Neighbour joining

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En bio-informatique, le neighbour joining (ou neighbor joining) est une méthode d'élaboration d'arbres de données phylogénétiques. La méthode neighbor joining se base sur les mêmes principes que les méthodes d'analyse de groupe (cluster analysis), telles que la méthode de UPGMA (qui se base sur les distances génétiques pour construire un arbre phylogénétique). La seule différence de la méthode de neighbor joining est qu'elle tient compte des différences de vitesse d'évolution entre les différentes branches de l'arbre phylogénétique. Cette méthode fournit un arbre non polarisé (non enraciné).

Utilisée généralement pour les arbres de données basés sur l'ADN ou les séquences de protéines, l'algorithme requiert la connaissance de la distance entre chaque paire de taxons (par. ex. espèces ou séquences) dans l'arbre.


Références[modifier | modifier le code]