Rhodobacteraceae

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Rhodobacteraceae
Description de l'image Roseobacter strain HIMB11.jpg.
Classification
Domaine Bacteria
Sous-règne Negibacteria
Embranchement Proteobacteria
Classe Alphaproteobacteria
Ordre Rhodobacterales

Famille

Rhodobacteraceae
Garrity et al. 2006[1]

Les Rhodobacteraceae sont une famille de protéobactéries de l'ordre des Rhodobacterales dans le sous-groupe alpha[2]. Comme toutes les protéobactéries, elles sont gram-négatives. Le taxon contient des bactéries chimio-organotrophes et photohétérotrophes. Beaucoup se situent dans des habitats aquatiques.

Liste des genres

Selon BioLib (11 novembre 2021)[3] :

  • Ahrensia Uchino, Hirata, Yokota & Sugiyama, 1999
  • Albidovulum Albuquerque, Santos, Travassos, Nobre, Rainey, Wait, Empadinhas, Silva & da Costa, 2003
  • Albimonas Lim, Jeon, Jamg, Park, Shin, Yeo & Kim, 2008
  • Amaricoccus Maszenan, Seviour, Patel, Rees & McDougall, 1997
  • Antarctobacter Labrenz, Collins, Lawson, Tindall, Braker & Hirsch, 1998
  • Catellibacterium Tanaka, Hanada, Manome, Tsuchida, Kurane, Nakamura & Kamagata, 2004
  • Citreicella Sorokin, Turovová & Muyzer, 2006
  • Citreimonas D.H. Choi & B.C. Cho, 2006
  • Dinoroseobacter Biebl, Allgaier, Tindall, Koblížek, Lünsdorf, Pukall & Wagner-Döbler, 2005
  • Donghicola Yoon, Kang & Oh, 2007
  • Gemmobacter Rothe, Fischer, Hirsch, Sittig & Stackebrandt, 1988
  • Haematobacter Helsel, Hollis, Steigerwalt, Morey, Jordan, Aye, Radošević, Jannat-Khah, Thiry, Lonsway, Patel, Daneshvar & Levett, 2007
  • Jannaschia Wagner-Döbler, Rheims, Felske, Pukall & Tindall, 2003
  • Ketogulonicigenium Urbance, Bratina, Stoddard & Schmidt, 2001
  • Labrenzia Biebl, Pukall, Lünsdorf, Schulz, Allgaier, Tindall & Wagner-Döbler, 2007
  • Leisingera Schaefer, Goodwin, McDonald, Murrell & Oremland, 2002
  • Loktanella Van Trappen, Mergaert & Swings, 2004
  • Maribius D.H. Choi, J.C. Cho, Lanoil, Giovannoni & C.B. Cho, 2007
  • Marinovum Martens, Heidorn, Pukall, Simon, Tindall & Brinkhoff, 2006
  • Maritimibacter K. Lee, Choo, Giovannoni & J.C. Cho, 2007
  • Methylarcula Doroninová, Trocenko & Turovová, 2000
  • Nereida Pujalte, Macián, Arahal, Ludwig, Schleifer & Garay, 2005
  • Nesiotobacter Donachie, Bowman & Alam, 2006
  • Oceanibulus Wagner-Döbler, Rheims, Felske, El-Ghezal, Flade-Schröder, Laatsch, Lang, Pukall & Tindall, 2004
  • Oceanicola J.C. Cho & Giovannoni, 2004
  • Octadecabacter Gosink, Herwig & Staley, 1998
  • Palleronia Martínez-Checa, Quesada, Marínez-Cánovas, Llamas & Béjar, 2005
  • Pannonibacter Borsodi, Micsinai, G. Ovács, Tóth, Schumann, A.L. Kovács, Böddi & Márialigeti, 2003
  • Paracoccus Davis, 1969
  • Pelagibaca J.C. Cho & Giovannoni, 2006
  • Phaeobacter Martens & al., 2006
  • Pseudorhodobacter Uchino, Hamada & Yokota, 2003
  • Pseudovibrio Shieh, Lin & Jean, 2004
  • Rhodobaca Milford, Achenbach, Jung & Madigan, 2001
  • Rhodobacter Imhoff, Trüper & Pfennig, 1984
  • Rhodothalassium Imhoff, Petri & Süling, 1998
  • Rhodovulvum Hiraishi & Ueda, 1994
  • Roseibacterium Suzuki, Mori & Nishimura, 2006
  • Roseibium Suzuki, Muroga, Takahama & Nishimura, 2000
  • Roseicyclus Rathgeber, Yurkova, Stackebrandt, Schumann, Beatty & Yurkov, 2005
  • Roseinatronobacter Sorokin, Turovová, Kuzněcov, Brjancevová & Gorlenko, 2000
  • Roseisalinus Labrenz, Lawson, Tindall, Collins & Hirsch, 2005
  • Roseivivax Suzuki, Muroga, Takahama & Nishimura, 1999
  • Roseobacter Shiba, 1991
  • Roseovarius Labrenz, Collins, Lawson, Tindall, Schumann & Hirsch, 1999
  • Rubellimicrobium Denner, Kolari, Hoornstra, Tsitko, Kämpfer, Busse & Salkinoja-Salonen, 2006
  • Rubrimonas Suzuki, Muroga, Takahama, Shiba & Nishimura, 1999
  • Ruegeria Uchino, Hirata, Yokota & Sugiyama, 1998
  • Sagittula Gonzalez, Mayer, Moran, Hodson & Whitman, 1997
  • Salipiger Martínez-Cánovas, Quesqdq, Martínez-Checa, del Moral & Béjar, 2004
  • Shimia D.H. Choi & B.C. Cho, 2006
  • Silicibacter Petursdottir & Kristjansson, 1999
  • Staleya Labrenz, Tindall, Lawson, Collins, Schumann & Hirsch, 2000
  • Stappia Uchino & al., 1999
  • Sulfitobacter Sorokin, 1996
  • Tateyamaria Kurahashi & Yokota, 2008
  • Thalassobacter Macián, Arahal, Garay, Ludwig, Schleifer & Pujalte, 2005
  • Thalassobius Arahal, Macián, Garay & Pujalte, 2005
  • Thalassococcus Lee, Tsoi, Li, Wong & Qian, 2007
  • Thioclava Sorokin, Turovová, Spiridonovová, Rainey & Muyzer, 2005
  • Thiosphaera Robertson & Kuenen, 1984
  • Wenxinia Ying, Wang, Dai, Yang, S.J. Liu & Z.P. Liu, 2007
  • Woodsholea Abraham, Strömpl, Vancanneyt, Bennasar, Swings, Lünsdorf, Smit & Moore, 2004
  • Yangia Dai, Wang, Q.X. Yang, Jiao & S.J. Liu, 2006

Selon ITIS (11 novembre 2021)[1] :

Selon NCBI (11 novembre 2021)[4] :

Selon World Register of Marine Species (11 novembre 2021)[5] :

Genres provisoires

Les genres suivants ont été publiés, mais non validés selon le Code International de la Nomenclature Bactérienne :

  • Aliisedimentitalea Kim et al . 2015
  • Alterinioella Kong et al . 2021
  • Falsigemmobacter Li et al . 2020
  • Jindonia Parc et al . 2017
  • Ketogulonicigenium corrig. Urbance et al . 2001
  • Nitropelagi Jeong et Lee 2016
  • Oceaniovalibus Liu et al . 2012
  • Oceanomicrobium Dai et al . 2021
  • Piezobacter Takai et al . 2009
  • Pikeienuella Park et al . 2021
  • Plastorhodobacter Xie et al . 2015
  • Polymorphum Cai et al . 2011
  • Pseudopontivivens Park et al . 2018
  • Roseibacula Nuyanzina-Boldareva et Gorlenko 2014
  • Zongyanglinia Xu et al . 2021

Genres « Candidatus »

Les genres candidatus suivants ont été publiés[6] :

  • « Candidatus Halichondriibacter » corrig. Knobloch et al . 2019
  • « Candidatus Kopriimonas » Quinn et al . 2012

Phylogénie

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La taxonomie actuellement acceptée est basée sur la List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature[6] et la phylogénie est basée sur des séquences du génome entier[7],[note 1].  

Notes et références

Notes

  1. ↑ Acidimangrovimonas, Aestuariibius, Aestuariicoccus, Aestuariihabitans, Aestuarium, Agaricicola, Albirhodobacter, Aliishimia, Alkalilacustris, Allgaiera, Amaricoccus, Antarcticimicrobium, Aquicoccus, Arenibacillus, Arenibacterium, Carideicomes, Chachezhania, Falsirhodobacter, Fertoeibacter, Fluviibacterium, Hahyoungchilella, Halodurantibacterium, Halovulum, Histidinibacterium, Kangsaoukella, Lacimonas, Limibaculum, Litorisediminicola, Litorisediminivivens, Litorivita, Marimonas, Meridianimarinicoccus, Methylarcula, Nioella, Oceanibium, Paenimaribius, Paradonghicola, Paraphaeobacter, Parasedimentitalea, Paroceanicella, Pelagivirga, Pelagovum, Phycocomes, Profundibacter, Profundibacterium, Pseudogemmobacter, Pseudohalocynthiibacter, Pseudomaribius, Pseudopuniceibacterium, Pseudoseohaeicola, Pseudothioclava, Psychromarinibacter, Pukyongiella, Qingshengfaniella, Rhodobaculum, Rhodophyticola, Roseibaca, Roseibacterium, Roseicyclus, Rubribacterium, Rubricella, Salinovum, Seohaeicola, Sinirhodobacter, Solirhodobacter, Tateyamaria, Xinfangfangia, et Youngimonas ne sont pas inclus dans cet arbre phylogénétique.

Références

  1. ↑ a et b Integrated Taxonomic Information System (ITIS), www.itis.gov, CC0 https://doi.org/10.5066/F7KH0KBK, consulté le 11 novembre 2021
  2. ↑ Voir la page web du NCBI sur les Rhodobacteraceae. Données extraites de « NCBI taxonomy resources », National Center for Biotechnology Information (consulté le )
  3. ↑ BioLib, consulté le 11 novembre 2021
  4. ↑ NCBI, consulté le 11 novembre 2021
  5. ↑ World Register of Marine Species, consulté le 11 novembre 2021
  6. ↑ a et b Euzéby JP, Parte AC., « Rhodobacteraceae », List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) (consulté le )
  7. ↑ « Analysis of 1,000+ Type-Strain Genomes Substantially Improves Taxonomic Classification of Alphaproteobacteria », Frontiers in Microbiology, vol. 11,‎ , p. 468 (PMID 32373076, PMCID 7179689, DOI 10.3389/fmicb.2020.00468)

Liens externes

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