Bert De Backer devient coureur professionnel en 2009 au sein de l'équipe néerlandaise Skil-Shimano. En 2010, il est privé de compétition pendant plusieurs mois à cause d'un problème à l'artère fémorale nécessitant une opération. Il est néanmoins conservé dans l'effectif de l'équipe pour l'année 2011[1]. En juillet 2011, son contrat est prolongé pour la saison 2012[2]. En juillet 2012, son contrat avec Argos-Shimano est prolongé pour deux ans[3]. En 2013, il dispute le Tour d'Italie, son premier grand tour, et obtient sa première victoire chez les professionnels en gagnant le Grand Prix Jef Scherens en septembre. Il participe à nouveau au Tour d'Italie en 2014. En juin, une chute au Ster ZLM Toer lui cause une fracture de l'omoplate[4]. Il reprend la compétition en septembre au Ster ZLM Toer[5]. À l'issue de la saison 2014, le contrat qui le lie à Giant-Shimano est prolongé de trois ans[6].