Chemistry Development Kit

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The Chemistry Development Kit (CDK)
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Développeur Le projet CDK
Dernière version 1.2.7 () [+/-]
Environnement Multiplate-forme
Langues Multilingue
Type Chemo-informatique/Modélisation moléculaire/Bio-informatique
Licence GNU Lesser General Public License
Site web cdk.sourceforge.net

Le Chemistry Development Kit (CDK) est une bibliothèque open source développée en Java pour la Chemo-informatique et la Bio-informatique [1]. Cette bibliothèque est disponible pour les systèmes Windows, Unix, et Mac OS X. CDK est distribué sous licence GNU LGPL.

Historique[modifier | modifier le code]

Le projet CDK a démarré en 2000 par Christoph Steinbeck, Egon Willighagen et Dan Gezelter, les développeurs de Jmol et JChemPaint, afin de créer une base de code commun à ces deux projets. Depuis, de nombreuses personnes ont contribué au projet, permettant le développement de nombreuses fonctionnalités détaillées ci-dessous.

Bibliothèque[modifier | modifier le code]

La bibliothèque CDK ne comporte pas d'exécutable utilisable par les utilisateurs finaux. Toutefois, CDK a été intégré dans plusieurs logiciels afin de rendre ses fonctionnalités disponibles (par exemple, CDK-Taverna, Bioclipse et Cinfony).

Fonctionnalités principales[modifier | modifier le code]

Chemo-informatique[modifier | modifier le code]

  • Édition et génération de molécules en 2D
  • Génération de coordonnées 3D
  • Recherche structurale (sous-structure ou structure exacte)
  • Calcul de descripteurs QSAR[2] (e.g. Entrez PubMed 16959190)
  • Calcul d'empreintes binaires (fingerprint)
  • Calcul de champs de force
  • Support de nombreux formats de fichier chimique
  • Génération de structures

Bio-informatique[modifier | modifier le code]

Général[modifier | modifier le code]

  • Adaptateur Python
  • Adaptateur Ruby
  • Communauté d'utilisateurs active
  • Newsletter: CDK News

Références[modifier | modifier le code]

  1. Steinbeck, C.; Han, Y. Q.; Kuhn, S.; Horlacher, O.; Luttmann, E.; Willighagen, E.L. The Chemistry Development Kit (CDK): An open-source Java library for chemo- and bioinformatics. Journal of Chemical Information and Computer Sciences 2003, 43, 493-500. DOI:10.1021/ci025584y Entrez PubMed 12653513
  2. Steinbeck, C.; Hoppe, C.; Kuhn, S.; Floris, M.; Guha, R.; Willighagen, E.L. Recent developments of the chemistry development kit (CDK) - an open-source java library for chemo- and bioinformatics.. Current pharmaceutical design 2006, 12, 2111-20. DOI:10.2174/138161206777585274 Entrez PubMed 16796559

Voir aussi[modifier | modifier le code]

  • Bioclipse - Logiciel basé sur Eclipse/RCP pour la chemo-informatique et la bio-informatique
  • Jmol - Logiciel de visualisation 3D de molécules
  • JOELib - Version Java des logiciels OpenBabel et OELib
  • JChemPaint - Logiciel d'édition 2D de molécules

Liens externes[modifier | modifier le code]