Cette page est un brouillon appartenant à Pétrel de Gould

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Il y a un malentendu sur la notion de source. Merci de consulter la page de recommandations wikipédia les notions de sources primaire, secondaire et tertiaire(https://fr.wikipedia.org/wiki/Wikipédia:Sources_primaires,_secondaires_et_tertiaires). Les sources primaires « peuvent être utilisées dans Wikipédia, mais seulement avec précaution » « L'usage de sources primaires non appuyées par des sources secondaires est particulièrement déconseillé dans les articles controversés ou polémiques ».--Pétrel de Gould (discuter) 7 mai 2015 à 10:35 (CEST)

@TomT0m Je viens de lire les discussions autour de "cladisme et cladistique" et je commence à comprendre en quoi le débat serait "politique", c'est plus une confrontation d'a priori qu'une discussion sereine. Le problème c'est que le débat n'existe plus dans la communauté biologiste depuis les années 2000 et qu'il était déjà un débat d'arrière garde. Il faudrait éviter de se faire l'écho de débats dépassés sinon sous un angle historique comme de suggère Tinm. Mais la discussion semble encore chaude, en tant que nouveau contributeur j'hésite franchement à me lancer dans une contribution qui pourrait donner lieu à une guerre d'édition. Mes premiers pas m'ont un peu échaudé en la matière. @Tinm vous avez raison en général un article ne tranche pas définitivement un débat - quoiqu'il existe des exemples fameux. Mais cet article est en fait un manifeste qui dénonce la lecture gradiste des arbres phylogénétiques, et invite les scientifiques à ne plus commettre cette erreur. La lecture gradiste correspond à celle qui est appelée évolutionniste dans wiki, et qui consiste à prendre en compte des groupes privatifs appelés grades qui correspondent en dernière analyse à un grand groupe monophylétique privé d'un petit groupe monophylétique interne. C'était par exemple le cas de l'ancienne catégorie des invertébrés qui correspond au groupe monophylétique des métazoaires dont on retranche le groupe monophylétique des vertébrés. Pour être plus précis, on rangeait traditionnellement dans les invertébrés la mouche, le poulpe et l'amphioxus (un petit cordé sans vertèbres). Si on peut toujours utiliser le mot invertébré comme un adjectif qualificatif, on ne peut plus l'utiliser comme le nom d'un groupe car l'amphioxus est plus proche des vertébrés que de la mouche ou du poulpe. On ne doit aujourd'hui que créer des groupes qui contiennent des êtres vivants plus proche entre eux que de tout autre. Le passage important de l'article est le suivant : But what does it mean to be “more closely related”? Relatedness should be understood in terms of common ancestry— the more recently species share a common ancestor, the more closely related they are. En résumé, si on différencie bien cladistique (la méthode héritée de Hennig basée sur la parcimonie) et le cladisme, ou tree-thinking (le fait de ne prendre en considération que les groupes monophylétiques), on peut dire qu'il n'y a plus de débat, cladisme = analyse phylogénétique ! En revanche, il reste un débat sur les méthode qui oppose la cladistique d'un coté et les méthodes probabilistes de l'autre (NJ, Maximum de vraisemblance...). J'ai conscience que le débat peut sembler obscur et vu les discussion passionnée autour de cladisme évoquées plus haut, j'avoue que mon enthousiasme à mettre à jour ces pages est un peu refroidi.

ici

http://acces.ens-lyon.fr/biotic/evolut/parente/html/homolog.htm

Débat Hennig - Mayr

Derniers échos : http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cla.12037/epdf

Brouillon pour Homologie:

Homologie[modifier | modifier le code]

Homologie : deux notions à distinguer 1) homologie sériée (serial homology) qui désigne des structures répétés au sein d’un organisme et 2) homologie spéciale ou homologie vraie (homology) qui désigne des caractères similaires chez des espèces différente, caractères qui se ressemblent car hérités d’un ancêtre commun.

Homologie spéciale ou homologie vraie ou homologie secondaire :[modifier | modifier le code]

Historique[modifier | modifier le code]

Cette notion est apparue lorsque Willi Hennig a montré que la notion d’homolgie utilisée jusque là par les évolutionnistes était trop floue et qu’il fallait distinguer les caractères à l’état ancestral ou plésiomorphes des caractères à l’état dérivé ou apomorphe. Selon la théorie d’Hennig, appelée cladisme, seule cette dernière catégorie permet de regrouper des espèces sur la base de leur proximité évolutive et de former des groupes monophylétiques (ou clades) qui contiennent un ancêtre et l’ensemble de ses descendants. Une controverse a opposé Hennig à la majorité des évolutionnistes de l’époque au premier rang desquels Ernst Mayr, un des fondateurs de la théorie synthétique de l’évolution appelée synthèse darwinienne. Mayr défendait l’idée que toute ressemblance était porteuse d’information et qu’il était légitime de regrouper les espèces à l’aide de caractères plésiomorphes, c’est-à-dire de former des groupes paraphylétiques (ou grades).

A la fin du XXe siècle, cette conception, qualifiée de phylogénie évolutionniste va progressivement devenir de plus en plus minoritaire et n’est plus défendue que par une poignée d’évolutionniste, au rang desquels Cavalier-Smith. Désormais, pour la majorité des évolutionnistes seuls les groupes monophylétiques sont valides et l’homologie est défonie par l’héritage d’un ancêtre commun. En revanche, si tous s’accordent sur cette analyse, le débat perdure au niveau des méthodes de regroupement qui permettent de produire des groupes monophylétiques. Les positions les plus extrêmes opposent les cladisticiens qui n’utilisent que le critère de parcimonie à ceux qui n’utilisent que des méthodes de ressemblance globale (Neighbour-joining ou NJ) ou aux statistiques a posteriori (Maximum de vraisemblance ou ML). Pour la majorité des évolutionnistes ces débats sont considérés comme stériles et la tendance actuelles pousse à utiliser toutes les méthodes disponibles, puis d’établir une phylogénie consensus appelée phylogénie d’évidence totale.

L'homologie vraie est un pari, une hypothèse[modifier | modifier le code]

Pour démontrer l'homologie de deux structures, on utilise un raisonnement par l'absurde. On pose comme hypothèse que pour chaque caractère observé, la ressemblance trahit une homologie, c'est l'étape d'homologie primaire. Une phylogénies est alors choisie, parmi toutes celles possibles, en minimisant les évènement nécessaires (critère de parcimonie), ou en maximisant la vraisemblance des données (ML). Puis chaque caractère est ré-examiné à la lumière de l'arbre choisit et chaque homologie primaire est ré-évaluée. Quand l'homologie est infirmée elle est qualifiée d'homoplasie et abandonnée; quand elle est confirmée, l'hypothèse est conservée et qualifiée d'homologie secondaire ou d'homologie vraie ou de synapomorphie c'est-à-dire un caractère partagé à l'état dérivé.