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« SARS-CoV-2 » : différence entre les versions

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Version du 23 janvier 2020 à 18:33


Modèle:Infobox genome Le nouveau coronavirus, noté 2019-nCoV par l' OMS [1] [2] et également connu sous le nom de coronavirus de Wuhan, grippe de Wuhan, virus de la pneumonie du marché des fruits de mer de Wuhan et pneumonie de Wuhan, [3] est un coronavirus à ARN simple brin à sens positif signalé pour la première fois le 12 décembre 2019. Le génome du virus a été séquencé[4] à partir d'un échantillon de patient positif chez un patient atteint de pneumonie lors de la flambée de 2019-2020 d'un nouveau coronavirus (2019-nCoV)[5] [6] [7].

Pathologie

Le 20 janvier 2020, la transmission interhumaine a été confirmée à Guangdong, en Chine, selon Zhong Nanshan, chef de l'équipe de la commission de la santé enquêtant sur l'épidémie. [8] Aucun traitement spécifique pour le nouveau virus n'est actuellement disponible, mais des antiviraux existant pourrait être réaffectés[9].

Ce nouveau virus appartient au genre des Coronavirus. Les maladies que provoquent les coronavirus peuvent aller du rhume à des maladies plus graves telles que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). Seuls six coronavirus (229E, NL63, OC43, HKU1, MERS-CoV, SARS-CoV) étaient auparavant connus pour infecter des Humains; ce nouveau virus, 2019-nCoV, serait le septième.

Le virus s'est propagé à Bangkok (Thaïlande), Tokyo (Japon), Séoul (Corée du Sud), Pékin (Chine), Shanghai (Chine), Guangdong (Chine), Dayuan (Taïwan), Hong Kong [10] Macao, États - Unis [11], le Vietnam [12] et Singapour [13] . Il y a eu 17 décès, principalement dans et autour de Wuhan, et 913 cas connus[14]. Les scientifiques du Centre d'analyse des maladies infectieuses mondiales du Medical Research Council de l' Imperial College de Londres estiment que jusqu'à 4 000 personnes sont infectées par le coronavirus dans la ville de Wuhan[15].

Les scientifiques pensent que les maladies pourraient provenir du Bungarus multicinctus, un serpent hautement venimeux au marché alimentaire de Wuhan, où la viande de brousse est vendue[16]. Toutefois, le virus présente une importante homologie de séquence avec un coronavirus de chauve-souris[17].

Confinement des virus

Le 22 janvier 2020, le gouvernement chinois a placé les villes de Wuhan, Huanggang et Ezhou, avec une population combinée d'environ 15 millions d'habitants, sous contrôle afin de contenir l'épidémie virale[15] [18] [19]. Les autorités chinoises ont suspendu des avions, des trains, des bus et des ferries à destination et en provenance de Wuhan. Pour aider à limiter la propagation du virus, l'autorité sanitaire de Wuhan a rendu obligatoire le port du masque facial dans les lieux publics.

Source de virus

Le 22 janvier 2020, le Journal of Medical Virology a publié un rapport avec une analyse génomique qui montre que les serpents dans la région de Wuhan sont "le réservoir d'animaux sauvages le plus probable" pour le virus, mais des recherches supplémentaires sont nécessaires[15] [20]. Un événement de recombinaison homologue peut avoir mélangé un virus "clade A" (virus de type Bat SARS CoVZC45 et CoVZXC21) avec le RBD d'un Beta-CoV encore inconnu[21] [22].

Phylogénétique

Les séquences de 2019-nCoV présentent des similitudes avec les bétacoronavirus trouvés chez les chauves-souris; cependant, le virus est génétiquement distinct des autres coronavirus tels que le coronavirus lié au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) et le coronavirus lié au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). [7] Comme le SRAS-CoV, il fait partie de la lignée Beta-CoV B [23] [24] (c'est-à-dire le sous-genre Sarbecovirus [25] ). Dix-huit [26] génomes du nouveau coronavirus ont été isolés et signalés, notamment BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-01/2019, BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020, BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-05/2019, BetaCoV / Wuhan / WIV04 / 2019 et BetaCoV / Wuhan / IPBCAMS-WH-01/2019 du CDC chinois, de l' Institut de biologie des agents pathogènes et de l'hôpital Wuhan Jinyintan . [27] [28] Sa séquence d' ARN est d'environ 30 kb de longueur.

Le nouveau génome a conduit à plusieurs expériences de modélisation de protéines sur la protéine de liaison aux récepteurs (RBD) de la protéine nCoV spike (S). Au 23 janvier 2020, deux groupes chinois pensent que la protéine S conserve une affinité suffisante avec le récepteur du SRAS ( enzyme de conversion de l'angiotensine 2, ACE2) pour l'utiliser comme mécanisme d'entrée cellulaire. [29]

Voir également

Maladies causées par des virus génétiquement similaires:

Références

Liens externes

Modèle:Portal

  1. ↑ « Surveillance case definitions for human infection with novel coronavirus (nCoV) », who.int (consulté le )
  2. ↑ « Novel coronavirus (2019-nCoV), Wuhan, China », cdc.gov, cdc.gov, (consulté le )
  3. ↑ Zhang, « Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », {{Article}} : paramètre « périodique » manquant, Bethesda MD,‎ (lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ (en-US) « Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », {{Article}} : paramètre « périodique » manquant,‎ (lire en ligne, consulté le )
  5. ↑ « 中国疾病预防控制中心 », chinacdc.cn (consulté le )
  6. ↑ « New-type coronavirus causes pneumonia in Wuhan: expert – Xinhua | English.news.cn » (consulté le )
  7. ↑ a et b « CoV2020 », platform.gisaid.org (consulté le )
  8. ↑ (en) {{Article}} : paramètre « titre » manquant, paramètre « périodique » manquant,‎
  9. ↑ (en) {{Article}} : paramètre « titre » manquant, paramètre « périodique » manquant,‎
  10. ↑ (en) {{Article}} : paramètre « titre » manquant, South China Morning Post,‎
  11. ↑ (en) {{Article}} : paramètre « titre » manquant, paramètre « périodique » manquant,‎
  12. ↑ (en) hermesauto, « Wuhan virus: Vietnam confirms 2 cases of Sars-like coronavirus », The Straits Times, (consulté le )
  13. ↑ (en) hermesauto, « Singapore confirms first case of Wuhan virus », The Straits Times, (consulté le )
  14. ↑ « Wuhan virus: China reports fourth death in pneumonia outbreak; 15 medical workers infected », The Straits Times (consulté le )
  15. ↑ a b et c BBC: China coronavirus: Fear grips Wuhan as lockdown begins
  16. ↑ SCIMEX, « EXPERT REACTION: Could new coronavirus have come from snakes? », Scimex, (consulté le )
  17. ↑ (en) Shi, ZL et al., « Discovery of a novel coronavirus associated with the recent pneumonia outbreak in humans and its potential bat origin », bioRxiv,‎ (lire en ligne)
  18. ↑ Wuhan virus spreads as China puts cities on lockdown and scraps New Year celebrations
  19. ↑ Straits Times: Wuhan virus: China locks down Huanggang, imposes tough travel restrictions in 3 other cities, after Wuhan lockdown
  20. ↑ CNN: Snakes could be the source of the Wuhan coronavirus outbreak
  21. ↑ Ji, Wang, Zhao et Zai, « Homologous recombination within the spike glycoprotein of the newly identified coronavirus may boost cross‐species transmission from snake to human », Journal of Medical Virology,‎ (DOI 10.1002/jmv.25682)
  22. ↑ (en) Haitao Guo, « Snakes could be the original source of the new coronavirus outbreak in China », {{Article}} : paramètre « périodique » manquant,‎
  23. ↑ « Phylogeny of SARS-like betacoronaviruses », nextstrain (consulté le )
  24. ↑ Hui DS, I Azhar E, Madani TA, Ntoumi F, Kock R, Dar O, Ippolito G, Mchugh TD, Memish ZA, Drosten C, Zumla A, Petersen E. The continuing 2019-nCoV epidemic threat of novel coronaviruses to global health – The latest 2019 novel coronavirus outbreak in Wuhan, China. Int J Infect Dis. 2020 Jan 14;91:264–266. PMID 31953166 DOI 10.1016/j.ijid.2020.01.009 Accès libre
  25. ↑ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses, in: Viruses. 2019 Feb; 11(2): 174, doi:10.3390/v11020174
  26. ↑ Trevor Bedford and Richard Neher, « Genomic epidemiology of novel coronavirus (nCoV) using data generated by Fudan University, China CDC, Chinese Academy of Medical Sciences, Chinese Academy of Sciences, Zhejiang Provincial Center for Disease Control and Prevention and the Thai National Institute of Health shared via GISAID », nextstrain.org (consulté le )
  27. ↑ « Initial genome release of novel coronavirus », Virological, (consulté le )
  28. ↑ « Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome », {{Article}} : paramètre « périodique » manquant, ncbi.nlm.nih.gov,‎ (lire en ligne)
  29. ↑ « Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of human transmission », SCIENCE CHINA Life Sciences,, {{Article}} : paramètre « date » manquant (DOI 10.1007/s11427-020-1637-5, lire en ligne, consulté le )
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