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Marseille fait partie de l'académie d'Aix-Marseille. Elle compte 444 écoles primaires publiques et plus de 70 000 collégiens et lycéens. Parmi les principaux lycées : Saint-Charles, Saint-Exupéry, Thiers, Montgrand, Lacordaire.
La ville compte plus de 50 000 étudiants. L'université d'Aix-Marseille est la plus grande université francophone du monde par ses effectifs. Elle a son siège au Pharo. Parmi les autres établissements d'enseignement supérieur et de recherche se trouvent l'École centrale, l'École nationale supérieure d'architecture, l'École des Beaux-Arts, l'École nationale supérieure maritime, Kedge Business School et un pôle régional de l'EHESS.