Discussion:Histoire génétique des populations européennes

Nouvel article

Bonjour Wik8dude (d · c · b),

Merci pour la création de ce nouvel article, très documenté et très intéressant, qui s'appuie sur les publications scientifiques les plus récentes dans le domaine de la génétique. Estimez-vous être plus à jour que l'article WP en anglais équivalent ?
Il y aura peut-être lieu d'alléger les chapitres génétiques des articles WP antérieurs portant sur la préhistoire européenne, puisque le sujet est amplement traité dans ce nouvel article.
J'attire ici l'attention de Thontep (d · c · b), pilier de la génétique des populations sur WP, afin de recueillir ses éventuels commentaires.
Pour ma part, je n'ai relevé à la lecture que de petits ajustements à prévoir, et peut-être quelques points à creuser, sur lesquels je reviendrai à l'occasion.

Cordialement, Keranplein (discuter) 1 décembre 2021 à 14:31 (CET)

Bonjour Keranplein (d · c · b), Merci pour votre retour. Cet article est en effet plus à jour que la version anglaise qui a d'ailleurs un bandeau pointant des "out of date informations". N'hésitez pas à apporter vos ajustements, ou à creuser certains points !

Wik8dude (discuter) 1 décembre 2021 à 15:17 (CET)

Merci Keranplein (d · c · b), pour m'avoir signalé ce nouvel article.

Que dire ? Bravo à Wik8dude (d · c · b) qui a rédigé une excellente synthèse de l'état des connaissances dans le domaine. La perspective sur l'ensemble du continent européen est la meilleure pour saisir l'ensemble de ces transformations démographiques. L'article est remarquable par l'ampleur de la documentation qui est utilisée, par la clarté apportée à des thématiques qui restent complexes. Il est précis sans tomber dans des détails qui pourraient lasser le lecteur. En fait, il est rare parmi les articles wikipédia de tomber sur un premier jet qui soit aussi réussi. J'ignore combien de temps Wik8dude a mis pour le peaufiner, mais il mérite de franches félicitations. Les quelques erreurs de typo ou de mise en forme de références se corrigeront progressivement à mesure que d'autres contributeurs reliront cet article.

Considérant cette vaste synthèse, un seul point me vient à l'esprit : on peut regretter, qu'en une ou deux lignes, ne soit pas abordée la question de la diffusion de l'haplogroupe R1a, car c'est l'haplogroupe majoritaire aujourd'hui en Europe centrale et orientale et la compréhension de sa diffusion est déterminant pour saisir de quelle manière l'ascendance steppique s'est réellement propagée dans ces régions. Je signale également l'étude de Luka Papac et al. que je n'ai pas trouvée dans la très riche bibliographie présente, mais dont l'importance a été signalée par plusieurs spécialistes de paléogénétique : Luka Papac et al., Dynamic changes in genomic and social structures in third millennium BCE central Europe, Science Advances, Vol. 7, no. 35, 25 août 2021, eabi6941, DOI: 10.1126/sciadv.abi6941.

Cordialement, Thontep (discuter) 2 décembre 2021 à 16:03 (CET)

Proposition d'anecdote pour la page d'accueil

Une anecdote fondée sur cet article a été proposée ici (une fois acceptée ou refusée, elle est archivée là). N'hésitez pas à apporter votre avis sur sa pertinence ou sa formulation et à ajouter des sources dans l'article.
Les anecdotes sont destinées à la section « Le Saviez-vous ? » de la page d'accueil de Wikipédia. Elles doivent d'abord être proposées sur la page dédiée.
(ceci est un message automatique du bot GhosterBot le 24 février 2023 à 17:45, sans bot flag)

Cluster ?

Bonjour,

Le terme cluster est souvent employé dans l'article. Que signifie-t-il ? Si j'essaie d'inférer, si je puis dire, à la lecture de l'article, un cluster semble être un groupe humain partageant une même forme génétique qui lui est caractéristique, si l'on puit dire. Sauf que Cluster de gènes existe, correspondrait bien à ce qui nous préoccupe, mais ne concerne pas du tout un groupe humain, vu que ça concerne un groupe de gènes, et ne se caractérise que par... 2 gènes. Difficile de croire qu'il est typique d'une population. Toutefois l'article précise bien que ces clusters de gènes sont bien utilisés pour retracer l'évolution d'une population. Mais alors comment comprendre une phrase telle que "Les individus liés à la culture gravettienne se rassemblant dans le cluster de Vestonice" ? "Vestonice" serait un groupe de gènes ? Est-ce que vestonice = culture gravettienne ou est-ce un sous-ensemble de cette culture ? mais alors pourquoi ?

Merci pour vos lumières. Touam (discuter) 6 juin 2023 à 09:37 (CEST)

Bonjour Touam (d · c · b),

Un cluster est ici en français un groupe humain, une population, un ensemble d'individus, identifié sur la base d'un ensemble de gènes partagés. On leur donne des noms pour pouvoir les citer dans un texte de façon fluide.

On devrait en effet éviter les termes anglais sur WP.fr, autant que faire se peut. Cluster (grappe en français) a de multiples sens en anglais et il ne me parait donc pas gênant d'utiliser aussi un terme français à sens multiples, tel que groupe humain ou population.

Thontep (d · c · b) aurait-il une autre traduction à suggérer ?

Cordialement, Keranplein (discuter) 6 juin 2023 à 14:15 (CEST)

Bonjour  Keranplein :, vous avez tout à fait raison. Il est question ici d'un groupe humain, d'une population, d'un ensemble d'individus, identifié sur la base d'un ensemble de gènes partagés. Cluster est un anglicisme et dans la mesure où un meilleur terme français peut être trouvé, il devrait être privilégié. Pour l'instant, pas d'autre idée de traduction. Cordialement, --Thontep (discuter) 6 juin 2023 à 14:42 (CEST)

Que le terme soit anglais ou français, il n'est pas expliqué. Or c'est un terme hyper variable dans son sens, le wiktionnaire en donne pas moins de 9 (wikt:cluster) dont... aucun ne correspond vraiment à l'usage ici. En effet, pour le wikt le cluster serait un regroupement d'objets, non pas d'humains, et le seul cas où il est un regroupement d'humains concerne les maladies contagieuses - les fameux clusters de la covid je suppose. Je comprends qu'ici, à la base, les clusters sont des regroupements de gènes, et que par habitude on en fait un regroupement d'humains portant ces gènes. D'un point de vue scientifique, je ne sais pas trop comment on associe regroupement de gènes et regroupement d'humains qui ont ces regroupements de gènes, c'est une approximation je suppose. C'est comme quand on regroupe tous les individus qui ont les yeux bleus : quelle est la pertinence opérationnelle d'un tel regroupement ?... Génétique, culturelle, sociale ?... Certaines fois, l'association "cluster / gènes" est assez claire ("le cluster d’El Miron qui correspond aux chasseurs-cueilleurs magdaléniens") ; d'autres c'est pour le moins obscur : "Aussi, cette population de fermiers anatoliens partie en Europe ne se regroupe pas avec les populations du Proche-orient actuel mais tend clairement vers l’Europe, formant un cluster avec les fermiers européens d’Allemagne, d’Hongrie et d’Espagne." ? Où sont les gènes ?... D'autres fois, le terme relève du langage de schtroumpf si je puis me permettre, il est difficile de croire que les scientifiques auraient fait une étude génétique sérieuse. Ainsi, à lire l'article, il existerait des clusters de grande-bretagne, des clusters écossais aussi bien, un cluster cornouaille bien sûr, et l'italie se diviserait en 3 clusters ? Si je prends la population des supporters du PSG habitant à l'ouest de la marne, sans doute arriverais-je moi aussi à en faire un cluster. Je pense que ça vient de la difficulté de relier aujourd'hui, avec nos repères culturels, à ce qui s'est passé hier, où ils n'existaient pas. C'est ainsi que l'article décrit la Belgique au beau milieu de la dernière glaciation, c'est amusant :-). À lire l'article, l'articulation de termes décrivant notre pauvre humanité est, je crois, quelque fois difficile : individu, lignée, population ou culture. Je n'ai pas de solution toute faite, mais je voulais un peu savoir ce que d'autres en pensaient, et s'il m'arrive de contribuer à l'article j'essaierai d'être attentif à ces aspects. Touam (discuter) 7 juin 2023 à 11:25 (CEST)

Transcrire la complexité en termes simples n'est pas facile. De manière générale, soigner la forme est aussi difficile que soigner le fond, surtout quand les articles originaux sont écrits en anglais et qu'il faut trouver de bonnes traductions en français. Toutefois, il y a sur la forme pire que le présent article dans le domaine génétique sur WP.

Je n'ai pas encore entrepris la révision de cet article. J'essaierai le tenir compte de vos remarques le moment venu, mais je crains qu'il soit difficile de faire des miracles sur la transparence des termes utilisés.

Cordialement, Keranplein (discuter) 7 juin 2023 à 13:45 (CEST)

Je suis complètement d'accord que la retranscription de la complexité est difficile, et je trouve que cet article ne s'en sort pas trop mal dans l'ensemble. Je vais essayer, moi aussi. Je viens déjà d'ajouter une phrase, et sa première référence ( ! ) à l'article Cluster de gènes, histoire que je comprenne mieux moi même ce que c'est. Cordialement. Touam (discuter) 9 juin 2023 à 22:08 (CEST)

Attention, le terme cluster dans le présent article ne porte pas sur le même sujet que celui de l'article cluster de gènes. Je ne pense pas que développer ce dernier article puisse beaucoup aider à débroussailler le présent article. Il vaudrait mieux oublier ce terme anglais, qui manifestement prête à confusion.

Cordialement, Keranplein (discuter) 10 juin 2023 à 00:11 (CEST)

(excusez du délai de réponse j'étais un peu parti) Mais alors que faire ?... J'avais remarqué que le terme était un peu bancal (c'est le sujet de ma question), mais je ne pensais pas le rejeter, seulement mieux l'expliquer, et l'utiliser, à partir de ce que je pouvais comprendre. Fondamentalement l'article me parait assez bon. L'article emploie un terme, il faut dire dans quel sens, ça me parait de bonne pratique. Dans la situation actuelle, on dirait que un cluster est un regroupement d'individus qui portent tous une même séquence de gènes, reconnue par des moyens statistiques ( ? ), déterminant un caractère humain (yeux bleus, sensibilité à une maladie, capacité à quelque chose). Un cluster peut se désigner par un nom. Un cluster n'a a priori pas de rapport avec une société culturelle (c'est là que ça se complique), cependant il est possible de faire un lien entre les deux. Qu'en pensez-vous ? Touam (discuter) 20 juin 2023 à 14:48 (CEST)

La définition que vous proposez ci-dessus est sur la bonne voie, mais elle n'est pas complètement correcte.

Les séquences de gènes partagés par les membres d'un cluster humain ne codent pas un seul caractère mais une série de caractères partagés.

Les clusters humains et autres groupes génétiques, ainsi que leurs liens phylogénétiques, sont en effet établis par des algorithmes statistiques complexes, aussi importants dans les résultats obtenus que la qualité des prélèvements d'ADN.

Sur le lien entre génétique et culture archéologique, il s'agit d'un sujet en soi qui pourrait faire l'objet d'un ouvrage entier, et qui est d'ailleurs l'objet du dernier chapitre du dernier ouvrage de Ludovic Orlando : L'ADN fossile, une machine à remonter le temps (2021).

Des commentaires éventuels de Thontep (d · c · b) ?

Cordialement, Keranplein (discuter) 20 juin 2023 à 15:38 (CEST)

merci pour cette notif. Non, pas vraiment de commentaire. Vous décrivez bien ce qu'il en est. Cdt, --Thontep (discuter) 20 juin 2023 à 15:54 (CEST)

OK super. Oui le lien entre génétique et culture archéologique est très sensible, et un peu à l'origine de mon inquiétude sur l'usage du terme "cluster" dans l'article, notamment dans des expressions comme "Les Italiens se regroupent en trois clusters". Aujourd'hui j'écrirais : "L'étude génétique dénombre 3 clusters en Italie". Pas révolutionnaire, mais au moins on laisse entendre qu'il peut y avoir autre chose que 3 clusters en Italie parmi les humains. Touam (discuter) 21 juin 2023 à 11:04 (CEST)

Ça y est je me suis lancé !... sachant que mon niveau en génétique ne dépasse pas celui de la 6ème, hein. J'ai carrément créé une section pour la terminologie, me disant qu'il y avait encore certainement des trésors à découvrir... et ne voyant pas où ça pourrait être calé en l'état. Aucune ref, je vais me faire gronder par les Experts Wikipistes, mais j'ai l'impression que le terme est beaucoup employé, sans beaucoup être défini, ou alors chez les experts d'experts. Évidemment, vous pouvez tout changer si vous avez d'autres idées. D'ailleurs en vous écrivant je me souviens avoir vu quelque part qu'on employait aussi le terme de "grappes" pour dire la même chose, je me demande s'il faudrait pas le rajouter. Bref, à votre bon coeur. Touam (discuter) 8 juillet 2023 à 11:55 (CEST)

DMG

Zones refuges pour les Homo sapiens en Europe pendant le dernier maximum glaciaire.

Bonjour Touam (d · c · b),

La carte ci-contre que vous avez retirée du présent article ne me parait pas particulièrement périmée, à ceci près qu'il aurait fallu colorier toute la péninsule Ibérique en ocre et pas seulement la région pyrénéenne. Les études génétiques récentes ont en effet confirmé l'existence de deux populations génétiquement distinctes en Europe au Paléolithique supérieur jusqu'au Dryas ancien, à savoir un groupe d'origine aurignacienne à l'Ouest (qui a grosso modo donné ensuite le Solutréen et le Magdalénien) et un groupe d'origine gravettienne à l'Est et au Centre (qui a donné ensuite l'Épigravettien).
Qu'en pense Thontep (d · c · b) ?

Cordialement, Keranplein (discuter) 3 août 2023 à 12:34 (CEST)

Ah bon. J'étais surtout inquiété par son ancienneté, et le fait aussi qu'elle avait été remise en cause à c:Commons:Deletion requests/File:Europe20000ya.png (mais finalement conservée, c'est vrai). Notez quand même que de dire que toute la péninsule ibérique devrait être en ocre, vu l'importance de la péninsule ibérique sur la carte, ça veut dire que j'ai pas faux, non ?... Et il y a aussi c:File talk:Europe20000ya.png qui dit que le golfe de suez devrait être en vers clair, mais là ça me parait être de l'ordre du détail - surtout que malheureusement la ref qu'il donne n'existe plus. De toutes façons, vu votre avis, et attendant la réponse de Thontep, je la rétablirai. (et même si Thontep ne répond pas, je propose d'attendre demain mettons). Touam (discuter) 3 août 2023 à 13:11 (CEST)

bonjour à vous deux, c'est toujours délicat avec ces cartes qui ne sont pas actualisées. Plutôt partisan de la laisser car la perte d'information me semble plus importante que les imprécisions qu'elle comporte. Important de préciser qu'elle est censée représenter non une présence humaine exhaustive, mais la répartition de deux cultures archéologiques. Une petit modif. de légende serait peut être nécessaire. Cdt, --Thontep (discuter) 3 août 2023 à 14:04 (CEST)

Et voilà. Modifiez comme vous voulez bien sûr. Mais, du coup, ma curiosité a été aiguisée : où s'était réfugié l'homme de Cro-Magnon ?... (vous allez me répondre que ça n'était pas la même situation génétique, ok, mais quand même.) Touam (discuter) 3 août 2023 à 19:57 (CEST)

Cluster ou pas ?

Je continue ma petite étude sur la notion de cluster (encore désolé désolé désolé pour ma lenteur) (mais si vous saviez tout ce que j'ai à faire...), et je vous propose ici une liste complète, classée en usage de ce mot là où il me semble juste, là où il me semble être faux, et là où il est douteux.

OK : cluster d’El Miron, cluster de Vestonice, cluster de Villabruna = cluster de Ripari Villabruna ?, cluster « Oberkassel » (pourquoi certains sont entre guillemets ? ), cluster « Sidelkino ».

OK aussi pour les phrases :

• Les Italiens se regroupent en trois clusters.
• Le Royaume-Uni affiche peu de distance génétique entre les différents clusters génétiques.
• La majorité de ces clusters irlandais et britanniques partagent une affinité similaire avec l’individu néolithique retrouvé à Ballynahatty (Irlande du nord). (supposant que "clusters irlandais" ça veut dire des clusters dont les individus qui les portent actuellement sont irlandais)
• Enfin, les analyses semblent indiquer un niveau assez conséquent d’ascendance norvégienne en Irlande, qui est aussi présent dans les clusters écossais et de l’archipel des Orcades. (j'admets LES clusters d'un pays, mais pas LE cluster d'un pays).

NOK :

• "Aussi, cette population de fermiers anatoliens partie en Europe ne se regroupe pas avec les populations du Proche-orient actuel mais tend clairement vers l’Europe, formant un cluster avec les fermiers européens d’Allemagne, de Hongrie et d’Espagne." -> s'associant avec les fermiers...
• "Ils se regroupent en deux clusters : certains individus se rapprochant des individus de l’âge du bronze du pourtour de la mer Égée en Grèce, et d’autres se rapprochant des populations de l'âge du fer de la péninsule Ibérique." -> ils se répartissent selon deux origines
• "En enlevant les deux groupes suscités, on peut distinguer quelques nuances dans ce cluster principal : ainsi les Bretons se séparent légèrement du reste du groupe." -> Supprimer toute la première partie, reste "Les Bretons se séparent... " (on ne sait pas trop comment ni pourquoi, mais admettons)
• "On constate une homogénéité globale de l’Irlande : les différences observées entre les différents clusters irlandais sont encore moins marquées qu’entre les clusters de Grande-Bretagne, même en excluant le cluster des îles d’Orcades." -> en excluant les individus vivants aux Orcades

DOUTEUX :

• "En 2019, une étude a porté sur 395 échantillons de la France métropolitaine. Il en ressort que la France métropolitaine affiche une homogénéité globale, avec peu de différence entre les différents clusters." -> (on passe d'échantillons à des clusters ? ) -> peu de différences génétiques entre les individus ?
• "Par ailleurs, cette région montre une grande affinité avec les clusters de Grande-Bretagne et d’Irlande probablement expliquées par les migrations de l’Irlande à la Bretagne survenue au IVe siècle apr. J.-C. ainsi que par l’émigration d’irlandais pendant la guerre d’Irlande (1641-1651) dans le Finistère et les Côtes d’Armor." -> qu'est-ce que une "affinité entre clusters" ?
• "Le cluster « Cornouaille » est plus proche du groupe du « Devon » et d'« Angleterre centrale » que des Gallois." -> les clusters, autant que je puisse comprendre, se nomment par le premier individu connu qui porte la séquence génétique
• "Globalement, les différents clusters se recoupent avec les quatre provinces irlandaises historiques et suivent donc les anciennes frontières politiques du pays : l’Irlande du Nord (Ulster), le centre de l’Irlande (Connacht, Dublin, Leinster), et le sud de l’Irlande (Munster)." -> un peu trop beau pour être vrai ? Il y a une référence, mais en anglais, aussi j'y comprends rien : The Irish DNA Atlas: Revealing Fine-Scale Population Structure and History within Ireland | Scientific Reports.

Par ailleurs, question subsidiaire, puisque vous m'avez fait l'honneur de me lire jusqu'ici, je suis tombé sur le blog Généalogie génétique, qui m'a l'air très bien, tenu par un individu qui a l'air très sérieux, mais amateur sans doute passionné "seulement", et impossible de trouver le moindre élément de réputation au sujet de cet homme ?... C'est dommage car il a l'air de s'y connaitre et décrit des choses qui correspondent à notre article...

Qu'en pensez-vous ?

Merci pour tout. Touam (discuter) 18 août 2023 à 11:49 (CEST)

Bonjour Touam (d · c · b),

Bernard Sécher est un vulgarisateur de qualité sur les sujets de génétique des populations humaines, qui propose sur son site internet des synthèses d'articles scientifiques de première main. C'est l'équivalent internet des revues scientifiques de vulgarisation, toutefois en plus pointu. On peut sans problème utiliser en référence les articles internet de Bernard Sécher pour sourcer des passages d'articles WP.

Cordialement, Keranplein (discuter) 18 août 2023 à 12:51 (CEST)

Une IP est intervenue pour remplacer quelques termes "cluster" par le terme "foyer". De mon point de vue d'amateur ça me parait pas mal. Dommage qu'elle n'a pas donné d'autre explication que "Désangléfaction". Pourtant, elle en a laissé, peut-être que dans certains cas l'angléfaction se justifie, je ne sais pas. Touam discuter 13 novembre 2023 à 12:09 (CET)

 Touam et Thontep :

Au sens littéral, un cluster est une grappe. Par exemple, un cluster de satellites est une grappe de satellites.

En génétique des populations, je traduirais plutôt cluster par groupe ou par sous-groupe. Foyer me parait en revanche un mauvais choix à rectifier.

Cordialement, Keranplein (discuter) 13 novembre 2023 à 13:34 (CET)

Je ne crois pas que cluster a le même sens dans le cas de cluster de satellites et cluster génétique ? Dans le cas de cluster de satellites, c'est un regroupement voulu par construction ; dans le cas de cluster génétique, c'est un regroupement venant d'une analyse statistique, et on ne sait pas si ce regroupement a une signification fonctionnelle, c'est plutot une constatation, un trait distinctif. C'est ce que j'ai compris. Et je pense que, dans les 2 cas, "cluster" est employé pour sa sonorité anglaise, ça fait plus sérieux, là dessus l'IP a raison de s'énerver. Mais la difficulté de nommer et définir les choses demeure. (c'est à dire ici définir des humains ahem). Il me semble que "cluster" dans l'article est souvent employé dans le sens de "foyer", puisque on part d'un groupe d'origine, qui diffuserait à droite et à gauche, comme un foyer. Cependant, est-ce une vision juste ?... Pourriez-vous préciser pourquoi vous préférez groupe et sous-groupe ? Après, si vous changez tout par sous-groupe, je ne vous en empêcherait pas . J'avais pensé que c'était mieux, somme toute, de garder cluster quand il était vraiment employé dans son sens génétique, et de consacrer une section à l'expliquer, comme vous avez sans doute vu. La recherche autour de "cluster" par les généticiens et généticiennes, et d'autres milieux scientifiques parce que la génétique n'a pas l'exclusivité de la notion dans le sens génétique si vous comprenez ce que je veux dire, m'a l'air très intéressante, et il me parait... heu... intéressant de la relater ? Touam discuter 14 novembre 2023 à 05:20 (CET)