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La saison 2003 du Championnat d'Estonie de football était la 13e édition de la première division estonienne à poule unique, la Meistriliiga. Les huit clubs jouent les uns contre les autres au sein d'une poule unique où chaque adversaire rencontre les autres équipes deux fois à domicile et deux fois à l'extérieur.
C'est le FC Flora Tallinn, double champion en titre, qui termine en tête du championnat. C'est le 7e titre de champion d'Estonie de son histoire. C'est la première fois dans l'histoire du championnat qu'une équipe gagne le titre trois saisons consécutives.
Afin de déterminer le 8e club participant à la Meistriliiga la saison prochaine, le 7e de D1 affronte le 2e de D2 dans un barrage avec matchs aller et retour.
C'est le FC Valga qui va une nouvelle fois jouer sa place parmi l'élite face au JK Tervis Pärnu, pensionnaire de deuxième division.
↑Durant la trêve hivernale 2003-2004, le FC Maardu est renommé FC Levadia II Tallinn et devient l'équipe réserve du FC Levadia Tallinn. Par conséquent, il n'a plus le droit de participer au même championnat que son équipe première et est relégué en 3e division.
