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Bien qu'ayant toujours continué à évoluer, certaines caractéristiques se retrouvent chez tous les reptiles. Les reptiles actuels sont poïkilothermes et ont conservé le même condyle occipital situé à l'arrière du crâne et assurant l'articulation avec la première vertèbre, alors que chez les amphibiens et les mammifères, il est double. De nombreux reptiles muent et leur peau n’est pas « recyclée ». Cette caractéristique n'est presque plus visible pour de nombreuses espèces de tortues et de crocodiliens. Sauf exception (par exemple la tortue luth), ils conservent une peau recouverte d'écailles. Presque tous les reptiles sont ovipares (pondent des œufs), mais certains sont vivipares ou ovovivipares.

À l'exception des crocodiliens, les reptiles présentent un cœur dont les deux ventricules ne sont pas complètement séparés. Toutefois, même avec un ventricule non divisé, le mélange de sang artériel et veineux est minime. Les tortues, elles, possèdent deux oreillettes et un seul ventricule.

Les comportements protecteurs parentaux sont particulièrement développés chez certains serpents (Pythonidae et Elapidae) ainsi que chez les crocodiliens et complètement absents chez d'autres espèces comme les tortues marines ou la plupart des lézards.

Ce sont des animaux tétrapodes, qui possèdent donc quatre membres, même si au cours de leur évolution les pattes se sont atrophiées plus ou moins complètement chez les serpents (bien que certains, comme les boïdés en aient encore des vestiges) et certains lézards comme l'orvet.