Dans les catégories de jeunes, Hugo Nunes termine notamment quatrième et meilleur jeune du Tour du Portugal juniors en 2014, puis cinquième de l'édition suivante. Il intègre le club Maia-Ribeiro's Bike Shop en 2016 pour ses débuts espoirs (moins de 23 ans).
En 2019, il rejoint l'effectif de Rádio Popular-Boavista, qui est l'une des meilleures équipes du pays. Lors du Tour du Portugal 2020, il s'échappe à plusieurs reprises et remporte le classement de la montagne. Il réalise ensuite une bonne saison 2022 dans le calendrier national portugais.