Marie-France Sagot

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Marie-France Sagot est directrice de recherche à l'Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA) et collaboratrice à l'Université Claude-Bernard-Lyon-I[1],[2], où elle travaille sur des algorithmes pour la biologie numérique, de prédiction de gènes[3] et d'analyse de séquence biologique[4].

Elle est élue membre de la Société internationale de biologie numérique (ISCB) en 2019 pour « contributions exceptionnelles aux domaines de la biologie numérique et de la bio-informatique[5] ».

Depuis 2002, elle est chercheuse invitée au King's College de Londres et depuis 2004 elle est chercheuse invitée au Instituto Superior Técnico, Lisbonne ( INESC-ID), Portugal [6]

Biographie[modifier | modifier le code]

Marie-France Sagot est une franco-brésilienne née au Brésil[7]. Elle a fait son doctorat à l'Institut de mathématiques et de statistique de l'université de São Paulo et l'a finalisé en 1991. Elle a ensuite découvert la biologie en venant à Paris, à travers un Master en informatique théorique à université Paris 7 et l'a finalisé en 1993. Finalement c'est en poursuivant ses études en doctorat à l'Université Paris-Est-Marne-la-Vallée qu'elle se tourne vers la biologie. Après la finalisation de son doctorat en 1996, elle commence comme professeure assistante dans la même université. Elle poursuit sa carrière dans la biologie numérique et est depuis 2019 chercheuse senior de class exceptional (DR0) d'INRIA à Université de Lyon 1. [8]

Travail[modifier | modifier le code]

Entre 2010 et 2014, elle travaille dans l'équipe INRIA du projet BAMBOO[9] et depuis 2015 elle fait partie de l'équipe ERABLE (European Research team in Algorithms and Biology, formaL and Experimental[7]). Elle travaille plus précisément sur l'utilisation de modèles mathématiques et d'algorithmes pour mieux comprendre des interactions biologiques. Une partie de son travail se concentre sur la capacité des modèles à pouvoir suggérer des moyens permettant de contrôler ou de rétablir l'équilibre dans une communauté en agissant sur son environnement. Au sein de la biologie numérique, elle s'intéresse plus particulièrement à la génomique comparative, (co-) évolution, structures ARN, (co-) phylogénie, régulation, réseaux biologiques, NGS et symbiose.

Sur ses reflexions par rapport à sa recherche elle déclare « Je sens donc que je suis au bon endroit en tant que chercheur. Mais pas toujours : le manque de confiance en soi détruit autant qu'il construit. [...]. Le bon environnement, avec des gens bien choisis, non seulement des personnes compréhensives mais aussi qui partagent les mêmes sentiments de remise en question et la capacité d'être honnêtes à propos de tels sentiments. Trouver un tel environnement a été crucial pour ma carrière. Je pense que ce serait crucial pour beaucoup plus de gens. Plus important encore, je pense que ce serait crucial pour la recherche en général, mais cela peut nécessiter une révolution dans notre manière de percevoir un certain nombre de choses, notre rapport à la recherche mais aussi notre rapport à nous-mêmes. »[10]

Responsabilités[modifier | modifier le code]

Depuis 1998 elle est membre de divers comités de sélection pour des postes de chercheurs permanents, des comités d'évaluation de laboratoires / départements de recherche ou de projets en France (INRIA), Belgique, Canada, Allemagne, Israël, Hollande, Espagne, Suède, Royaume-Uni, États-Unis ainsi qu'au Brésil. Parmi ces comités les plus notables sont:

Références[modifier | modifier le code]

  1. (en) « Marie-France Sagot », sur le site du Mathematics Genealogy Project
  2. Sagot, « CURRICULUM VITÆ: Marie-France Sagot » [archive du ],
  3. Mathe, Sagot, Schiex et Rouzé, « Survey and Summary: Current methods of gene prediction, their strengths and weaknesses », Nucleic Acids Research, vol. 30, no 19,‎ , p. 4103–4117 (ISSN 1362-4962, PMID 12364589, PMCID 140543, DOI 10.1093/nar/gkf543)
  4. Sagot, « Spelling approximate repeated or common motifs using a suffix tree », Lecture Notes in Computer Science, vol. 1380,‎ , p. 374–390 (ISBN 978-3-540-64275-6, ISSN 0302-9743, DOI 10.1007/BFb0054337)
  5. « ISCB Fellows » [archive du ], www.iscb.org (consulté le 11 avril 2019)
  6. (en-US) Técnico Lisboa, « Instituto Superior Técnico », sur Técnico Lisboa (consulté le 13 mars 2021)
  7. a et b (en-US) « Marie-France Sagot », sur ERABLE, (consulté le 12 mars 2021)
  8. CV Marie-France Sagot - en anglais, sur https://team.inria.fr/erable/files/2020/08/ShortCV-MFSagot-2020.pdf
  9. (en-US) « Previous Project-Team: BAMBOO », sur ERABLE, (consulté le 13 mars 2021)
  10. (en) mfsagot, « Dew drinker », sur Dew drinker (consulté le 13 mars 2021)
  11. Journal of Discrete Algorithms (lire en ligne)

Liens externes[modifier | modifier le code]