« Gene Ontology » : différence entre les versions

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xref: Reactome:20536
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is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
is_a: GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds

== Outils ==
Il existe un certain nombre d'outils différents qui offrent des possibilités d'enrichissement. Certains d'entre eux sont basés sur le web tandis que d'autres peuvent nécessiter que l'utilisateur télécharge une application ou installe un environnement local. Les outils diffèrent par les algorithmes qu'ils utilisent, les tests statistiques qu'ils effectuent et la fréquence à laquelle les données sous-jacentes des GO sont mises à jour. Les utilisateurs doivent donc faire preuve de prudence lorsqu'ils utilisent des outils externes, en particulier si la version de GO n'est pas immédiatement identifiable.

Voici quelques exemples d'outils:

[https://www.blast2go.com/ blast2GO]<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Ana |nom1=Conesa |prénom2=Stefan |nom2=Götz |prénom3=Juan Miguel |nom3=García-Gómez |prénom4=Javier |nom4=Terol |titre=Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research |périodique=Bioinformatics |volume=21 |numéro=18 |date=2005-09-15 |issn=1367-4803 |doi=10.1093/bioinformatics/bti610 |lire en ligne=https://academic.oup.com/bioinformatics/article/21/18/3674/202517 |consulté le=2021-02-19 |pages=3674–3676 }}</ref>

[https://www.psb.ugent.be/cbd/papers/BiNGO/Home.html BiNGO]<ref>{{Article |langue=en |prénom1=S. |nom1=Maere |prénom2=K. |nom2=Heymans |prénom3=M. |nom3=Kuiper |titre=BiNGO: a Cytoscape plugin to assess overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks |périodique=Bioinformatics |volume=21 |numéro=16 |date=2005-08-15 |issn=1367-4803 |issn2=1460-2059 |doi=10.1093/bioinformatics/bti551 |lire en ligne=https://academic.oup.com/bioinformatics/article-lookup/doi/10.1093/bioinformatics/bti551 |consulté le=2021-02-19 |pages=3448–3449 }}</ref>

[https://www.geneweaver.org/ GeneWeaver]<ref>{{Article |langue=en |prénom1=Erich J. |nom1=Baker |prénom2=Jeremy J. |nom2=Jay |prénom3=Jason A. |nom3=Bubier |prénom4=Michael A. |nom4=Langston |titre=GeneWeaver: a web-based system for integrative functional genomics |périodique=Nucleic Acids Research |volume=40 |numéro=D1 |date=2012-01-01 |issn=0305-1048 |pmid=22080549 |pmcid=PMC3245070 |doi=10.1093/nar/gkr968 |lire en ligne=https://academic.oup.com/nar/article/40/D1/D1067/2903626 |consulté le=2021-02-19 |pages=D1067–D1076 }}</ref>

[http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost gProfiler] <ref>{{Article |langue=en |prénom1=Jüri |nom1=Reimand |prénom2=Meelis |nom2=Kull |prénom3=Hedi |nom3=Peterson |prénom4=Jaanus |nom4=Hansen |titre=g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments |périodique=Nucleic Acids Research |volume=35 |numéro=suppl_2 |date=2007-07 |issn=1362-4962 |issn2=0305-1048 |pmid=17478515 |pmcid=PMC1933153 |doi=10.1093/nar/gkm226 |lire en ligne=https://academic.oup.com/nar/article-lookup/doi/10.1093/nar/gkm226 |consulté le=2021-02-19 |pages=W193–W200 }}</ref>

[http://cbl-gorilla.cs.technion.ac.il/ GOrilla]<ref>{{Article |prénom1=Eran |nom1=Eden |prénom2=Roy |nom2=Navon |prénom3=Israel |nom3=Steinfeld |prénom4=Doron |nom4=Lipson |titre=GOrilla : a tool for discovery and visualization of enriched GO terms in ranked gene lists |périodique=BMC Bioinformatics |volume=10 |numéro=1 |date=2009-02-03 |issn=1471-2105 |pmid=19192299 |pmcid=PMC2644678 |doi=10.1186/1471-2105-10-48 |lire en ligne=https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-48 |consulté le=2021-02-19 |pages=48 }}</ref>


== Notes et références ==
== Notes et références ==

Version du 19 février 2021 à 14:36

Gene Ontology est un projet bio-informatique destiné à structurer la description des gènes et des produits géniques dans le cadre d'une ontologie commune à toutes les espèces[1]. Ce projet, qui s'inscrit dans la démarche plus large d'Open Biomedical Ontologies (OBO) regroupant d'autres projets bio-informatiques dans le domaine biomédical, poursuit trois objectifs :

  • gérer et enrichir son vocabulaire contrôlé décrivant les gènes et leurs produits,
  • gérer les annotations, c'est-à-dire les informations rattachées aux gènes et à leurs produits,
  • fournir les outils permettant d'accéder aux informations structurées dans le cadre du projet.

La base GO est conçue comme un graphe orienté acyclique, chaque terme étant en relation avec un ou plusieurs termes du même domaine, et parfois d'autres domaines. Le vocabulaire GO est construit pour n'être pas dépendant des espèces considérées, avec des termes applicables à la fois aux organismes multicellulaires et unicellulaires, aux eucaryotes et aux procaryotes.

Termes GO

Dans le cadre de GO, les propriétés des produits géniques sont décrites selon trois axes :

  • les composants cellulaires auxquels ils s'appliquent, qu'il s'agisse du milieu intracellulaire ou de l'environnement extracellulaire,
  • les fonctions moléculaires réalisées, par exemple structurelles ou catalytiques pour une protéine
  • les processus biologiques, c'est-à-dire les transformations moléculaires nécessaires au fonctionnement d'entités biologiques intégrées.

Chaque terme GO est défini par l'ontologie du projet à travers :

  • un nom de terme, qui peut être un mot unique ou une suite de mots,
  • un identifiant unique alphanumérique,
  • une définition avec ses sources citées,
  • un espace de nom indiquant le domaine auquel il appartient.

Un terme peut également avoir des attributs supplémentaires facultatifs :

  • des synonymes, qui peuvent être classés comme exactement équivalents au nom de terme, plus large, plus restrictif ou en rapport avec lui,
  • des références à des concepts équivalents dans d'autres bases de données,
  • des commentaires sur la signification ou l'utilisation du terme.

Ci-dessous, un exemple de terme GO[2] : 

id:         GO:0000016
name:       lactase activity
namespace:  molecular_function
def:        "Catalysis of the reaction: lactose + H2O = D-glucose + D-galactose." [EC:3.2.1.108]
synonym:    "lactase-phlorizin hydrolase activity" BROAD [EC:3.2.1.108]
synonym:    "lactose galactohydrolase activity" EXACT [EC:3.2.1.108]
xref:       EC:3.2.1.108
xref:       MetaCyc:LACTASE-RXN
xref:       Reactome:20536
is_a:       GO:0004553 ! hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds

Outils

Il existe un certain nombre d'outils différents qui offrent des possibilités d'enrichissement. Certains d'entre eux sont basés sur le web tandis que d'autres peuvent nécessiter que l'utilisateur télécharge une application ou installe un environnement local. Les outils diffèrent par les algorithmes qu'ils utilisent, les tests statistiques qu'ils effectuent et la fréquence à laquelle les données sous-jacentes des GO sont mises à jour. Les utilisateurs doivent donc faire preuve de prudence lorsqu'ils utilisent des outils externes, en particulier si la version de GO n'est pas immédiatement identifiable.

Voici quelques exemples d'outils:

blast2GO[3]

BiNGO[4]

GeneWeaver[5]

gProfiler [6]

GOrilla[7]

Notes et références

  1. ↑ (en) The Gene Ontology Consortium, « The Gene Ontology project in 2008 », Nucleic Acids Research, vol. 36, no (suppl. 1),‎ , D440-D444 (lire en ligne)
    DOI 10.1093/nar/gkm883 PMID 17984083
  2. ↑ (en) The GO Consortium, « gene_ontology.1_2.obo », (consulté le )
  3. ↑ (en) Ana Conesa, Stefan Götz, Juan Miguel García-Gómez et Javier Terol, « Blast2GO: a universal tool for annotation, visualization and analysis in functional genomics research », Bioinformatics, vol. 21, no 18,‎ , p. 3674–3676 (ISSN 1367-4803, DOI 10.1093/bioinformatics/bti610, lire en ligne, consulté le )
  4. ↑ (en) S. Maere, K. Heymans et M. Kuiper, « BiNGO: a Cytoscape plugin to assess overrepresentation of Gene Ontology categories in Biological Networks », Bioinformatics, vol. 21, no 16,‎ , p. 3448–3449 (ISSN 1367-4803 et 1460-2059, DOI 10.1093/bioinformatics/bti551, lire en ligne, consulté le )
  5. ↑ (en) Erich J. Baker, Jeremy J. Jay, Jason A. Bubier et Michael A. Langston, « GeneWeaver: a web-based system for integrative functional genomics », Nucleic Acids Research, vol. 40, no D1,‎ , D1067–D1076 (ISSN 0305-1048, PMID 22080549, PMCID PMC3245070, DOI 10.1093/nar/gkr968, lire en ligne, consulté le )
  6. ↑ (en) Jüri Reimand, Meelis Kull, Hedi Peterson et Jaanus Hansen, « g:Profiler—a web-based toolset for functional profiling of gene lists from large-scale experiments », Nucleic Acids Research, vol. 35, no suppl_2,‎ , W193–W200 (ISSN 1362-4962 et 0305-1048, PMID 17478515, PMCID PMC1933153, DOI 10.1093/nar/gkm226, lire en ligne, consulté le )
  7. ↑ Eran Eden, Roy Navon, Israel Steinfeld et Doron Lipson, « GOrilla : a tool for discovery and visualization of enriched GO terms in ranked gene lists », BMC Bioinformatics, vol. 10, no 1,‎ , p. 48 (ISSN 1471-2105, PMID 19192299, PMCID PMC2644678, DOI 10.1186/1471-2105-10-48, lire en ligne, consulté le )
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