOBEC-1 nécessite une homodimérisation et ce complexe interagit avec les protéines de liaison à l'ARN pour former l’éditosome[1].

Fonctions[modifier | modifier le code]

Chez les humains / mammifères, ils aident à protéger contre les infections virales[2]. Mais ces enzymes, lorsqu'ils sont mal régulés, sont une source majeure de mutation dans de nombreux types de cancers[2].

aspects structurels et biophysiques[modifier | modifier le code]

Une revue de 2013 a discuté des aspects structurels et biophysiques des enzymes de la famille APOBEC3[3].

Dans le cas de la COVID-19 ?[modifier | modifier le code]

L'édition d'ARN par les désaminases de l'hôte est un processus de restriction inné qui contre de nombreuses infections virales, mais en juin 2020, on ne sait pas encore si ce processus fonctionne contre les coronavirus.

En étudiant des séquences d'ARN prélevé dans les fluides de lavage broncho-alvéolaire échantillonnés chez des patients infectés par un coronavirus, on observe des changements de nucléotides pouvant être des « signatures » de l'édition d'ARN[4] :

L'analyse mutationnelle des génomes de différentes souches de Coronaviridae provenant d'hôtes humains révèle des profils de mutation cohérents avec ceux observés dans les données transcriptomiques mais la réduction de la signature ADAR dans ces données soulève la possibilité que les ADAR pourraient être plus efficaces que les APOBEC pour limiter la propagation virale[4]. `

Une étude publiée en 2020 a conclu que les APOBEC et les ADAR sont impliqués dans l'édition du génome des coronavirus, un processus qui peut façonner le destin du virus et du patient[4].

Aspects génétiques relatifs aux membres de cette famille[modifier | modifier le code]

Les gènes humains encodant les membres des protéines de la famille des APOBEC incluent :

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. (en) Joseph E. Wedekind, Geoffrey S.C. Dance, Mark.P. Sowden et Harold æC. Smith, « Messenger RNA editing in mammals: new members of the APOBEC family seeking roles in the family business », Trends in Genetics, vol. 19, no 4,‎ , p. 207–216 (DOI 10.1016/S0168-9525(03)00054-4, lire en ligne, consulté le 22 juin 2020)
  2. a et b (en-US) « Unexpected DNA-Binding Mechanism Suggests Ways to Block Enzyme Activity in Cancer », sur GEN - Genetic Engineering and Biotechnology News, (consulté le 22 juin 2020)
  3. Ananda Ayyappan Jaguva Vasudevan et Sander H.J. Smits, « Structural features of antiviral DNA cytidine deaminases », sur Biological Chemistry, (ISSN 1437-4315, DOI 10.1515/hsz-2013-0165, consulté le 22 juin 2020), p. 1357–1370
  4. a b et c (en) Salvatore Di Giorgio, Filippo Martignano, Maria Gabriella Torcia et Giorgio Mattiuz, « Evidence for host-dependent RNA editing in the transcriptome of SARS-CoV-2 », Science Advances, vol. 6, no 25,‎ , eabb5813 (ISSN 2375-2548, DOI 10.1126/sciadv.abb5813, lire en ligne, consulté le 25 juin 2020)

Articles connexes[modifier | modifier le code]

cytidine désaminase Édition (biologie)

Bibliographie[modifier | modifier le code]