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Le spoligotypage, de l'anglais Spacer Oligonucleotide typing, est une technique de génotypage permettant d'identifier des séquences DR (Direct Repeat) au sein de la région CRISPR.
Il existe un fort polymorphisme de ces séquences DR, par exemple dans le complexe Mycobacterium tuberculosis.
Cette technique permet d'identifier des sous-espèces de Mycobacterium tuberculosis (sous-espèces tuberculosis, bovis, africanum, etc).