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La région de l'Idaho est sans doute habitée depuis environ 14 500 ans. La découverte de flèches en 1959 dans la Wilson Butte Cave, près de Twin Falls, a donné la preuve d'une activité humaine parmi les plus anciennes datées en Amérique du Nord. Les tribus amérindiennes les plus importantes étaient les Nez-Percés au nord et les Shoshone au sud.
L'Idaho, en tant que partie du pays de l'Oregon, était revendiqué et par les États-Unis et par le Royaume-Uni jusqu'à ce que l'Union en gagne la juridiction en 1846. Entre cet événement et la création du Territoire de l'Idaho en 1863, des parties du territoire actuel de l'État sont données aux territoires de l'Oregon, de Washington et du Dakota. Le nouveau territoire est quant à lui composé d'une grande partie des États actuels de l'Idaho, du Montana et du Wyoming.
Après quelques tribulations dans le territoire, par exemple le transfert chaotique de la capitale territoriale depuis Lewiston jusqu'à Boise, et une tentative fédérale de séparer le territoire en deux entre le Territoire de Washington et l'État du Nevada, l'Idaho devint un État le .
L'économie du nouvel État, autrefois principalement minière, est aujourd'hui essentiellement agricole et touristique.