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« Rhizaria (classification phylogénétique) » : différence entre les versions

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===Sources bibliographiques de référence===
===Sources bibliographiques de référence===
* David Bass, Ema E.Y. Chao, Sergey Nikolaev, Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich et Thomas Cavalier-Smith : [http://www.sciencedirect.com/science?_ob=MImg&_imagekey=B7GX3-4TSC43F-1-11&_cdi=20475&_user=10&_orig=browse&_coverDate=02%2F28%2F2009&_sk=998399998&view=c&wchp=dGLzVzz-zSkWA&md5=5ed17c98e4b5f2c910ea6eaf0e36ed99&ie=/sdarticle.pdf « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl.n. and Proteomyxidea Revised »], ''Protist'', vol. 160, pp. 75-109, 2009
* David Bass, Ema E.Y. Chao, Sergey Nikolaev, Akinori Yabuki, Ken-ichiro Ishida, Cédric Berney, Ursula Pakzad, Claudia Wylezich et Thomas Cavalier-Smith : [http://assets0.pubget.com/pdf/pgtmp_6d9df498-a8c7-f22e-f276-f45aed8faa77.pdf « Phylogeny of Novel Naked Filose and Reticulose Cercozoa: Granofilosea cl.n. and Proteomyxidea Revised »], ''Protist'', vol. 160, pp. 75-109, 2009
* David Moreira, Sophie von der Heyden, David Bass, Purificación López-García, Ema Chao et Thomas Cavalier-Smith : [http://www.ese.u-psud.fr/microbiologie/pdfs/2007-MolPhylEvol-global-EK-phyl-18S28S.pdf « Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata »], ''Mol. Phylogenet. Evol.'', vol. 44, n°1, pp. 255-266, 2007
* David Moreira, Sophie von der Heyden, David Bass, Purificación López-García, Ema Chao et Thomas Cavalier-Smith : [http://www.ese.u-psud.fr/microbiologie/pdfs/2007-MolPhylEvol-global-EK-phyl-18S28S.pdf « Global eukaryote phylogeny: Combined small- and large-subunit ribosomal DNA trees support monophyly of Rhizaria, Retaria and Excavata »], ''Mol. Phylogenet. Evol.'', vol. 44, n°1, pp. 255-266, 2007
* David Bass, David Moreira, Purificación López-García, Stephane Polet, Ema E. Chao, Sophie von der Heyden, Jan Pawlowski et Thomas Cavalier-Smith : [http://www.unige.ch/sciences/biologie/biani/msg/files/pdf/Bass_Protist2005_polyubiquitin.pdf « Polyubiquitin Insertions and the Phylogeny of Cercozoa and Rhizaria »], ''Protist'', vol. 156, pp. 149-161, 2005
* David Bass, David Moreira, Purificación López-García, Stephane Polet, Ema E. Chao, Sophie von der Heyden, Jan Pawlowski et Thomas Cavalier-Smith : [http://www.unige.ch/sciences/biologie/biani/msg/files/pdf/Bass_Protist2005_polyubiquitin.pdf « Polyubiquitin Insertions and the Phylogeny of Cercozoa and Rhizaria »], ''Protist'', vol. 156, pp. 149-161, 2005

Version du 9 mars 2010 à 17:55

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhizaria, c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.

Arbre phylogénétique

Le cladogramme présenté ici ne possède qu'une valeur indicative. Il n'est pas forcément consensuel, et on peut toujours se référer à la bibliographie au bas de l'article.

Le symbole renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré.

Les habitudes typographiques des botanistes et des zoologistes sont différentes. Ici, par commodité de lecture, et certains groupes actuels relevant des deux domaines traditionnels, les noms de taxons supérieurs au genre sont tous écrits en caractères droits, les noms de genres ou d'espèces en italiques.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien ; (Edi) : Édiacarien. Pour plus de précision si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.


└─o Rhizaria
  ├─o Cercozoa
  │ ├─o Endomyxa
  │ └─o Filosa
  │   ├─? Nucleohelea
  │   └─o
  │     ├─o Chlorarachnea ou Chlorarachniophyta
  │     └─o
  │       ├─o Metromonadida
  │       └─o
  │         ├─o Granofilosea
  │         └─o
  │           ├─o Metopiidae
  │           └─o Monadofilosa
  │             ├─o Cercomonadida
  │             └─o
  │               ├─o
  │               │ ├─o Glissomonadida
  │               │ ├─o Pansomonadida
  │               │ └─o
  │               │   ├─o Sainouroidea
  │               │   └─o Heliomonadida ou Dimorphida
  │               └─o
  │                 ├─o Auranticordida
  │                 ├─o Silicofilosea ou Imbricatea
  │                 └─o Thecofilosea
  │                   └─o Phaeodarea
  └─o Retaria
    ├─o Radiozoa
    │ ├─o Nasselaria
    │ └─o
    │   ├─o
    │   │ ├─o Sticholonchea ou Taxopodida
    │   │ └─o Spumellaria
    │   └─o Acantharea
    └─o Foraminifera
      ├─o
      │ ├─? Xenophyophorea
      │ ├─o Allogromiida
      │ └─o Astrorhizida
      ├─o Involutinida (éteint)
      ├─o Carterinida
      ├─o
      │ ├─o Silicoloculinida
      │ ├─o Spirillinida
      │ ├─o Miliolida
      │ └─o Fusulinida (éteint)
      └─o
        ├─o Lagenida
        ├─o Globigerinida
        ├─o Robertinida
        ├─o Textulariida
        └─o Rotaliida


Débat scientifique relatif à la phylogénie des Rhizaria

La monophylie du groupe, récemment acquise, n'est plus remise en question ; par contre, sa place au sein des Eucaryotes ne fait pas l'objet d'un consensus (il semble plus proche des Alvéolés et Straménopiles que des Excavates, rompant ainsi la monophylie des Chromalvéolés).

En son sein, l'important groupe des Cercozoaires est lui aussi de reconnaissance récente. Si certaines analyses donnent les Foraminifères comme prenant racine au sein de ce groupe, à proximité des Gromiidés et Ascétospores, d'autres les positionnent en groupe-frère des Cercozoaires, d'autres encore au sein d'un groupe de Rétariens où ils retrouvent les Radiolaires (hormis les Phéodariés qui sont des Cercozoaires) ; y sont-ils leur groupe-frère (cf. ci-dessus), ou bien les Radiolaires restreints sont-ils eux-mêmes paraphylétiques (comme les Polycystines en leur sein) ?

Classification proposée par Adl et al. 2005

Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Rhizaria.

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

Autres sources bibliographiques

Sources internet

Liens internes