Chemistry Development Kit

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The Chemistry Development Kit (CDK)
Logo

Fondateur Christoph Steinbeck (en), Egon Willighagen (d) et Dan Gezelter (d)Voir et modifier les données sur Wikidata
Développeur Le projet CDK
Dernière version 1.5.13 ()Voir et modifier les données sur Wikidata
Écrit en JavaVoir et modifier les données sur Wikidata
Environnement Multiplate-forme
Langues Multilingue
Type Chemo-informatique/Modélisation moléculaire/Bio-informatique
Licence LGPLv2.1 (d)Voir et modifier les données sur Wikidata
Site web sourceforge.net/projects/cdkVoir et modifier les données sur Wikidata

Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la Chemo-informatique et la Bio-informatique [1]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.

Historique[modifier | modifier le code]

Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.

Bibliothèque[modifier | modifier le code]

La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).

Fonctionnalités principales[modifier | modifier le code]

Chemo-informatique[modifier | modifier le code]

Article connexe : Chemo-informatique.
  • Édition et génération de molécules en 2D
  • Génération de coordonnées 3D
  • Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)
  • Calcul de descripteurs QSAR[2] (e.g. Entrez PubMed 16959190)
  • Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)
  • Calcul de champs de force
  • Support de nombreux formats de fichier chimique
  • Génération de structures

Bio-informatique[modifier | modifier le code]

Article connexe : Bio-informatique.

Général[modifier | modifier le code]

  • Adaptateur Python
  • Adaptateur Ruby
  • Communauté d'utilisateurs active
  • Newsletter: CDK News

Notes et références[modifier | modifier le code]

  1. Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI:10.1021/ci025584y Entrez PubMed 12653513
  2. Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI:10.2174/138161206777585274 Entrez PubMed 16796559

Annexes[modifier | modifier le code]

Articles connexes[modifier | modifier le code]

  • Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique
  • Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules
  • JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib
  • JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules

Liens externes[modifier | modifier le code]