Je crois que la mention de l'affiliation est pertinente: sur WP l'article doit être neutre et factuel. Cette affiliation existe, elle renforce la notoriété de la fondation, il est donc pertinent à mon sens de l'ajouter, même si mention (référencée) de la volonté de s'en éloigner peut aussi être faite.
Ensuite, une liste des donateurs institutionnels, avec des liens l'attestant en référence, peut être faite (il y a souvent la liste des associations subventionnées sur les site des départements ou de l'état.)
Peut-être aussi ajouter la listes quelques lieux historiques ou importants affiliés à la Fondation (par le nombre de bénéficiaires) avec en références leur mention sur un site institutionnel (souvent les Conseils départementaux dans le cas de ce genre d'associations, ou les MDPH).
D'autre part, dans les références ARS que vous avez mises, je ne vois pas mentionnée le nom de la fondation, sauf si j'ai regardé trop vite (?). Il ne me semble donc pas que ces références soient vraiment pertinentes.
Bon courage,