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L'église date du XIIe siècle. Son existence est mentionnée en 1210 comme prieuré de Bénédictines comme un vaste édifice avec deux nefs parallèles.
Le prieuré a été dissous en 1538. l'église a été divisée en deux, la partie nord restant réservé aux nones, et la partie sud au paroissiens. William Shakespeare A fréquenté St Helen's Bishopsgate en 1590.
Le scientifique Robert Hooke meurt le au Gresham College à Londres et est inhumé dans l'église, cependant l'emplacement de sa tombe est inconnu. Il existait dans cette église un vitrail commémoratif, mais il a été détruit le quand l'Armée républicaine irlandaise provisoire a fait exploser une bombe dans le quartier de Bishopsgate. Une plaque commémorative, dite « blue plaque », est apposée près de l'angle sud-ouest de l'église[1].