Marqueur génétique

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Le marqueur génétique est une séquence polymorphe d'ADN aisément détectable, utilisée en cartographie génétique pour « baliser » le génome.

Jusqu'en 1980, les marqueurs génétiques étaient morphologiques car basés uniquement sur des gènes polymorphes cartographiés à partir de l'analyse des phénotypes. Les nouvelles biotechnologies (PCR…) permettent une analyse directe du polymorphisme des séquences d'ADN pour dresser une carte génétique (marqueurs moléculaires -directement l'ADN - ou biochimiques).

Il existe différentes sortes de marqueurs : STS, RFLP, SSR:simple sequence repeat: Microsatellite (biologie) , minisatellite, RAPD, SNP, EST, gènes, SSCP, CNV ...

Caractéristiques

Selon Bretting et Widrlechner (1995), les conditions idéales d'un marqueur génétique sont les suivantes :

• être polymorphe, afin de pouvoir facilement différencier les individus ou les lignées ;
• être relativement neutre, que ce soit au niveau de la valeur du caractère étudié que de la valeur sélective ;
• être codominant, afin de pouvoir distinguer les hétérozygotes des homozygotes ;
• être un caractère mendélien à hérédité simple
• ne pas être pléiotropique ou épistatique
• être dispersé le long du génome
• ne pas être lié à un autre marqueur
• être stable quel que soit le stade du développement
• ne pas avoir d'impact sur la croissance ou la reproduction sexuée

• être facilement observable, sans ambiguïté possible
• être peu coûteux

Classification des marqueurs

Ils peuvent être classés en trois groupes selon qu'ils révèlent :

• la codominance ou l'allèle dominant
• le polymorphisme de séquence ou d'unités de répétitions
• un locus, une région particulière ou régions entières (profil génétique, cartes génétiques saturées).

A ne pas confondre

• Gène marqueur, servant de témoin de transformation génétique,
• Marqueur biologique, témoin de perturbations écologiques,