Discussion:Bio-informatique

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Peut-être qu'une page Bioinformatique:Outils serait la bienvenue, pour ceux qui ont des références, des URLs, non ? Raph 13:53 jan 19, 2003 (CET)

Qu'est-ce qui est de la bioinformatique, qu'est-ce qui n'en n'est pas

J'ai noté que l'article parlait de la modélisation moléculaire et de la dynamique moléculaire comme composantes de la bioinforamtique. Personnellement, je trouve ça bizarre. Ces 2 disciplines (modélisation dynamique moléculaires) seraient plutôt de la biophysique et de la modélisation (au sens large). Il s'agit pas tellement d'un traitement de l'information biologique mais plutôt de la construction de modèles prospectifs. A moins que l'on ne cherche à déterminer la structure à partir de la séquence. Dans ce cas, ça me parait effectivement plus proche de la bioinformatique 83.159.12.197 10 décembre 2005 à 02:04 (CET)

J'ai effacé la phrase sur la dynamique moléculaire dans la partie modélisation moléculaire. Je pense qu'effectivment, il ne s'agit pas de bioinformatique. J'ai également rajouté la seonde adresse web du Pôle BioInformatique Lyonnais qui est un regroupement de principalement 2 labos (Université Lyon 1 et CNRS).

Foobar 10 mai 2006 à 15:57 (CEST)

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J'ai délacé la note (NOTE: L'orthographe bioinformatique, sans trait d'union, est erronée et est calquée de l'anglais bioinformatics.) à la fin de l'article. Ca ne me paraît pas vraiment important. D'une part, une recherche dans google donne 16,300 résultats pour bio-informatique, et 38,000 pour bioinformatique. D'autre part, des sites très sérieux proposent l'orthographe "anglicisée" http://www.fil.univ-lille1.fr/FORMATIONS/DESSBIOINFO/ , etc. Après tout, c'est à ceux qui utilisent le mot d'en imposer l'usage... Arnaudus 4 mai 2004 à 20:10 (CEST)

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En fait, en français le o et le i ne peuvent se côtoyer dans une liaison préfixe-suffixe, sinon le son oi sera formé; ainsi, bioinformatique devrait se prononcer « bi-oin-formatique ». Cette règle n'existe pas pour d'autres liaisons; ainsi on écrira biopuce et bioéthique, mais micro-informatique et mono-insaturation.

Voir http://grammaire.softissimo.com/index_alpha/Fiches/Fiche254.htm et autres grammaires pour plus de détails.

Shrodi 4 mai 2004 à 20:31 (CEST)

C'est logique, sauf que là, ce n'est pas "oin", mais "ioin", qui ne laisse pas vraiment d'ambigüité; il faudrait être vraiment tordu pour ne pas faire la diphtongue "i-o" pour privilégier "oin", non? microinformatique se lit bien "mi-croin", mais bioinformatique ne m'a jamais posé de problème, personnellement... Enfin j'ai pigé l'argument, ça se tient. Arnaudus 4 mai 2004 à 22:29 (CEST)

quid de l'iup de poitiers ?

je suis a la recherche d'une formatien menant a ce diplome de bioinformaticien et je suis tres intéressé par l'iup de poitiers option biologie et informatique ... cependant il n'est pas cite dans les sources ... oubli ou pas ?

Définition de l'homologie

La phrase suivante :

En supposant que les séquences de gènes homologues trouvées chez deux espèces proviennent d'un même gène ancestral présent chez la dernière espèce ancêtre commune à ces deux espèces, on peut quantifier la distance génétique entre ces deux espèces. Cette distance génétique est représentée par le nombre de mutations qui séparent les gènes de ces deux espèces, du gène ancestral.

me parait incorrecte. En effet, des séquences de "gènes homologues" sont des séquences qui ont un ancêtre commun. La proposition "en supposant que les séquences de gènes homologues [...] proviennent d'un même gène ancestral" semble erronée (ce n'est pas une supposition, c'est une définition). Pour autant, je suis plus informaticien que biologiste :)

--Manproc 19 juin 2006 à 12:33 (CEST)

Je suis tout a fait d'accord. Plus généralement, il ne faut pas confondre homologie et similarité. Deux séquences similaires ne sont pas forcément homologues, c-à-d qu'elles ne proviennent pas forcément d'un ancêtre commun. -- Foobar 20 juin 2006 à 21:47 (CEST)

J'ai rajouté quelques précisions concernant paralogie et orthologie mais il y a le troisième cas de figure dont le nom m'échappe. Quelqu'un s'en souvient?

Liens externes

Bonjours, je viens de relire l'article Bio-informatique et je constate une nette dérive des liens externes: il y en a plus que de mot dans l'article quasiment!. Idéalement, les liens externes ne devrait contenir que ce qui à réellement servi à rédiger l'article et non pas être une simple liste de lien comme dans DMOZ. Bref, un lien externe n'est pas là pour servir de jolie image d'illustration. Je propose donc de supprimer purement et simplement tout les liens externes à l'exception peut être d'un lien vers le NCBI et/ou l'EMBL qui sont les 2 grosses références mondiales en matière de ressources en bio-informatique. Si l'on doit mettre chaque Master, chaque labo, chaque chercheur qui fait un peu de bio-info, l'article perdra toute pertinence. Avant de me répondre, n'oubliez pas de lire la page d'aide consacrée aux liens externes -- Foobar 24 septembre 2006 à 00:41 (CEST)

Voila, j'ai fait un petit (gros) nettoyage. N'ayant pas recu de commentaires suite a ma proposition, j'ai essaye de couper la poire en deux en ne gardant que les liens liens me semblant les plus representatifs (notamment ceux cites dans l'article). Je pense que l'on peut encore en enlever. -- Foobar 4 octobre 2006 à 18:26 (CEST)

De la définition du mot "bioinformatique" ...

Il est erroné de prétendre que la bioinformatique se limite à je cite "... toutes les applications informatiques appliquées à la biologie.". Une définition plus acceptable a été donné par Jean-Michel Claverie, chercheur reconnu du domaine : "La bioinformatique est constituée par l'ensemble des concepts et des techniques nécessaires à l'interprétation de l'information génétique (séquences) et structurale (repliement 3-D). C'est le décryptage de la " bio-information (" Computational Biology" en anglais). La bioinformatique est donc une branche théorique de la Biologie." (http://igs-server.cnrs-mrs.fr/jcnrs.htm).

L'information est intéressante. Je l'intègre, si ça plaît pas on retirera. Emmanuel « Manproc » (msg) 13 octobre 2006 à 10:12 (CEST)

Je viens de voir la modification sur de la définition de la bio-informatique. Je crois que le terme discutable dans la définition précédente était le terme « application ». Le terme « informatique » est plutôt a prendre dans le sens théorique du terme plutôt que dans le sens ordinateur. Je propose donc l'intro suivante à la place:

La bio-informatique est une discipline a la frontière de la biologie et de l'informatiques qui tente d'expliquer comment s'organise l'information au niveau moléculaire dans le génome et le protéome et comment cette information évolue au cours du temps (phylogénie).

D'autre part, la biologie calculatoire (« Computational Biology » ou « biocomputing ») n'est pas tout à fait équivalent à bio-informatique (« bioinformatics »). Cela signifie que l'on utilise des modèles de représentation mathématique afin de modéliser un phénomène biologique. Par exemple, la dynamique moléculaire peut être de la biologie calculatoire (si elle s'interesse à une protéine) mais ça n'est pas pour autant de la bio-informatique (historiquement, la discipline est rattachée à la chimie théorique). Il est toujours possible ensuite de citer le Pr. Calverie. -- Foobar 14 octobre 2006 à 06:52 (CEST)

Structure de l'article et définition du champ

La Bio-informatique, que je pratique depuis ses débuts il y a 25 ans, est une discipline en évolution rapide et je trouve à la fois que la structure de cet article ne reflète pas l'état actuel de ce champ et est trop restrictive par certains aspects. Aujourd'hui la bio-informatique comporte trois sous-disciplines :

• La bio-informatique des séquences, qui traite de la manipulation des séquences biologiques (ADN et protéine) : comparaison alignement, assemblage, évolution...
• La bio-informatique des structures, qui traite de l'analyse des structures (analyse et prédiction de repliement, docking...).
• La bio-informatique des réseaux, qui traite de l'analyse des réseaux métaboliques, des réseaux génétiques, des réseaux d'interactions moléculaires, cellulaires. C'est une discipline émergente et active, poussée par la nécessité d'interpréter de manière globale les résultats des approches "-omiques" (génomique, transcriptomique, protéomique...). Ce dernier champ est peu ou pas traité dans l'article et c'est l'un des plus actifs à l'heure actuelle.

Ces différents champs ne sont pas si cloisonnés qu'il peut apparaître au premier abord. Pour la prédiction de structures de protéines, les méthodes les plus avancées utilisent de manière courante outils de la bio-informatique des séquences (alignements multiples, analyse des substitutions d'acides aminés). Pour annoter les génomes, on utilise désormais une combinaison des trois approches : l'analyse des séquences pour découvrir des parentés évolutives, l'analyse structurale pour essayer de prédire des fonctions à des gènes inconnus, l'analyse des réseaux pour comprendre l'intégration de tel gène dans tel boucle métabolique (profil caractéristique d'expression tissulaire, réponse coordonnée à tel type de stimulus ou de stress).

La dynamique moléculaire est aussi un outil qui, à mon sens, fait partie intégrante de la panoplie du bio-informaticien. Elle est absolument nécessaire pour un certain nombre d'approche structurales in silico : affinement de prédictions structurales à partir des séquences, criblage virtuel de ligands... C'est certes une technique issue initialement de la chimie théorique, mais que se sont appropriée les bio-informaticiens, comme ils se sont approprié la programmation dynamique ou les chaînes de Markov, issues de l'informatique ou des maths appliquées.

Je propose donc que l'on restructure cet article suivant le plan en trois parties énoncé ci-dessus.

--Fdardel 23 septembre 2007 à 11:01 (CEST) Professeur de Biologie Moléculaire et de Bio-informatique à l'Université Paris-Descartes

Renommage en Bioinformatique

Bonjour, D'après la réforme de 1990 bio-informatique devrait s'écrire bioinformatique! http://www.renouvo.org/regles.php --N€M€SiS 12 avril 2008 à 17:00 (CEST)

Oui, mais ce n'est pas obligatoire. Il suffit de voir http://www.sfbi.fr/ pour voir que les 2 orthographes sont toutes deux utilisées :). En l'occurrence, je trouve la forme avec trait d'union plus lisible. - Dakdada (discuter) 13 avril 2008 à 22:11 (CEST)

Je n'ai pour ainsi dire jamais vu la bioinformatique écrite avec un trait d'union (à part sur Wikipédia). Cette orthographe me semble assez étrange. L'institut Suisse utilise la version sans trait d'union [1]. La Société Française utilise les deux versions visiblement indifféremment [2]. Google liste 130 000 pages pour "bio-informatique" et 440 000 pages pour "bioinformatique". L'usage semble donc préférer la version sans trait d'union, mais je ne sais pas si c'est un critère suffisant ici. Calimo (d) 8 janvier 2009 à 16:17 (CET)

Mes recherches me donnent une quasi-égalité pour les deux... Mais quand bien même, ce n'est pas suffisant pour faire préférer une forme par rapport à l'autre : ce n'est pas forcément représentatif, et ça peut fluctuer (et puis c'est pas toujours fiables les arguments ad googlum).

À noter que sur le GDT ils recommandent bio-informatique : « En français, les mots composés avec l'élément bio- prennent un trait d'union seulement dans les cas où la soudure met en présence deux lettres (les voyelles o et i ou o et u par exemple) dont l'accolement risque de causer des difficultés de prononciation ou de lecture. On écrira donc : bio-informatique. » (ça ressemble un à ce que j'avais dit sur la forme « plus lisible ». De loin.). À choisir entre ces deux recommandations "officielles", celle-ci me parait plus pertinente. - Dakdada (discuter) 8 janvier 2009 à 23:01 (CET)

On oublie souvent les sources les plus évidentes: les dictionnaires papier! Seule l'orthographe «bio-informatique» est retenue par le Petit Robert 2002, et dans le Multidictionnaire de la langue française 1999 on lit à l'entrée «BIO-»: «Les mots composés avec le préfixe bio- s'écrivent sans trait d'union, à l'exception de ceux dont le deuxième élément commence par un i.» - shrodi (discuter) 6 avril 2009 à 9:37 (HAE)

Illustration BDI

Bonjour, l'illustration BDI me semble étrangement placée : dès le début de l'article, et en très gros, alors qu'il semble être question d'un sous-domaine de la bioinformatique... --Roll-Morton (discuter) 31 mai 2015 à 23:13 (CEST)