COVID-19 Genomics UK Consortium

Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.
COVID-19 Genomics UK Consortium
Histoire
Fondation
Cadre
Type
Pays
Organisation
Site web

modifier - modifier le code - modifier WikidataDocumentation du modèle

Le COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) est un groupe d'agences de santé publique et d'institutions universitaires au Royaume-Uni créé en avril 2020[1],[2],[3] pour collecter, séquencer et analyser les génomes du SARS-CoV-2 dans le cadre de la réponse à la pandémie de COVID-19. Le consortium comprend les quatre agences de santé publique du Royaume-Uni, des organisations du National Health Service, des partenaires universitaires et le Centre Sanger. Le consortium est connu pour avoir identifié pour la première fois le variant Alpha du SARS-CoV-2 (à l'époque, appelée Variant of Concern 202012/01) en novembre 2020[4]. En janvier 2021, 45% de toutes les séquences du SRAS-CoV-2 téléchargées dans la base de données de séquençage GISAID provenaient du COG-UK[5],[6],[7].

En avril 2021, COG-UK a commencé la transition prévue du séquençage vers un service national, qui devrait s'achever d'ici septembre 2021[8]. COG-UK a déclaré que ses priorités après cette transition sont le couplage de données, la recherche et la formation internationale[9].

Impact[modifier | modifier le code]

Le séquençage national coordonné précoce et à grande échelle des génomes viraux du SRAS-CoV-2, ainsi que le partage ouvert et rapide des données génomiques, ont eu l'impact suivant sur les 12 premiers mois de la réponse à la pandémie de COVID-19[10] :

  1. Permettre l'identification et la surveillance des « variants préoccupants » et des « variants faisant l'objet d'une enquête » pour éclairer les actions de santé publique et les décisions politiques[5],
  2. Suivi de l'introduction et de la propagation du COVID-19 pour éclairer le contrôle des frontières, la gestion des épidémies et les politiques de santé publique[11],
  3. Faciliter les principales études COVID-19 au Royaume-Uni :
    • L’étude COG-UK HOCI (Hospital-Onset COVID-19 Infections)[12],
    • Enquête sur les infections COVID-19 (CIS) de l'Office of National Statistics (ONS)[13],
    • L'étude d'évaluation en temps réel de la transmission communautaire (REACT)[14],
    • L'étude Vivaldi[15],
    • L'essai du vaccin Oxford[16],
    • L'essai du vaccin Novavax[17],
  4. Améliorer la compréhension de la biologie et de l'évolution du virus SARS-CoV-2 pour guider les traitements, le développement de vaccins et les diagnostics[18],
  5. Stimuler la riposte à la pandémie grâce à la publication rapide de données génomiques et au développement de protocoles de séquençage efficaces et rentables et d'outils d'analyse de données publiques en libre accès[19].

En avril 2021, COG-UK a annoncé ses priorités stratégiques pour les 12 mois suivants[9] :

  1. Améliorer la valeur des données de séquence du génome viral grâce à un couplage de données plus étendu, y compris les données du génome humain et les ensembles de données cliniques,
  2. Faire avancer la recherche sur la transmission, les variantes, les méthodes et les outils d'analyse du SRAS-CoV-2,
  3. Coordonner un programme mondial de formation en génomique SARS-CoV-2

Structure[modifier | modifier le code]

COG-UK est soutenu par un financement de 20 millions de livres sterling du ministère de la Santé et des Affaires sociales, de la Recherche et de l'Innovation du Royaume -Uni (UKRI) et du Wellcome Sanger Institute[1]. Le consortium a également été soutenu par le Fonds d'innovation pour les tests du ministère de la Santé et des Affaires sociales le 16 novembre 2020 pour faciliter la capacité de séquençage du génome nécessaire et pour répondre au nombre croissant de cas de COVID-19 au Royaume-Uni au cours de la période hivernale[20].

Les partenaires du consortium comprennent le Wellcome Sanger Institute, le Quadram Institute et 15 autres[21] universités dont l'université Queen's de Belfast, l'université de Birmingham, l'université de Cardiff, l'université de Cambridge, l'université d'Édimbourg, l'université d'Exeter, l'université de Glasgow, l'université de Liverpool, l'université de Northumbria, l'université de Nottingham, l'université d'Oxford, l'université de Portsmouth, l'University College de Londres, l'Imperial College London et l'université de Sheffield[22].

Personnes clés[modifier | modifier le code]

Le directrice exécutive du consortium est Sharon Peacock, professeur et microbiologiste à l'université de Cambridge[23],[5]. Sharon Peacock est également en détachement à temps partiel auprès de Public Health England en tant que directrice scientifique, où elle se concentre sur le développement du séquençage des agents pathogènes via COG-UK[24].

Développements[modifier | modifier le code]

Pendant la pandémie de COVID-19, les outils développés par le consortium COG-UK ont été largement utilisés, y compris, par exemple, l'affectation phylogénétique des lignées d'épidémie mondiales nommées (PANGOLIN)[25]. Le variant Alpha du SARS-CoV-2 a été détecté en novembre 2020 par le consortium COG-UK[4],[26]. Le variant fait l'objet d'enquêtes en cours par les agences de santé publique britanniques, coordonnées par le Public Health England et soutenues par COG-UK[27].

Le nombre de séquences que COG-UK a téléchargées sur GISAID est d'un peu moins de 5 % de tous les cas de COVID-19 au Royaume-Uni, contre 3,2 % pour les États-Unis et 60 % pour l'Australie[5]. Environ 60% d'entre eux ont été séquencés au Wellcome Sanger Institute[23]. En décembre 2020, le consortium COG-UK aurait retracé « l'histoire génétique de plus de 150 000 échantillons de virus Sars-Cov-2 »[28].

Publications sélectionnées[modifier | modifier le code]

Références[modifier | modifier le code]

  1. ↑ a et b (en-US) « UK launches whole genome sequence alliance to map spread of coronavirus », COG-UK Consortium, (consulté le )
  2. ↑ (en-US) Peacock, « A short history of the COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium », COG-UK Consortium, (consulté le )
  3. ↑ Gallagher, « Coronavirus to be tracked using its genetic code », www.bbc.co.uk, (consulté le ) : « The project - called the Covid-19 Genomics UK Consortium - is a collaboration between the NHS, public health agencies and the Wellcome Sanger Institute universities. Business Secretary Alok Sharma said: "This new consortium will bring together the UK's brightest and best scientists to build our understanding of this pandemic, tackle the disease and ultimately, save lives." »
  4. ↑ a et b (en) Wise, « Covid-19: New coronavirus variant is identified in UK », BMJ, vol. 371,‎ , m4857 (ISSN 1756-1833, PMID 33328153, DOI 10.1136/bmj.m4857, lire en ligne Accès libre)
  5. ↑ a b c et d (en) Cyranoski, « Alarming COVID variants show vital role of genomic surveillance », Nature, vol. 589, no 7842,‎ , p. 337–338 (DOI 10.1038/d41586-021-00065-4, lire en ligne)
  6. ↑ « In tracking Covid mutations, most countries flying blind », www.nst.com.my, (consulté le )
  7. ↑ (en-GB) « Bio-Britain is leading the world in the science of Covid », Daily Telegraph,
  8. ↑ « How SARS-CoV-2 sequencing is becoming a national service », COG-UK consortium
  9. ↑ a et b « What next for COG-UK? »
  10. ↑ (en) Lo et Jamrozy, « Genomics and epidemiological surveillance », Nature Reviews Microbiology, vol. 18, no 9,‎ , p. 478–478 (ISSN 1740-1534, PMID 32690878, PMCID 7371787, DOI 10.1038/s41579-020-0421-0, lire en ligne)
  11. ↑ (en) Davies, Abbott, Barnard et Jarvis, « Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England », Science, vol. 372, no 6538,‎ , eabg3055 (ISSN 0036-8075, PMID 33658326, PMCID 8128288, DOI 10.1126/science.abg3055, lire en ligne)
  12. ↑ « COG-UK HOCI »
  13. ↑ « COVID-19 Infection Survey »
  14. ↑ « Real-time Assessment of Community Transmission (REACT) Study »
  15. ↑ « Vivaldi study: results »
  16. ↑ (en) Emary, Golubchik, Aley et Ariani, « Efficacy of ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) vaccine against SARS-CoV-2 variant of concern 202012/01 (B.1.1.7): an exploratory analysis of a randomised controlled trial », The Lancet, vol. 397, no 10282,‎ , p. 1351–1362 (ISSN 0140-6736, PMID 33798499, PMCID 8009612, DOI 10.1016/S0140-6736(21)00628-0, lire en ligne)
  17. ↑ « PREVENT-19: A COVID-19 vaccine candidate clinical trial »
  18. ↑ (en) Boshier, Pang, Penner et Parker, « Evolution of viral variants in remdesivir-treated and untreated SARS-CoV-2-infected pediatrics patients », Journal of Medical Virology, vol. 94, no 1,‎ , p. 161-172 (ISSN 1096-9071, PMID 34415583, PMCID 8426849, DOI 10.1002/jmv.27285, lire en ligne)
  19. ↑ ,Nicholls, Poplawski, Bull et Underwood, « CLIMB-COVID: continuous integration supporting decentralised sequencing for SARS-CoV-2 genomic surveillance », Genome Biology, vol. 22, no 1,‎ , p. 196 (ISSN 1474-760X, PMID 34210356, PMCID 8247108, DOI 10.1186/s13059-021-02395-y, lire en ligne)
  20. ↑ (en) Nov 2020, « £12.2 million boost for SARS-CoV-2 real-time genomic surveillance - COG-UK Consortium », www.cogconsortium.uk (consulté le )
  21. ↑ « UK coronavirus variant: 'we're being sanctioned for transparency' », Daily Telegraph
  22. ↑ « Consortium Partners », COG-UK Consortium (consulté le )
  23. ↑ a et b « How Britain has done so much sequencing of the coronavirus genome », www.economist.com, (consulté le )
  24. ↑ (en) « Professor Sharon Peacock - CBE FMedSci | Website and Blog », Sharon Peacock (consulté le )
  25. ↑ (en) « COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium Report #10 -11th August 2020 (see section 'Summary of major tools and pipelines developed by COG-UK') », www.cogconsortium.uk, (consulté le )
  26. ↑ « The new Covid variants are a peril to us all », www.ft.com
  27. ↑ (en-US) Dec 2020, « Update on new SARS-CoV-2 variant and how COG-UK tracks emerging mutations - COG-UK Consortium », www.cogconsortium.uk (consulté le )
  28. ↑ Schraer, « Covid: New variant found 'due to hard work of UK scientists' », www.bbc.co.uk, (consulté le )

Liens externes[modifier | modifier le code]

Ce document provient de « https://fr.wikipedia.org/w/index.php?title=COVID-19_Genomics_UK_Consortium&oldid=206790166 ».