La saison 2006 du Championnat de Mongolie de football est la onzième édition de la MFF League, le championnat de première division en Mongolie. La saison est scindée en plusieurs phases :
Les douze équipes sont réparties en trois poules de quatre équipes, qui s'affrontent une fois. Les deux premiers et les deux meilleurs seconds se qualifient pour la seconde phase.
Lors de la seconde phase, les huit qualifiés sont à nouveau réparties en deux poules et se rencontrent une fois. Le premier de chaque groupe participe à la finale, le second joue la rencontre pour la troisième place.
Le titre se joue sur une seule rencontre, entre les deux formations ayant terminé en tête de la poule de la seconde phase.
C'est le club de Khasiin Khulguud qui remporte la compétition cette saison après avoir battu en finale le tenant du titre, Khoromkhon. Il s'agit du tout premier titre de champion de Mongolie de l'histoire du club.
