Discussion:Lactobacillus crispatus

Base de référence et nombre d'espèces

Bonjour GF38storic Pour la base permettant de connaitre de connaitre le nombre d'espèces de Lactobacillus (plus de 200 en 2024, vous remplacez la base que j'avais utilisée, lpsn.dsmz.de par la vieille base lspn ("Euzéby"). [1]. Or cette ancienne base a été rachetée par DSMZ et est désormais maintenue sur DSMZ. Voir https://lpsn.dsmz.de/ Le remplacement est gênant, car sur Lactobacillus sont déclarées 193 espèces en 2013, et ici vous les faites chuter à 49 (je n'ai d'ailleurs pas compris où on trouvait ce chiffre). Bref, je vous propose un retour arrière. Pa2chant.bis (discuter) 1 avril 2024 à 19:13 (CEST)

Bonjour @Pa2chant.bis, non pas du tout, pas de retour en arrière. En fait il y a plusieurs erreurs (les tiennes que je vais t'expliquer, et un oubli de ma part aussi ).

• la base que tu as utilisé est exactement la même que celle que j'ai mise (LPSN adresse web lpsn.dsmz.de), la différence c'est que tu as mis un résultat du moteur de recherche de la base LPSN (et que l'on repère facilement par le mot "search" dans l'adresse web), or ça ne se fait pas (un peu comme si tu mettais, le résultats d'une recherche google comme source) et en plus le résultat est totalement erroné (je te l'explique plus loin). Ce que j'ai mis, c'est le lien précis vers l'article sur Lactobacillus crispatus or j'aurai dû ajouter le lien vers la page sur Lactobacilluspour avoir le nombre de 49.
• Sur cette page Lactobacillus d'ailleurs, tu pourras remarquer que le nombre d'espèces publiées de manière valide et au nom correct selon le comité international de systématique des procaryotes (que la LPSN retransmet) est de 49 espèces (sur les 325 appelée un jour Lactobacillus), le reste (276 car 325-49=276) correspond à des espèces étant soit publiées de manière non valides, soit au nom incorrect, soit au nom avec une erreur d'écriture, soit tout simplement (et majoritairement d'ailleurs) des synonymes des 49 espèces valides (et donc pas des espèces différentes), soit des synonymes d'espèces ayant changé de genre (aucun rapport avec les polémiques de sondages ) bactérien et donc n'appartenant plus au genre Lactobacillus . Par exemple, l'espèce Lactobacillus allii s'appelle désormais officiellement Companilactobacillus allii
• La vieille base d'Euzéby avait pour adresse "https://www.bacterio.net/" dans ses liens (ce n'est pas celle que j'ai utilisé).
• Tu avais mentionné 693 ! espèces (non pas 193 comme tu viens de le mettre dans le message) or ce résultat de 693 espèces est totalement erroné puisqu'il s'agit d'un résultat de moteur de recherche et que si tu cliques sur le lien que tu avais mis (je le remet ici) comprend donc les espèces de Lactobacillus valides et les non valides mais aussi toutes les espèces des genres bactériens comprenant le mot "lactobacillus" dans leur nom même si un grand nombre d'entre eux comprennent aussi des espèces n'aynt jamais fait partie des Lactobacillus comme par exemple Apilactobacillus, Latilactobacillus, Levilactobacillus, Ligilactobacillus, Paralactobacillus, Acetilactobacillus, etc et aussi les sous-espèces comme Lactobacillus casei subsp. pseudoplantarum bref un grand mélange.
• dernière erreur, la base n'a jamais été vendue. Jean-Pierre Euzéby avait créé cette formidable base, l'a augmentée en collaboration avec l'ICSP et elle a été poursuivie par Adian C. Parte et Garrity (de l'ICSP) aussi lorsque JP a décidé de partir à la retraite et que ça devenait aussi très compliqué de la maintenir par lui-même.

Est-ce que les explications sont suffisamment claires? Cordialement GF38storic (discuter) 1 avril 2024 à 22:21 (CEST)

Oui, merci beaucoup GF38storic pour la bonne page et toutes ces explications, je comprends mes erreurs (dont certaines que je n'aurais même pas dû faire), et j'aurais dû dire "reprise", pas "rachetée". Pour les 193, je ne parlais pas des 693 que j'avais mentionnés sur cette page, mais bel et bien des 193 déjà présents (et l'étant encore) sur la page Wikipédia Lactobacillus. (Je trouvais, admirative, que la recherche allait drôlement vite pour une telle multiplication en 10 ans !).

Je vais juste profiter de tes talents de taxonomiste pour une questions complémentaire :

• Quand on a une espèce avec un nom non validé, est-il possible sur cette base de trouver ses synonymes (ou au moins, son synonyme validé) ? J'ai testé avec Lactobacillus alvei, et n'y parviens pas. Cdlt, --Pa2chant.bis (discuter) 2 avril 2024 à 01:29 (CEST)

Re-salut @Pa2chant.bis, petite réponse rapide avant d'aller me coucher. En général oui, tu peux trouver la réponse sur LPSN même si parfois, il peut y avoir des espèces non validées publiées dans des revues peu connues et qui ne seront pas encore repérées et donc pas forcément présentes (mais c'est rare). En ce qui concerne ton cas Lactobacillus alvei c'est encore un autre cas. Il s'agit là d'une espèce qui a été effectivement publiée ("effectivement" signifie réellement publiée dans une revue scientifique) mais "de manière non valide" comme stipulé dans la page LPSN dans la ligne "Nomenclatural status" et comme stipulé dans la ligne "Taxonomic status" le nom est considéré comme "nom préféré" (en attendant confirmation ou mieux) cela ne veut pas dire que le nom est conforme selon les règles de latinisation, mais que faute de mieux, c'est le nom préféré actuellement pour ce groupe bactérien. Dans ce cas, le dépot du nom de cette espèce ne répond pas à l'ensemble des règles de nomenclatures. Ici, dans ce cas, on a la "chance" (car cela n'arrive pas tout le temps) d'avoir une explication de pourquoi le nom n'est pas valide, en l'occurrence spécifié dans la note ""While the authors did not explicitly propose this taxon name, they did not provide a proper citation of the authority of the name either", en fait, les auteurs n'ont ni formellement proposé ce groupe comme nouvelle espèce, ni "formellement mis une citation disant untel est le découvreur de cette espèce et en représente alors l'autorité", ils l'ont juste appelé "espèce Lactobacillus alvei" dans un paragraphe ou deux mais cela ne suffit pas à en faire une espèce réelle à part entière et reconnue (très probablement car tel n'était pas leur but). Dans ce cas, c'est souvent un groupe de bactéries ayant des caractéristiques communes mais n'étant pas forcément une vraie espèce ou n'ayant pas satisfait tous les critères de définition d'une espèce. Souvent ces "espèces non valides" ne sont jamais validées ou alors fondues dans une espèce mais sans explicitation formelle de synonymie. En jetant un oeil sur la publication en question, il s'y trouve quasi exclusivement des "espèces synonymes".

En ce qui concerne les 193 espèces présentes encore en 2013, en général , dans le projet microbio, on laisse cela (en précisant les dates où c'était le cas car d'une part, il y a des sources secondaires mais aussi car en laissant de manière bien visible les bornages (les dates), cela évite que des nouveaux contributeurs arrivent sur une page et ajoutent des espèces comme présentes alors qu'elles ne font plus partie du genre en question (même chose pour les autres rangs taxonomiques). C'est quelque chose qui me prend pas mal de temps en correction. Cordialement GF38storic (discuter) 2 avril 2024 à 02:56 (CEST)

Merci, je tâcherais d'éviter d'en rajouter. --Pa2chant.bis (discuter) 2 avril 2024 à 03:26 (CEST)