En 2005 le club est fondé sous le nom pour V-Varen Nagasaki avec les restes du Ariake SC et a rejoint la J. League 2 en 2013 en étant champion de la JFL 2012. Le nom de l'équipe V est un acronyme pour VITORIA, qui signifie victoire en portugais, et VREDE, qui signifie paix en néerlandais, et le mot néerlandais VAREN, qui signifie voyage. Cela signifie un voyage vers la victoire en envoyant la paix depuis Nagasaki, le premier port commercial international du Japon, et en portant les rêves et les espoirs des citoyens de la préfecture. L'emblème est basé sur le motif du canard mandarin, qui est un oiseau de la préfecture de Nagasaki[1].
Depuis 2013 le club reste sur une place de vice-champion de J.League 2 en 2017 mais est relégué directement la saison d'après en 2018.