Discussion modèle:Infobox Protéine

Nom des paramètres

Bonjour Sensonet2, je suis prêt à t'aider, mais il me faudrait plus de détails car je ne connais rien dans les protéines, ou molécules. Premièrement, j'ai renommé le modèle en {{Infobox Protéine}} pour respecter la nomenclature. Ensuite, il va falloir traduire les termes des paramètres et les écrires au long. C'est là que je vais avoir besoin de ton aide.

Prenons un exemple plus complet que la Thaumatine, où tous les champs pourront être renseignés : fr:ADN ligase et en:DNA ligase qui utilisent fr:Modèle:Infobox Protéine et en:Template:Protein. Alors voilà, il faudrait traduire tous les paramètres, les écrires au long, en n'utilisant que des minuscules :

Name	nom
name	"nom" ou "nom approuvé" (pas clair)
image	image
width	largeur
caption	légende
Symbole	symbole
AltSymbols	synonymes
ATC_prefix	préfixe atc
ATC_suffix	suffixe atc
ATC_supplemental	information atc additionnel
CAS_number	numéro cas
CAS_supplemental	information cas additionnel
DrugBank	numéro drugbank
EntrezGene	numéro entrez gene
HGNCid	numéro hugo (/numéro hgnc/id HGNC/id hugo/...)
OMIM	numéro OMIM
PDB	numéro structure 3D
RefSeq	id refseq (/id RefSeq )
UniProt	id uniprot (/id UniProt)
ECnumber	nomenclature EC
Chromosome	chromosome
Arm	bras
Band	bande
LocusSupplementaryData	information locus additionnel

N'hésite surtout pas à communiquer avec moi si tu as besoin. Au plaisir, Antaya @ - 9 octobre 2007 à 05:16 (CEST)

Hello Antaya,

Merci pour ton aide. En fait je n'en connais pas plus sur les proteines que toi. Il faut impliquer un wikimember de la setion biologie (j'ai laissé un message dans le café des biologistes). Je me suis juste contenté de traduire en partie (avec + ou - de succes) l'infobox de en.wiki. J'avais des problemes avec la syntaxe mais j'ai fini par regler le probleme. Utilisateur:Sensonet2 09-10-2007

Voila traduction faite.--Sensonet2 11 octobre 2007 à 16:15 (CEST)

prefix > préfixe non ? --Paulokoko ^猿渡樹 11 octobre 2007 à 18:35 (CEST)

Je doute que cette traduction soit scientifiquement appliacable, autant pour les professionnels de ce secteur, que pour les paramètres du modèle. On va devoir attendre un professionel du domaine avant de poursuivre. On s'en reparle bientôt! Au plaisir, Antaya @ - 11 octobre 2007 à 19:49 (CEST)

Arm => Bras (voir l'article chromosome). Je ne suis pas sur qu'il faille tout traduire. C'ertain mot comme "Drugbank". --Sensonet2 12 octobre 2007 à 14:51 (CEST)

• à première vue, le mieux est de commencer par la doc des paramètres ; ensuite de se référer à WP ou Google : Protéine, Chromosome, ATC, en:DrugBank, en:HGNC, Entrez de toute manière ces liens sont nécessaires dans la doc.
• note : la plupart de ces paramètres ne semble être que des codes de page ; le numéro n'a de sens sur le site, il ne devrait pas être affiché. {{User:STyx/Signature}} 13 octobre 2007 à 20:05 (CEST)

Proposition

| colspan="3" class="entete entete defaut" style="background-color:#F5DEB3;color:black;" | Infobox Protéine |-

réparation de lésion chromosomique par l'ADN ligase. Caractéristiques générales ! Nom approuvé | ligase I, DNA, ATP-dependent |- Symbole LIG1 ! Locus | 19' |- Amha,

• width est inutile
• Pour la doc. du modèle tout est ici faut juste traduire ce qu'il nous faut.
• la plupart des id. ne sont (apparemment) que des codes de pages (ils ne devraient pas être affiché)
• le plus important est hugo (HGNCid). Cela donne [1] qui fournit toute ces pages ... d'autres encore. Donc pourquoi s'embêter à recopier tous ces numéros juste pour reproduire cette page
• le choix des sites est américano-centré (NCBI). Il faudrait plutôt privilégier GENATLAS ; c'est en (non malheureusement) français
• symbol et hugo permet de recréer le cadre "Gene Symbol Links"
• Donc je propose (au moins dans un premier temps) un modèle plus simple (après c'est à la demande) :

name	nom	description
name	nom approuvé	(pas clair)
image	image
caption	légende
Symbole	symbole
AltSymbols	synonymes	(noms/symboles?) liste ; un nom par ligne (utiliser <br/>)
HGNCid	hugo (pour le moment)	donne accès au site HUGO (obligatoire)
Chromosome	chromosome	utiliser le site HUGO pour obtenir le locus. « 13q33-q34 » donne |chromosome=13 |bras=q |bande=33 |fin de locus=-q34 « 11q1.4-q2.1 » donne |chromosome=11 |bras=q |bande=1 |fin de locus=.4-q2.1
Arm	bras
Band	bande
LocusSupplementaryData	fin de locus

(ah la la , j'en fait trop !){{User:STyx/Signature}} 14 octobre 2007 à 01:15 (CEST)

Notes

Faut pas copier que les ricains  : it:CD44 it:Template:Proteina ! {{User:STyx/Signature}} 14 octobre 2007 à 01:29 (CEST)

Manque de pot, le modele italien est aussi copier/inspirer du modele Anglo/américaine. ;)--Sensonet2 15 octobre 2007 à 11:21 (CEST)

Discussions inf protéine

Salut,

Merci beaucoup Wikialine de reprendre l'infobox en main, elle sera très utile. Pour autant ça n'a pas l'air de contenter tout le monde, comme le montre la discussion sur la page du café des biologistes. Je vais voir avec eux pour trouver une solution. Il est vrai que l'infobox contiendra avant tout les caractéristiques des protéines humaines, il est impossible de mettre les caractéristiques pour tous les organismes.

Concernant les entrées de l'infobox, c'est vrai que ça ressemble à du chinois, en fait il s'agit essentiellement de liens vers des bases de données, comme Entrez, OMIM, PDB, Refseq, Uniprot... Pourrais-tu couper l'infobox en 3 parties ou 3 paragraphes, une partie pour les caractéristiques de la protéine, une partie pour les caractéristiques du gène correspondant, et une partie bases de données. Dans la partie caractéristiques de la protéine, il faudrait mettre les entrées suivantes:
- Poids moléculaire
- Composition
- Point isoélectrique
- Formule chimique... (je vais penser à d'autres entrées éventuelles)
Pour les caractéristiques du gène:
- Chromosome et locus
- longueur
- exons
Enfin pour les bases de données, serait il possible de faire comme pour l'infobox anglaise (voir en:titin), avoir 2 colonnes, une pour l'homme et une pour la souris. Ça serait vraiment parfait, et moins "anthropocentrique". D'avance, merci beaucoup
Ludo33 (d) 26 février 2009 à 21:44 (CET)

Voilà j'ai modifié le modèle, j'ai créé les 3 rubriques que tu as demandé et j'ai inclus 3 colonnes pour les bases de données avec une colonne pour l'humain et une autre pour la sourie. amicalement--Wikialine (d) 27 février 2009 à 01:15 (CET)

Bonjour wikialine et Ludo, désolé si mon premier message a donné l'impression que j'étais le grincheux de service! :-) Je pense donc que c'est une bonne idée de relancer cette infobox. Par contre vous l'aurez compris je suis un farouche combatant de l'anthropocentrisme! donc pour moi les entrées homme et souris sont à exclure, même si de nombreux articles sur des protéines seront créés en fonction du rôle chez l'humain, je trouve gênant de "valider" involontairement cette "supériorité" (en terme d'importance) de l'homo sapiens. Attention je ne vous accuse pas du tout d'avoir ce point de vue, c'est juste l'experience de l'article ADN mitochondrial qui me laisse penser qu'il faut prévenir plutôt que guérir! Au niveau de la structure de la boîte en elle même, est ce que copier l'idée des taxobox (des box dans des box?) ne pourrait pas nous aider dans l'avenir a avoir une information compléte? Par exemple avoir une Box générale (eucaryote/bacteria/ archea ou universelle, fonctions connues, etc) puis des box pour chaque espece modéle(les caractéristiques proteines et gènes que Ludo suggére)? Voila pour mes premières impressions, je vais essayer d'y réfléchir pour vous apportez des remqraues vraiment constructives!--Chandres (d) 27 février 2009 à 09:32 (CET)

Bonjour, je crains que cette infobox ne soit pas assez accessible : plusieurs colonnes, trop longue et insécable. Il y a des améliorations à faire dans ce sens. Des pistes sur Wikipédia:Atelier accessibilité/Taxobox et infobox. --amicalement, Salix ( converser) 27 février 2009 à 14:43 (CET)

PS. souris ça s'écrit avec un S à la fin

Bonjour Chandres, pas de soucis, je n'ai jamais pensé que tu étais grincheux. En tant que participante du projet infobox, je m'efforce de donner satisfaction à une demande de Ludo qui depuis quelques temps tente de mettre en place cette infobox mais jusqu'à présent personne n'a réussi à l'aider. Moi je m'étais abstenu car n'étant pas scientifique, il n'était pas évident pour moi de monter cette infobox. Voyant que rien n'avance et que Ludo est très motivé j'ai décidé de l'aider en suivant ses volontés. Il me dit ce qu'il souhaite et je m'éfforce de traduire concrètement et techniquement son souhait. Je tiens absolument à rester neutre dans vos débats. L'anthropocentrisme et autre notion doit surement être prise en contre, je l'ignore. Je ne suis pas assez qualifier dans ce domaine, c'est pour ça que je ne te contredirait pas toi, Ludo ou quiconque. Moi je me contente d'aider les wikipédiens qui souhaitent cette infobox. A présent vous êtes 2 personnes qui semblez compétentes, c'est une bonne chose. A vous deux dites moi ce que vous voulez et je m'efforçais de vous faire cela. Pour le moment j'ai créé une infobox sur les instructions de Ludo qui a voulu que l'on prenne exemple sur nos voisins anglosaxons qui ont choisi d'y mettre l'humain et la souris. Mais je suis d'accord on peut réfléchir à une autre présentation ou montage. En tout cas, je vous écoutes guidez moi. amicalement--Wikialine (d) 27 février 2009 à 14:45 (CET)

Salut, je n'ai pas non plus pensé que tu étais le grincheux de service. J'avais juste mal compris ton message puisque je pensais que tu n'étais pas d'accord avec le principe même de l'infobox. Je comprends tout à fait tes craintes sur l'anthropocentrisme de la box. Le truc c'est que je ne vois toujours pas comment y inclure les données de tous les organismes. On peut peut-être rajouter le rat en plus de la souris et de l'homme. Ce sont les 3 espèces pour lesquelles habituellement les données sont accessibles, ou connues. A moins, et c'est peut-être une solution, de mettre des menus déroulants. Mettre par exemple le poids moléculaire (ou n'importe quelle autre donnée) de la forme humaine, celui de la forme murine, et mettre les autres sous forme de menus déroulants. Ça mettrait certes en valeur les données humaines et murines, mais ça n'exclurait pas les autres espèces. Qu'en pensez vous??

Concernant les taxobox, je ne vois pas comment ça marche, donc je m'abstiens...

Ludo33 (d) 27 février 2009 à 15:49 (CET)

Les taxobox sont des infobox rien de plus. Le nom est trompeur. La différence tient dans sa construction. Mais pour le moment on en est pas là. Il faut défénir la façon de présenter les information après quoi on cherche le moyen technique le plus adapté pour créer l'infobox. amicalement--Wikialine (d) 27 février 2009 à 17:25 (CET)

Ok j'ai compris, avec ludo et les autres biologistes on cherche le contenu le plus pertinent et Wikialine nous en fait une belle boite! :-)

Moi ou quelqu'un d'autre, ça va de soit. L'important c'est que entre scientifique vous vous entrez en concertation. Après quoi la mise en place d'un modèle d'infobox ne devrais pas poser de problèmes. amicalement--Wikialine (d) 28 février 2009 à 01:33 (CET)

Bon pour l'anthropocentrisme, rajouter le rat n'est pas vraiment une solution, c'est plutôt ... pire! sa reste un mammifère, donc représentatif de très peu de chose au niveau du vivant! Pour ce qui est de la disponibilité des données, il y a aussi l'arabette, la levure, E.coli, C. elegans.... Peut être qu'un regroupement de données pertinentes (poids moléculaires, taille de gènes, etc.) par espèce modèle (d'où l'idée de boites dans le boites)? cela pourrait donner quelque chose comme ca:

Généralité

| Nom =

| Image =

| Image-taille =

| Image-desc =

| synonymes =

| fonctions =

Pour les organismes modèles:

protéine:

| Symbole =

| AltSymbols =

| Poids moléculaire =

| Point isoélectrique =

| Localisation =

| PDB =

| UniProt =

gène:

| Symbole =

| Chromosome et locus =

| Longueur =

| Exons =

| Positionnement =

| EntrezGene_h =

| RefSeq =

voila, juste pour pouvoir vous donner une meilleure idée de ce que j'ai en tête! si j'arrive j'essayerais de faire une image exemple --Chandres (d) 27 février 2009 à 18:46 (CET)

Quand tu disais d'éviter l'anthropocentrisme, je pensais que tu parlais d'inclure d'autres espèces de Mammifères, c'est pour ça que je proposais le rat. C'est vrai que travaillant sur des protéines humaines, j'ai tendance à ne penser qu'aux mammifères. En même temps, il est rare qu'une protéine exprimée chez l'homme soit également présente chez E. coli, du moins sous le même nom. Je comprends que tu veuilles inclure des espèces modèles, comme l'homme et la souris pour les mammifères, E. coli pour représenter les bactéries... mais je ne vois pas comment tu veux organiser ça. Ne penses tu pas que les menus déroulants peuvent résoudre ce point?Ludo33 (d) 27 février 2009 à 21:24 (CET)

Chandres, grosso modo, si je suis tes propos, on devrait alors s'orienter vers la création d'une infobox V2 sectionnée en plusieurs sous modèles. Reste à définir ces sous modèles et ce que l'on y met dedans. Le plus simple serait de vous concertez et que l'un d'entre vous face un dessin simpliste sur paint par exemple. Avec ce dessin informel, je comprendrais facilement comment vous voulez présenter les choses. amicalement--Wikialine (d) 28 février 2009 à 01:43 (CET)

Me concernant, la version que tu as créée me va très bien, et l'ajout des boites déroulantes que je propose ne nécessite pas de modifier l'infobox il me semble (quoi que je ne suis pas sûr). J'ai du mal à me faire une image de ce que souhaite Chandres, donc effectivement un dessin serait le bienvenu. Ludo33 (d) 28 février 2009 à 02:01 (CET)

Ok je vais essayer le dessin ca me parait vraiment le plus simple, Ludo est ce que tu aurais un ou deux exemple d'article ou tu voudrais mettre cette box? ca serait plus simple car là tu saurais déjà les infos que tu voudrais voir apparaitre?--Chandres (d) 28 février 2009 à 10:19 (CET)

Bonjour. mon avis en tant que néophyte qui voit un article sur une protéine pour la première fois: la section base de données de cette infobox est incompréhensible. J'ai donc passé un lien après l'autre pour me rendre compte qu'il ne s'agit en fait de rien d'autre que le nom d'un produit dans un catalogue. Je constate par contre que par rapport à d'autres infobox sur le même sujet, c'est bien la seule qui ne parle pas uniquement de classement, et je trouve ca plutôt bien.--Silex6 (d) 28 février 2009 à 12:43 (CET)

Je comptais mettre cette infobox sur de nombreux articles, mais pour citer des exemples, je pensais à l'EGF, la dystrophine et la beta-tubuline (seul l'article sur la tubuline existe, il faudra créer les articles pour l'alpha et la beta).

@ Silex6, il est clair que pour un non-biologiste, les bases de données sont incompréhensibles et ne servent à rien. Mais pour un biologiste ça permet d'avoir des tonnes d'infos.

--Ludo33 (d) 28 février 2009 à 18:20 (CET)

effectivement pour l'instant la partie proposée pour les bases de données peut apparaitre indigeste, mais comme le dit Ludo c'est une source de données importante, a nous de bien définir les bases pertinentes! Sinon pour un exemple de ce que ne doit pas devenir une infobox protéine et l'article qui va avec, du point de vue anthropocentrisme! en:Fructose_1,6-bisphosphatase. Pour les non-biologistes, cette enzyme est présente chez la quasi totalité des organismes vivant! --Chandres (d) 2 mars 2009 à 15:42 (CET)

Organisation générale de l'infobox

thumbs

thumbs

Alors voila j'ai essayé de mettre en image ce à quoi je pensais. Effectivement ce type d'organisation correspondrait à plusieurs sous modèle (un par espèce modèle au moins). En faisant cette maquette il m'est apparu qu'il serait trés important de fixer quelles bases de données serait utilisée pour récupérer les données, et également que la notion de "infobox protéine" était un peu trompeur, pour de nombreux cas il s'agira d'une "infobox famille de protéine". Pour les menus déroulant, je n'ai rien contre, par contre je suis pas sur que ce soit génial au niveau code et/ou accéssibilité.--Chandres (d) 2 mars 2009 à 15:28 (CET)

Pour le nom de l'infobox on verra à la fin si on garde le nom protéine ou famille de protéine. Pour ce qui est de la conception voilà j'ai créé une infobox en suivant tes recommandations. A présent vous pouvez mettre autant d'espèces que vous voulez. Reste à définir les paramètres exacts à ajouter et leur libellé. Pour ce qui est d'une liste déroulante, on peut en ajouter une, reste à voir si c'est réellement nécessaire. Combien d'espèces voulez-vous ajouter dans l'infobox. Estce d'ailleurs des espèces ou des familles d'espèces ? Dans tous les cas, jusqu'à combien de répétition du sous-modèles devrait-on atteindre pour certains articles. En tout cas, voilà une première étape voir sur Utilisateur:Wikialine/essais6. amicalement--Wikialine (d) 2 mars 2009 à 16:42 (CET)

Je trouve que ce n'est pas mal du tout comme ça, reste qu'il faut rajouter des données comme le nombre d'acides aminés de la protéine, la longueur du gène et le nombre d'exons, la nomenclature EC et surtout les liens vers les différentes bases de données (on est pas obligé d'en mettre autant que dans la box anglaise, mais EntrezGene, Uniprot, PDB et OMIM me semblent nécessaires). Pour le nombre d'espèces je pense qu'il faudrait probablement se limiter à 3 (mais ça n'engage que moi) sinon l'infobox risque d'être longue, très longue.... Les espèces à mettre dépendront de toute façon de la protéine.

Enfin pour le nom, je pense que garder "protéine" serait judicieux. Toutes les protéines ne font pas forcement partie d'une famille de protéine.

Ludo33 (d) 3 mars 2009 à 15:57 (CET)

Parfait, l'intérêt d'une boîte modulaire est que les paramètres n'ont pas à être forcément identiques pour chaque espèces, non?Perso je vois au grand maximum 5 répétitions de sous modèles espèces, Eucaryote (1 Mammifére & 1 Plante) Bacterie, Archaea, Virus dans le cas d'une protéine universelle, donc moins de sous modèle pour la majorité des protéines présentées dans Wp. Dans mon esprit je pensais proposer la création de sous modèle: Homme, Souris, Arabidopsis, Drosophile, Levure, Bactérie, Archaea et Virus, et que l'on discute indépendamment les paramètres de chaque sous modèle. Ludo a raison sur l'importance des leins vers les différentes bases de données, mais cela va varier suivant les espèces, par exmple Arabidopsis n'a pas besoin d'une grosse liste quand un seul lien vous donne déjà ca! Ce n'est pas une demande c'est juste pour préciser ma façon de penser ces infobox! :-) comme plan de travail je proposerais bien:

1. choisir les paramètres minimum commun à tous les sous modèle, comme le propose Ludo "le nombre d'acides aminés de la protéine, la longueur du gène et le nombre d'exons, la nomenclature EC"
2. déterminer les paramètres de chaque sous modèle, je suis pas sur que faire une liste de sous modèle avant soit essentiel, je pense que dans certains cas on se rendra compte que l'accéssibilité des données n'est pas assez bonne pour que cela soit dans une infobox
3. écrire un manuel de cette infobox! ca ca va être essentiel, mais il y a moyen de faire quelque chose de vraiment bien je pense!

Sinon Ludo est ce que tu as une idée pour le cas des familles multi protéique, par exemple les beta tubuline, il y en a au moins 8 chez l'homme? Dans mon exemple je mettais la liste des identifiants (peut être remplacée par le nombre de protéine) et des fourchettes de tailles, PI etc,--Chandres (d) 3 mars 2009 à 16:50 (CET)

Pas de problème pour les 5 sous-modèles. Je pense de toute manière que le nombre de protéines universelles capables d'avoir les 5 sous-modèles sera très limité. Les espèces à choisir dépendront des protéines, donc on verra au cas par cas. C'est vrai que la liste des liens peut être sérieusement réduite pour certaines espèces. Dans le cas il faudrait peut être que le nom des bases de données ne soient pas fixé par l'infobox. Il faudrait une entrée "nom de la BDD1" puis "Lien BDD1", "nom de la BDD2" puis "Lien BDD2", etc. Ça permettrait de mettre des BDD autres que Uniprot, PDB ou EntrezGene.

En ce qui concerne les familles de protéines, la solution pourrait être de mettre des menus déroulants. Non, je ne fais pas une fixation sur les menus deroulants , ça pourrait être utile. On pourrait ainsi en cliquant sur dérouler avoir les poids moléculaires des différentes isoformes par exemple.

Ludo33 (d) 3 mars 2009 à 18:26 (CET)

Bon, si je vous suis bien, vous êtes tout deux d'accord pour la création de 5 ou 6 sous-modèles (Humain,...). Donc avant d'aller plus loin procédons par étapes. Donnez Moi la liste précise, ci-dessous, des sous-modèles (Humain...). Ensuite, vous déciderez quoi mettre dedans, une fois les sous modèles créé.amicalement--Wikialine (d) 3 mars 2009 à 23:14 (CET)

Est-il possible de ne pas donner de nom d'espèce aux sous-modèles afin de pouvoir choisir l'espèce selon la protéine??Ludo33 (d) 4 mars 2009 à 00:08 (CET)

Chandres souhaite la création (à ce que j'ai compris) de 8 sous-modèles que sont Homme, Souris, Arabidopsis, Drosophile, Levure, Bactérie, Archaea et Virus. Soit on part sur cette base soit on reprend l'idée du départ que j'ai mis en exemple. Je vous créer un seul sous-modèle. Sachant que ce sous-modèle intègrera tous les paramètres, que je prendrais soin de mettre en facultatif après on met dans la documentation une liste de syntaxes d'exemples pour chaque espèce, ou catégorie ou famille d'espèce, en y montrant les paramètres à remplir lorsqu'il s'agit d'humain puis un autre exemple de syntaxe lorsqu'il s'agit d'une souris. On gagnerait surement du temps en procédant ainsi, et ça laisserait une porte ouverte si à l'avenir vous voulez ajouter d'autres espèces pour des besoins particuliers. Je vous laisses décider. amicalement--Wikialine (d) 4 mars 2009 à 02:25 (CET)

Ok pour commencer avec un seul sous-modèle (Utilisateur:Wikialine/essais1) et une documentation précises, en plus j'imagine qu'il est plus facile de créer d'abord un sous-modèle, et par la suite, si c'est nécessaire, des sous modèles alternatifs. Je créé de nouvelles sections en dessous pour compartimenter les discussions (caractéristiques générales, protéine, gènes, base de données, etc.) comme ça il sera plus facile de discuter chaque point indépendamment? (comme par exmple crééer une nouvelle sous section pour discuter un paramètre particulier) n'hésitez surtout pas à changer l'organisation, je veux surtout pas imposer ma manière de faire !--Chandres (d) 4 mars 2009 à 09:34 (CET)

Paramètres

Données de la section commune intitulée : Caractéristiques générales

Dans mon idée cela doit résumer rapidement la fonction et la structure de la protéine en question, problème cela doit être correctement sourcé! En première approximation je dirais que la "meilleure" source de donnée serait Interpro pour reprendre l'exemple beta-tubuline cela donne ça.--Chandres (d) 4 mars 2009 à 09:34 (CET)

• Fonction (go annotation)
• Distribution (archaea eucaryote bacteries virus)

Il s'agit là de discuter de la première partie intitulée dans l'infobox « Caractéristiques générales ». Dans l'exemple actuel il y a déjà les paramètres Fonction et Distribution. Voulez-vous que j'en ajoute ? Si vous ne voyez pas d'autres paramètres à ajouter dans cete partie alors on peut passer au développement des paramètres du sous-modèles. En tout cas, il est impératif de commencer par la partie commune qui est intitulée « Caractéristiques générales ». amicalement--Wikialine (d) 4 mars 2009 à 12:00 (CET)

Peut être rajouter une entrée "localisation" pour indiquer si la protéine est ubiquitaire, tissu spécifique, dans quels organes ou tissus elle est exprimée... Ludo33 (d) 4 mars 2009 à 22:57 (CET)

En fait je viens de voir que c'est déjà dans "caractéristiques de la protéine", mais je pense que ça serait mieux dans caractéristiques générales, la protéine s'exprime là où le gène s'exprime, enfin dans la plupart des cas... Ludo33 (d) 4 mars 2009 à 22:59 (CET)

On peut peut-être également rajouter le symbole de la protéine (comme TTN pour la titine) et les autres ou anciens noms utilisés, mais là c'est franchement facultatif. Ludo33 (d) 4 mars 2009 à 23:05 (CET)

Ok, j'ai rajouté les paramètres suivant dans cette section Caractéristiques générales :

• | Localisation = ...
• | Symbole = ...

Amicalement--Wikialine (d) 4 mars 2009 à 23:15 (CET)

Données de la section intitulée : Caractéristiques par espèces

Il s'agit ici d'établir la liste de tous les paramètres à ajouter dans le sous-modèle qui sera ajouté une ou plusieur fois dans la section « Caractéristiques par espèces ». Pensez à proposer l'intitulé qui sera dans la colonne de gauche en caractère gras et à proposer la valeur qui lui est associé comme par exemple :

• Intitulé | valeur =

Caractéristiques des protéines

données brutes

• nombres de protéines ou nom exact si protèine unique
• fourchette de taille en nombre d'acide aminés
• fourchette de poids moléculaire
• fourchette de PI
• localisation cellulaire

Il faudrait rajouter, selon moi, la nomenclature EC et le CAS number. Ludo33 (d) 4 mars 2009 à 23:01 (CET)

liens externes

• Uniprot
• pdB
• TAIR (arabidopsis)

Caractéristiques des gènes

données brutes

• nombres de gènes ou nom exact si gène unique
• fourchette de taille en nucléotides
• fourchette de nombre d'exon
• localisation si gène unique

liens externes

• Entrezgene
• OMIM
• HUGO (humain)
• TAIR (arabidopsis)

Longueur

Salut,
Je devrais avoir enfin du temps à consacrer à cette infobox. Wikialine, pourrais-tu ajouter tous les paramètres cités précédemment à l'infobox pour avoir une idée de sa longueur. En effet je me demande si avec tous ces paramètres l'infobox ne va pas être un peu trop longue. Elle risque même d'être plus longue que les articles concernant les protéines en question.
Ludo33 (d) 8 avril 2009 à 18:44 (CEST)

Mise à jour

Bonjour, je suis en train de proposer des améliorations de l'infobox sur le café des biologistes. Cordialement, Wikini (discuter) 23 juin 2015 à 12:14 (CEST)

Mise à jour : la conversation est passée en archive. Wikini (discuter) 22 juillet 2015 à 14:53 (CEST)