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La classification des virus ne peut être intégrée à celle réalisée pour les êtres vivants du fait que les virus ne sont pas considérés comme vivants, car ne pouvant se reproduire par leurs propres moyens. C'est ainsi qu'il a été nécessaire de mettre au point une classification particulière.
Il en existe deux qui font autorité :
- la classification Baltimore, proposée par David Baltimore, lauréat du prix Nobel de médecine en 1975, qui est basée sur le type d'acide nucléique des virus (ADN ou ARN) et son mode d'expression ;
- la classification de l'International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), qui utilise une méthode assez semblable à celle existant pour les êtres vivants où les virus sont rangés par ordre, famille, sous-famille, genre et espèce.
Ces deux méthodes de classification ne sont pas antagonistes et peuvent tout à fait s'intégrer l'une à l'autre, car la classification de l'ICTV reprend certains critères de la classification Baltimore.
Aucune des classifications n'est censée être phylogénétique, car les virus ne partagent pas d'origine commune.