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Les premiers Indiens ont exploité les ressources de la région et ont développé une culture originale il y a plusieurs millénaires. Les ruines amérindiennes témoignent de cette occupation ancienne dans la région de Santa Fe et dans les grottes montagnes de Sandia dont le sommet le plus élevé est la crête de Sandia (3 255 m d'altitude) près d'Albuquerque. Les Indiens Pueblos sont leurs successeurs : ils ont construit des petites villes notamment dans la vallée du Río Grande.
Les premiers Espagnols à prendre contact avec les pueblos sont Cabeza de Vaca et son compagnon Esteban. Fray Marcos de Niza assimila les villages pueblos aux légendaires cités d'or. Le conquistador Francisco Vásquez de Coronado mena alors une expédition pour trouver ces cités en 1540-1542. Il établit son camp dans l'actuel Coronado State Monument en 1541. Mais son passage souleva l'hostilité des indigènes qui furent finalement écrasés par les Espagnols. Les trois principaux villages pueblos sont Zuni, Santo Domingo, et Laguna.
Les Espagnols se sont lancés dans l'exploration du Nouveau-Mexique dès le XVIe siècle : Francisco Vásquez de Coronado est l'un des premiers à visiter la région. Juan de Oñate part du Mexique en 1598 et fonde un village appelé San Juan, sur le site actuel de Santo Domingo. L'Espagne prit possession des territoires indiens du Nouveau-Mexique qui fut intégré à la Nouvelle-Espagne. Les Espagnols installèrent des missions (Picuris Pueblo, Pecos Pueblo) et des forts (Santa Fe, El Paso) pour encadrer les indigènes, mais cet encadrement ne fut jamais suffisant. Le Nouveau-Mexique ne fut pas une colonie de peuplement : on comptait 250 Espagnols en 1630. Une société esclavagiste se met en place avec le système de l'encomienda. Entre les années 1630 et 1680, un contexte difficile (sécheresse, famine, épidémie de variole, attaques des Apaches) pousse les Pueblos à se révolter. Ils attaquent les colons ou les franciscains à Taos-Jemez (1639), San Juan et Santa Fe. En 1680, la Grande Révolte est organisée par Popé, un chaman de la tribu des Tewas. Il coordonna la rébellion en envoyant des cordelettes nouées pour annoncer le début de l'insurrection contre les Espagnols. Cette dernière aboutit au massacre de près de 400 Espagnols, à la destruction des églises et à la prise de Santa Fe, avec l'aide des Apaches. Les Pueblos exigeaient alors la fin de la présence espagnole et la libération de tous les esclaves de Nouvelle-Espagne. En 1698, le gouverneur finit par rétablir l'ordre après avoir massacré et réduit en esclavage des centaines d'Amérindiens. Seuls les Hopis demeurent insoumis ; les autres doivent verser un tribut en nature et entretenir le palais du gouverneur.
En 1842, le Nouveau-Mexique compte 63 498 âmes dont le tiers est composé d'Indiens Le Nouveau-Mexique fait partie en 1846 de territoires qui furent cédés par le Mexique sous le nom de Cession mexicaine, à la suite de la Guerre américano-mexicaine. Par la suite, il est devenu Territoire des États-Unis (sur une très large superficie incluant l'Arizona voisin), ce n'est que depuis le que le Nouveau-Mexique a le statut d'État.