Il a été fondé en 1989 sous le nom de FC Machida Top et a été rebaptisé FC Machida Zelvia en 1995. Est a rejoint la J League en 2012. Il a été rétrogradé à la JFL l'année suivante, mais à partir de 2014, il a de nouveau rejoint la J. League avec la nouvelle J.League 3.
"Zelvia" est un mot inventé qui combine le nom anglais "ZELKOVA" de zelkova, qui est un arbre de la ville de Machida, et "SALVIA", qui est une fleur de la ville de Machida. L'emblème avec le motif du "Z" de ZELVIA et du "M" de MACHIDA a trois lignes dessinées pour exprimer la position de base du club d'être une trinité de "citoyens", "administration" et "équipe"[3].