Modèle:Infobox Gène

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Ce modèle utilise le module Infobox/Gène, un script écrit dans le langage de programmation Lua. Toute expérimentation devrait être conduite d'abord via une sous-page bac à sable. Voir le projet Scribunto si vous voulez en savoir plus.

Vous êtes sur la page du Modèle Infobox Gène basé sur le Template Infobox Gène (de WP:en). Les données de cette infobox proviennent de Wikidata. Le code Lua de ce modèle est localisé dans le Module:Infobox/Gène.

Utilisation sur l'article d'un gène[modifier le code]

(Actuellement inactif) Ajoutez {{infobox Gène}} en haut de la page de l'article sur le gène. L'infobox est alimentée par l'item Wikidata de la page où cette infobox est placée. Pour connaître l'élément Wikidata auquel est liée cette page, cliquez sur le lien "élément Wikidata" dans le menu "Outils" situé sur un des côtés de l'article (variable selon votre habillage).

Utilisation sur une page de protéine[modifier le code]

Ajoutez {{infobox Gène}} en haut de la page de la protéine. Cette infobox est remplie en utilisant l'élément wikidata de la protéine pour trouver le gène codant et alors utiliser l'élément wikidata du gène pour remplir l'infobox.

Utilisation sur d'autres pages[modifier le code]

Toute page peut afficher l'Infobox même si elle n'a pas de gène ou de liaison interwiki protéique. L'élément Wikidata doit être explicitement ajouté en tant que paramètre et le module sous-jacent est invoqué. Par exemple, appuyer {{#invoke:Infobox_gene|getTemplateData|QID=Q414043}} en haut de n'importe quelle page créera une infobox pour le gène Reln. QID est l'élément de gène Wikidata utilisé pour remplir l'infobox. Remplacez l'ID d'élément Wikidata (QID) d'intérêt comme paramètre QID.

Message d'erreur[modifier le code]

"An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox" Indique un élément wikidata non gène / protéine ou un élément incomplet de wikidata

Catégories[modifier le code]

L'inclusion de ce modèle entraînera automatiquement l'ajout de catégories pertinentes en fonction des propriétés du gène. Ceux-ci incluent la catégorie: protéines et catégories humaines qui correspondent au chromosome où se trouve le gène, comme la catégorie: Chromosome_3_humain. D'autres catégories ajoutées manuellement à l'article en dehors du modèle fonctionneront comme d'habitude.

Structure des données[modifier le code]

Les articles de Wikipedia sont liés à la page de données des gènes de Wikidata (#Case A) ou page de données protéiques (#Case B) à travers d:Help:Sitelinks. Dans la plupart des cas, les articles sont connectés à la page de données des gènes.
Les pages du gène et des protéines sont interconnectées par "encodes (d:P:P688)" et "encoded by (d:P:P702)" réclamations de propriété (flèches horizontales "→", "←" dans la tableaux).
Les pages gènes de différentes espèces sont interconnectées par le biais des revendications de propriété "(D: P: P684)" (flèches verticales "↑", "↓" dans le tableau).

Les données que l'infobox gène montre aux lecteurs est collectée à partir de ces pages Wikidata interconnectées.

Case A[modifier le code]

In most cases, Wikipedia article page is connected to Human gene data page. For example, Sonic hedgehog.

	Wikipedia (Article)		Wikidata (Gene)		Wikidata (Protein)
Human	Wikipedia article page Sonic hedgehog	→d:Help:Sitelinks→ ←d:Help:Sitelinks←	Human gene data page SHH (d:Q14860072)	→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)←	Human protein data page Sonic hedgehog (d:Q2477760)
			↑　　　↓ ortholog (d:P:P684) ↑　　　↓
Mouse			Mouse gene data page Shh (d:Q14860079)	→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)←	Mouse protein data page Sonic hedgehog (d:Q14860215)
			↑　　　↓ ortholog (d:P:P684) ↑　　　↓
⋮			⋮		⋮

Case B[modifier le code]

Dans certains cas, la page de l'article de Wikipedia est liée à la page dédiée à la protéine de l'homme. Par exemple, pour la page Reelin.

	Wikidata (Gene)		Wikidata (Protein)		Wikipedia (Article)
Human	Human gene data page RELN (d:Q414043)	→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)←	Human protein data page Reelin (d:Q13561329)	→d:Help:Sitelinks→ ←d:Help:Sitelinks←	Wikipedia article page Reelin
	↑　　　↓ ortholog (d:P:P684) ↑　　　↓
Mouse	Mouse gene data page Reln (d:Q14331135)	→encodes (d:P:P688)→ ←encoded by (d:P:P702)←	Mouse protein data page Reelin (d:Q14331165)
	↑　　　↓ ortholog (d:P:P684) ↑　　　↓
⋮	⋮		⋮

Localisation des données[modifier le code]

Les suivants sont la liste des données qui sont utilisées dans ce modèle. Afficher l'exemple de données et l'emplacement des données dans le cas de Sonic hedgehog.

Donnée	Wikidata property	Donnée exemple	Donnée de localisation				Autres
			Homme Gène Page	Homme Protéine Page	Souris Gène Page	Souris Protéine Page
			Q14860072	Q2477760	Q14860079	Q14860215

Gene name	Label	raw	●		●
Aliases	Aliases	raw	●		●
HGNC gene symbol	P353	raw	●
Entrez Gene ID	P351	raw	●		●
Image	P18	Fichier:Raw	●
Ensembl Gene ID	P594	raw	●		●
UniProt ID	P352	raw		●		●
EC number	P591	raw		●		●
OMIM ID	P492	raw	●
MGI ID	P671	raw			●
HomoloGene ID	P593	raw	●		●
PDB id	P638	raw		●		●
Gene Atlas Image	P692	raw	●
Gene ontology	P680 P681 P682	raw		●		●
RefSeq RNA ID	P639	raw	●		●
RefSeq Protein ID	P637	raw		●		●
Ensembl Transcript ID	P704	raw	●		●
Chromosome	P1057	linked	●		●
Chromosome number	P1813	raw					●
Chromosome length	P2043	raw					●
Chromosome category	P910	raw					●
Cytogenetic location	P4196	linked	●		●
Genomic start	P644	raw	●		●
Genomic end	P645	raw	●		●
Strand orientation	P2548	raw	●		●

Liens externes[modifier le code]

BioGPS, un site permettant la création automatique d'ébauches pour les pages sur les gènes humains utilisant ce modèle en anglais
Jon W Huss, Camilo Orozco, James Goodale, Chunlei Wu, Serge Batalov, Tim J Vickers, Faramarz Valafar et Andrew I Su, « A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function », PLoS Biology, vol. 6, n^o 7,‎ 8 juillet 2008, e175 (PMID 18613750, DOI 10.1371/journal.pbio.0060175)

Utilisation[modifier le code]

Description du rôle de ce modèle à compléter.

Exemple[modifier le code]

{{Infobox Gène|getTemplateData|QID=Q18031947}}

An Error has occurred retrieving Wikidata item for infobox

Projet Modèle

La documentation de ce modèle est générée par le modèle {{Documentation}}.
Elle est incluse depuis sa sous-page de documentation. Veuillez placer les catégories sur cette page-là.
Les éditeurs peuvent travailler dans le bac à sable (créer) et la page de test (créer).
Voir les statistiques d'utilisation du modèle sur l'outil wstat.