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Utilisateur:Daniel Vaulot/Notes

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Bioinformatics tools for clone libraries

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Chimera detection

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  • CHIMERA_CHECK
  • Bellerophon
  • Pintail : compare 2 sequences with a sliding window and compute DE (Deviation from expectation)
  • Mallard : implementation of multiple Pintail comparison on sequence sets (Ahselford AEM 06)

Comparison of Community structure from OTU

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  • DOTUR
  • SONS (use DOTUR output) (Shloss AEM 06)
  • LIBSHUFF
  • TreeClimber
  • Unifrac
  • AMOVA

The true extent of microbial diversity

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  • Sogin et al. PNAS 06. Deep sea samples. Use 454 sequencer. Generate short tags (100 bp) in V6 hyper variable region. Estimates of OTU b etween 1184 to 3290 (up to 23 000 sequences per sample).

Eukaryotic diversity

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  • Lovejoy et al. Arctic libraries : Greenland Sea (> 3°C) and Beaufort Sea/Arctic Ocean (-0°C)
    • new group close to Bolidophyceae
    • Many radiolarians in Arctic Ocean
    • One library has very poor diversity (place wher before thick ice but in 2002 retraction of ice cap)
  • Mc Donald 16S Naples submitted AME
    • MgCl2 1.1 mM normal, 3 mM more cyanos and prasinos
    • Major : Prymn, Chryso and Crypto
    • Small bloom of Pelago in Feb 2004
  • Takishita Euk in Anoxic Sediments Saline lake Protist

Georges Teissier

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Georges Teissier est un zoologiste français, né le 19 février 1900 à Paris et mort le 7 janvier 1972 à Roscoff.

Il entre à 19 ans à l'École normale supérieure dans la section Mathématiques et devient docteur ès Sciences en 1931. Il est nommé chef de travaux à la station biologique de Roscoff en 1928, puis sous-directeur en 1931, et enfin directeur 1945. En parallèle Teissier est aussi directeur du laboratoire de biométrie animale de l'École pratique des hautes études à partir de 1938, et est nommé professeur titulaire de la chaire de zoologie de la Sorbonne en 1945. Juste après la guerre, il est le directeur du CNRS du 4 février 1946 au 27 janvier 1950. Il est ensuite directeur du laboratoire de Génétique Evolutive à Gif-sur-Yvette de 1950 à 1965.

Durant la seconde guerre mondiale, il est l'un des fondateurs du Front National Universitaire et fait partie des Francs-tireurs et partisans, qui deviendront l'une des composantes des Forces françaises de l'intérieur. Il adhère ensuite au Parti communiste français.

Ses contributions scientifiques touchent à trois domaines:

Références

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  • Toumond A. (2005) Georges Teissier 1900-1972. Manuscrit non publié.

Station biologique de Roscoff

Liens externes

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Teissier et la génétique des populations


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