Utilisateur:LetoAtreidesII/Brouillon
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| projet GRIOTE | |||
 logo du projet GRIOTE | |||
| Carte de l'organisation | |||
| Situation | |||
|---|---|---|---|
| Région | Pays de la Loire | ||
| Création | 02/12/2013 | ||
| Type | projet fédérateur | ||
| Siège | Nantes, France | ||
| Coordonnées | 47° 14′ 13,5″ N, 1° 33′ 08,9″ O | ||
| Langue | français | ||
| Organisation | |||
| Membres | 77 | ||
| Porteur du projet | Jérémie Bourdon | ||
| Financeur principal | Région Pays de la Loire | ||
| Domaines | Bioinformatique | ||
| Personnes clés | Richard Redon, Dominique Tessier | ||
| Organisations affiliées | AgroCampus Ouest, CNRS, Ecole Centrale Nantes, IFREMER, INRA, INSERM, Oniris, Université d'Angers, Université de Nantes | ||
| Site web | griote.org | ||
| Géolocalisation sur la carte : Pays de la Loire
Géolocalisation sur la carte : France
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Le projet GRIOTE est un projet fédérateur de la bioinformatique en région Pays de la Loire.
Il est soutenu financièrement par la région des Pays de la Loire à la suite de l’appel à projet qu’a lancé la région en 2012.
Il est porté par Jérémie BOURDON, maître de conférences à l’Université de Nantes, Richard REDON, directeur de recherche à l’Institut du thorax et Dominique TESSIER, ingénieure de recherche à l’INRA.
Il comprend treize partenaires principaux :
- LINA (UMR 6241 – Nantes), Université de Nantes, CNRS,
- BIA (UR BioPolymères, Interactions, Assemblages – Nantes), INRA,
- Institut du thorax (UMR 1087 – Nantes), INSERM, CNRS, Université de Nantes,
- Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS, UMR 1345 – Angers), INRA, AgroCampus Ouest, Université d’Angers,
- IRCCyN (UMR 6597 – Nantes), CNRS, École Centrale de Nantes, École des mines de Nantes, Université de Nantes,
- LERIA (EA 2645 – Angers), Université d’Angers,
- UFIP (FRE CNRS 3478 – Nantes), INSERM, Université de Nantes,
- LNBT (UPRES EA3143 – Angers), Université d’Angers,
- Physiologie et Biotechnologie des Algues, IFREMER Nantes,
- UMR_S 892 – C 6299 Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers, INSERM, CNRS, Université de Nantes, Université d’Angers,
- UMR Sécurité des Aliments et Microbiologie, INRA, Oniris (Nantes),
- ITUN (UMR 1064 – Nantes), INSERM,
- BNMI INSERM UMR 1083 – CNRS UMR 6214 (Angers).
Le projet a été officiellement lancé le 2 décembre 2013 pour une durée totale de quatre ans.
Présentation[modifier | modifier le code]
Contexte[modifier | modifier le code]
Expliquer l’origine d’un phénotype particulier observé chez un individu à partir des informations portées par son génome est un enjeu majeur des sciences du vivant. Dans le domaine de la santé, cela peut permettre de comprendre les mécanismes qui contribuent à l’apparition de maladies à facteur génétique. Dans le domaine du végétal, cela peut permettre de comprendre et maîtriser la variabilité des caractères agronomiques en fonction des génotypes sélectionnés, des conditions environnementales. Dans le domaine de la mer, l'objectif est également de comprendre et maitriser les caractéristiques physiologiques de certaines espèces de micro-algues possédant un intérêt industriel.
Cependant, la relation entre les caractères observés d’un individu et l’ensemble de ses gènes, ce que l’on désigne par la relation phénotype/génotype, s’avère très complexe. Pour expliquer la plupart des phénotypes, il est nécessaire non seulement de rechercher tous les acteurs moléculaires impliqués mais également de comprendre leurs relations à différentes échelles d’organisation.
Objectifs[modifier | modifier le code]
Pour répondre à cette problématique complexe, les biologistes disposent désormais d’outils permettant d’analyser les variations du génome, du transcriptome et du protéome. Ces données dites « omics » représentent des vues partielles mais bruitées des systèmes cellulaires étudiés. La gestion, l’analyse et l’intégration de ces données hétérogènes et à très forte volumétrie est donc un enjeu majeur en bioinformatique. Fort des collaborations solides déjà existantes entre ses partenaires et en partenariat avec les plateformes de BioGenouest, le projet GRIOTE a pour objectif de fédérer la communauté des chercheurs en bioinformatique des Pays de la Loire autour de la thématique de l’intégration des données biologiques à très grande échelle.
Méthodologie[modifier | modifier le code]
Pour répondre aux enjeux, la bioinformatique doit mobiliser les capacités créatrices des sciences de l’information et des mathématiques appliquées. Les approches algorithmiques qui relèvent de la combinatoire, de l’intelligence artificielle sont particulièrement adaptées. La bioinformatique doit également accompagner les biologistes à mieux formaliser leurs problématiques pour trouver les modélisations les mieux adaptées qui permettront de répondre à leurs questionnements.
Résultats attendus[modifier | modifier le code]
L’objectif scientifique de ce projet est de développer des méthodes originales de traitement et d’intégration des données générées par les plateformes régionales (données de spectrométrie de masse, séquençage haut débit, génotypage, transcriptomique, …) permettant d’accompagner les programmes de recherche en biologie, à la fois dans le domaine de la santé et dans le domaine du végétal. La diffusion de ces méthodes et leur mise à disposition via des portails web dédiés permettra d’accroître la reconnaissance nationale et internationale du consortium dans le domaine très actif de la biologie intégrative. Le projet vise également à accompagner le développement et le rayonnement de la bioinformatique en Pays de la Loire en participant à l’élaboration d’un schéma directeur et à l’enrichissement de l’offre de formation.
Voir aussi[modifier | modifier le code]
Articles connexes[modifier | modifier le code]
Liens externes[modifier | modifier le code]
Catégorie:Bio-informatique Catégorie:Université de Nantes
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