Sujet sur Discussion utilisateur:GF38storic

Salut @GF38storic,

Ça fait un moment qu'on avait pas parlé de science ;) J'étais en train de mettre au propre l'article Deltaproteobacteria et je suis tombé sur quelque chose d'intéressant. J'ai fait quelques recherches complémentaires pour cerner ce dont il était question et sans rentrer dans tous les détails il me semble que j'ai pigé le plus gros. Mais je voudrais être sûr d'avoir vraiment compris pour éviter d'écrire n'importe quoi dans l'article. Et accessoirement, comme il s'agit d'un remaniement important de plusieurs embranchements classes etc. j'aimerais savoir où je vais et éviter de travailler pour rien.

Je comprends (c'est limpide dans l'article) que Deltaproteobacteria est paraphylétique et que sur des données plutôt copieuses (>120 gènes séquencés sur presque 400 souches) il y a de bons arguments pour soutenir une réorganisation en 4 phylums avec reclassement ad hoc des sous taxons. Là où je bloque c'est : pourquoi LPSN n'a pas suivi ? Je crois deviner que c'est un problème de Code, mais où est le bug exactement qui fait que Oren & Garrity ont suivi dans leur gros papier de 2021 (les 42 phylums) mais pas LPSN ? J'ai l'impression que c'est une histoire de code et de "correct name" avec l'antériorité du nom tout ça mais c'est pas limpide pour moi.

Peux-tu m'éclairer stp ? Je t'en serais très reconnaissant (c'est pas tous les jours facile d'être un autodidacte)

PS : j'ai bien noté qu'ils parlent un peu de nomenclature à la fin de l'article mais c'est pour soulever un problème matériel de double dépôt des souches, sauf erreur de ma part le point précis dont je parle n'est pas abordé.

Salut  Gaspy42 :, tu as à peu près compris mais c'est plus compliqué que cela. Grosso modo, oui les DeltaP sont paraphylétiques et oui, waite et al. ont commis des erreurs de nomenclature dont un illégitime mais aussi d'assignations de souches types. Le double dépôt des souches est obligatoire pour l'assignation de nouveaux taxons (c'est ce que j'ai fait pour toutes les espèces que j'ai pu décrire). Par contre Oren et Garrity n'ont pas suivi les taxons de Waite. Par exemple, le 1er proposé par Waite2020 est Desulfobacterota or celui-ci est absent chez Oren2021. En prenant ce 1er exemple, tu peux voir que le Phylum Desulfobacterota (Waite2020) proposé contient en fait le Phylum Thermodesulfobacteriota (Garrity2001,2021) qui lui a été validé par Oren2021 faisant de Desulfobacterota un phylum paraphylétique lui aussi dès sa description. Et encore je ne parle pas du bordel mis dans Oligoflexia. Bref Waite a voulu mettre à jour un très gros bloc tout en même temps en mélangeant diverses choses et en sachant que pleins de taxons ne seraient pas bons en termes de nomenclature voire de classification comme il le dit lui-même dans son article (du niveau espèce jusqu'au phylum). Je pense qu'il aurait dû séparer et publier petit à petit des taxons séparé car il a quand même démontré en fait un nombre élevé de potentiels nouveaux phylums (plus que les 4 qu'il propose). Amicalement

Merci pour ta réponse @GF38storic,

Je vais la relire (avec les deux publis) à tête reposée pour essayer de me représenter un peu mieux tout ça. Je suis volontairement resté bref dans l'article Deltaproteobacteria pour éviter d'écrire des choses fausses, tu pourras relir stp ? Et puis si tu peux apporter des compléments, peut-être en simplifiant un peu ce que tu viens de m'expliquer, inutile de dire que ce serait sans doute très bienvenu.

Pour moi c'est typiquement le genre d'articles où il y a une problématique "un peu" complexe, difficile à vulgariser par un wikipédien qui n'est pas professionnel dans le domaine. Ou comment dire qu'il faut comprendre de quoi on parle avant d'en parler... Mais tu ne peux pas le savoir avant de découvrir un papier comme celui-là, et à ce moment-là le brouillon est parfois déjà bien avancé.

Je vais encore avoir besoin de ton avis/éclairage sur une autre question, je te fais un post séparé et tu regarderas quand tu auras le temps bien sûr.

A+