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Jurgen Van de Walle passe professionnel en 1999 dans l'équipe Palmans-Ideal. Sa carrière se poursuit en 2001 chez Landbouwkrediet-Colnago, avec qui il termine notamment sixième de la Course du Raisin, puis chez Vlaanderen-T-Interim à partir de 2002. Il y réussit quelques performances sur le calendrier français, terminant entre autres sixième de l'Étoile de Bessèges en 2003, puis de Cholet-Pays de Loire en 2004, et cinquième de Paris-Bourges la même année.
En 2005, il rejoint à nouveau l'équipe Landbouwkrediet-Colnago. Il s'illustre alors sur des parcours plus escarpés, terminant sixième du Tour de Langkawi et cinquième du Tour de l'Algarve. Il parvient alors à rejoindre l'équipe Quick Step, avec laquelle il réalise d'emblée sa meilleure saison, présent tout au long de l'année. Il termine ainsi troisième du Tour du Haut-Var en février, quatrième du Grand Prix du canton d'Argovie et deuxième du ster Elektrotoer en juin et quatrième du Circuit franco-belge en octobre. Les saisons suivantes ne sont cependant pas aussi concluantes, malgré une huitième place sur le Tour de Californie. Il remporte sa première victoire professionnelle à l'occasion de Halle-Ingooigem2009. Il conserve sa victoire en 2010, en s'imposant en solitaire. En , il s'engage pour les deux saisons suivantes avec l'équipe Omega Pharma-Lotto[1].