Neptunomonas acidivorans
| Domaine | Bacteria |
|---|---|
| Embranchement | Pseudomonadota |
| Classe | Gammaproteobacteria |
| Ordre | Oceanospirillales |
| Famille | Oceanospirillaceae |
| Genre | Neptunomonas |
Neptunomonas acidivorans est la sixième espèce décrite du genre de bactéries Neptunomonas de la famille Oceanospirillaceae de l'ordre Oceanospirillales. Ce sont des bactéries marines à Gram négatif de la classe des Gammaproteobacteria dans le phylum Pseudomonadota qui ont été isolées dans la mer Jaune en Corée du Sud.
Historique[modifier | modifier le code]
La souche MEBiC06243 a été isolée de sédiments prélevés au niveau de l'île Daebudo en mer Jaune dans les eaux sud coréennes. Après caractérisation, cette souche a été identifiée comme une nouvelle espèce de Neptunomonas et nommée Neptunomonas acidivorans[1]. Le nouveau nom est validé par l'ICSP en dans une publication de l'IJSEM[2].
Taxonomie[modifier | modifier le code]
Étymologie[modifier | modifier le code]
L'étymologie du nom de l'espèce Neptunomonas acidovorans est la suivante : a.ci.di.vo’rans L. neut. adj. acidum, un acide; L. pres. part. vorans, mangeant, dévorant; N.L. part. adj. acidivorans, aimant l'acide[1],[3].
Phylogénie[modifier | modifier le code]
Les analyses phylogénétiques ont été basées sur les comparaisons de séquences du gène ARNr 16S entre celle de la souche MEBiC06243 et celles des souches types de différentes espèces. Elles ont montré une similarité de 96,3 % avec l'espèce Neptunomonas naphthovorans, 96,1 % avec l'espèce Neptunomonas concharum, 95,9 % avec l'espèce Neptunomonas japonica, 95,4 % avec l'espèce Neptunomonas antarctica et 95,2 % avec l'espèce Neptunomonas qingdaonensis[4]. L'arbre phylogénétique montre que la souche MEBiC06243 figure sur le même nœud que N. naphthovorans et forme un clade distinct avec cette espèce[4].
Souche type[modifier | modifier le code]
La souche type de cette espèce Neptunomonas acidovorans est la souche MEBiC06243 déposée dans diverses banques de cultures bactériennes sous les numéros JCM 18291 et KCCM 42975[4],[3].
Description[modifier | modifier le code]
Les bactéries de l'espèce Neptunomonas acidovorans sont des bacilles à Gram négatif anaérobies facultatifs et qui sont mobiles par l'intermédiaire d'un flagelle polaire ou subpolaire[1]. Leurs dimensions sont de 0,6 µm à 0,8 µm de diamètre pour 1,2 µm à 1,6 µm de long. Sur milieu Marine agar, les colonies sont circulaires, convexes, opaques et butyreux de couleur beige et d'un diamètre de 0,5 mm à 2 mm au bout de deux jours d'incubation[1]. La croissance est optimale à 29 °C et est possible de 10 °C à 39 °C. Ces bactéries ont besoin de NaCl pour leur croissance (entre 0 % et 7 % avec un optimum à 2,5 %). De même, elles peuvent croître à des pH entre 6 et 9,0 avec un optimum à 7,0[1].
Tests biochimiques[modifier | modifier le code]
Les tests biochimiques de l'espèce Neptunomonas acidovorans pour la catalase et la cytochrome oxydase sont positifs[1]. Ces bactéries possèdent une arginine dihydrolase. Le test uréase est positif et elles sont capables d'hydrolyser l'esculine. Elles ne sont pas capables de réduire le nitrate en nitrite. Elles ne sont pas capables d'hydrolyser l'ADN sont négatifs, de même qu'elles n'hydrolysent pas la caséine et l'amidon et ne produisent pas d'indole[1]. Les Neptunomonas acidivorans sont capables de fermenter le glucose, le mannitol, le rhamnose, le mélibiose, l'amygdalin et l'arabinose. Elles sont capables d'assimilier le glucose, le mannitol, le gluconate, le malate et le citrate[1].
Les activités alcaline et acide phosphatases, leucine et valine arylamidases et naphthol-AS-BI-phosphohydrolase sont positives lors de l'utilisation du système API ZYM. Par contre, les activités estérase (C4), estérase lipase (C8), lipase (C14), cystine arylamidase, trypsine, α-chymotrypsine, α-galactosidase, β-galactosidase, β-glucuronidase, α-glucosidase, N-acetyl-β-glucosaminidase, α-mannosidase et α-fucosidase sont négatives[1].
L'utilisation des tests API 50CHB révèle que ces bactéries peuvent produire des acides à partir de différents sucres (D-arabinose, L-arabinose, D-ribose, D-xylose, L-xylose, galactose, glucose, fructose, mannose, rhamnose, mannitol, cellobiose, lactose et D-arabitol)[1].
Acides gras[modifier | modifier le code]
Le profil des acides gras cellulaires montre une majorité de C16:03-OH, C12:0, C>16:0, C18:1ω7c et possèdent aussi des C15:02-OH et/ou C16:1ω7c[1].
GC %[modifier | modifier le code]
Le contenu en bases nucléiques GC de l'espèce Neptunomonas acidivorans est de 41,4 %[4].
Habitat[modifier | modifier le code]
Les Neptunomonas acidivorans sont des bactéries marines et ont notamment été isolées en mer Jaune en Corée du Sud[4].
Notes et références[modifier | modifier le code]
- Yang et et al. 2014, p. 3653.
- (en) Aharon Oren et George M. Garrity, « Notification that new names of prokaryotes, new combinations, and new taxonomic opinions have appeared in volume 64, part 11, of the IJSEM », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 65, no 2, , p. 323-324 (DOI 10.1099/ijs.0.000017)
- (en) « Species Neptunomonas acidovorans », sur LPSN - List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le )
- Yang et et al. 2014, p. 3652.
Bibliographie[modifier | modifier le code]
- (en) Sung-Hyun Yang, Hyun-Seok Seo, Jung-Hyun Lee, Sang-Jin Kim et Kae Kyoung Kwon, « Neptunomonas acidivorans sp. nov., isolated from sediment, and emended description of the genus Neptunomonas », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 64, no 11, , p. 3650-3654
- (en) Ang Liu, Xi-Ying Zhang, Chun-Xiao Chen, Bin-Bin Xie, Qi-Long Qin, Chang Liu, Guo-Wei Li, Hai Li, Zhong Xu, Xiu-Lan Chen, Bai-Cheng Zhou et Yu-Zhong Zhang, « Neptunomonas qingdaonensis sp. nov., isolated from intertidal sand », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 63 numéro=5, , p. 1673-1677 (DOI 10.1099/ijs.0.041970-0)
- (en) Masayuki Miyazaki, Yuichi Nogi, Yoshihiro Fujiwara, Masaru Kawato, Kaoru Kubokawa et Koki Horikoshi, « Neptunomonas japonica sp. nov., an Osedax japonicus symbiont-like bacterium isolated from sediment adjacent to sperm whale carcasses off Kagoshima, Japan », Int J Syst Evol Microbiol, vol. 58, no 4, , p. 866-871 (DOI 10.1099/ijs.0.65509-0)
Liens externes[modifier | modifier le code]
- Ressources relatives au vivant :
- (en) Référence NCBI : Neptunomonas acidivorans (taxons inclus)
