« Sequencher » : différence entre les versions
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Sequencher est un logiciel de bio-informatique produit par la société Gene Codes Corporation [Quand ?].
Ce logiciel permet de faire de l'assemblage de plusieurs séquences d'ADN contigües relativement courtes afin de créer des séquences plus longues (appelées contigs).
Le logiciel accepte les électrophorègrammes des différents contigs issus des séquenceurs de gène et les aligne (appariement), ce qui permet de les comparer les uns aux autres afin de produire une séquence corrigée (avec éventuellement des bases ambigües) portant sur l'ensemble de la portée des contigs mis bout à bout.
Notes et références
Bibliographie
- (en) Darryl Nishimura, « Sequencher 3.1.1 », Biotech Software & Internet Report, vol. 1, nos 1-2, (DOI 10.1089/152791600319231)
- (en) Andrew J. Wallace, « 3.7. Sequence Analysis with Sequencher », dans Rob Elles, Roger Mountford, Molecular diagnosis of genetic diseases, Totwa, New Jersey (USA), Humana Press, coll. « Methods in molecular medicine », , 387 p. (ISBN 9781592594320), p. 105-107
- (en) Jan Kieleczawa, Deven Atmoor, Russ Carmical, Andrex Hill, Fei Lu, Ken Paynter et Paul Wu, « SequencherTM: Software Overview », dans DNA Sequencing II : Optimizing Preparation and Cleanup, vol. 2, Jones and Bartlett Publishers, , 362 p. (ISBN 9780763733834), p. 324-328