En 2016, il remporte une étape du Tour de l'Avenir[2] et le jour suivant s'empare du maillot jaune de leader[3]. Il le conserve pendant une étape et termine finalement la course à la 29e place. Grâce à ses résultats dans cette dernière course, les dirigeants de l'équipe française Delko-Marseille Provence-KTM lui offre un contrat professionnel en septembre[4]. Négocié sans manager, ni intermédiaire, cet engagement a une durée d'un an, puisque dans le même temps, Rodríguez a signé un pré-contrat avec la WorldTeamEtixx-Quick Step pour la saison 2018[5]. Il poursuit finalement une saison supplémentaire avec la formation marseillaise.
Jhon Anderson Rodríguez met un terme à son contrat d'un commun accord avec la formation Delko, en . Son passage dans l'équipe marseillaise n'a pas été celui escompté. Rodríguez reproche à sa formation de ne pas lui avoir fait confiance et donné un calendrier adapté à ses qualités de cycliste. Le Caldense se plaint d'avoir été engagé dans différentes épreuves de la Coupe de France, courses d'un jour ne lui correspondant pas. Ainsi les résultats ne furent pas au rendez-vous. Cependant, il reconnait que vivre seul, loin des siens, lui a beaucoup coûté, ne s'adaptant ni à la langue ni aux coutumes. Jhon Anderson retourne dans son pays mais ne trouve pas de place dans les différentes formations de l'Élite du cyclisme colombien (celles-ci ayant toutes bouclées leur effectif). Il trouve refuge dans l'équipe AV Villas, satellite de la formation Manzana Postobón. Déterminé à ne pas abandonner le cyclisme (sélectionné par la ligue cycliste de son département pour la représenter aux prochains Juegos Nacionales), il affronte sereinement la recherche d'une équipe pour la saison suivante[6]. En novembre, Jhon Anderson Rodríguez trouve un accord avec Raúl Mesa, le manager de l'équipe continentaleEPM, à charge pour le coureur de retrouver le plaisir et la motivation[7].