Modèle:Cladogramme VIH

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L'arbre phylogénétique du VIH est en 2019, le suivant :



VIScpzPts, Pan troglodytes schweinfurthii, chimpanzé d’Afrique de l’Est, nucl. : 25 %. aa. : 59% (EF394356 Tanzanie 2000)[1]





VISgor Gorilla gorilla gorilla, Gorille des plaines de l'Ouest



VIH-1 type O, nucl. : 41 %. aa. : 68% (JX245015 Gabon 2011) [2]



VIH-1 type P, nucl. : 34 %. aa. : 68% (GU111555 France 2009) [3]





VIScpzPtt, Pan troglodytes troglodytes, chimpanzé de l’ouest de l’Afrique centrale



VIH-1 type N, nucl. : 51 %. aa. : 78% (KY498771 Cameroun 2015)[4]



VIH-1 type M, nucl. : 76%. aa. : 71% (HIVU76035 RDC 1976) [5]





VIH-1 M ss-type A, nucl. : 81 %. aa. : 83% (KX389622 Nigeria 2009) [6]



VIH-1 M ss-type A, (DRC60 Léopoldville 1960) [7]




VIH-1 M ss-type B, nucl. : 84 % (KY778422 USA 2013) [8]




VIH-1 M ss-type C, nucl. : 93 %. aa. : 87% (HIVU46016 Ethiopie 1986) [9]



VIH-1 M ss-type C, nucl. : 100 %. aa. : 100% (MW262773 USA 2019) [10]





VIH-1 M ss-type D, nucl. : 76 % (MF109713 UK 2013) [11]



VIH-1 M ss-type D, (ZR59 Léopoldville 1959) [7]




VIH-1 M ss-type F, nucl. : 82 %. aa. : 84% (MT417762 Belgique 2019) [12]



VIH-1 M ss-type G, nucl. : 85 %. aa. : 83% (MK254637 China 2016) [13]



VIH-1 M ss-type H, nucl. : 84 %. aa. : 85% (KU168273 RDC 2004) [14]



VIH-1 M ss-type J, nucl. : 82 %. aa. : 83% (GU237072 Cameroun 2004) [15]



VIH-1 M ss-type K, nucl. : 82 % (AJ249235 RDC 1997) [16]



VIH-1 M ss-type L, nucl. : 82 % (MN271384 RDC 2001) [17]



VIH-1 M ss-type U, nucl. : 83 % (MN736708 Slovénie 2016) [18]








VISsmm Cercocebus atys atys, Singe vert mangabey[19]



VIH-2, nucl. : 0 %. aa. : 48% (AB485670, Côte d'Ivoire)[20]



 Documentation modèle sans paramètre[purger]

Ceci est la documentation du modèle {{Cladogramme VIH}}. Il affiche un cladogramme.

Utilisation

  • {{Cladogramme VIH}}

Le modèle s’utilise sans paramètre.

Références

  1. ↑ (en) J. Takehisa, « Generation of infectious molecular clones of simian immunodeficiency virus from fecal consensus sequences of wild chimpanzees », J. Virol.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  2. ↑ (en) F. Liegeois, « HIV type-1 group O infection in Gabon: low prevalence rate but circulation of genetically diverse and drug-resistant HIV type-1 group O strains », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  3. ↑ (en) JC Plantier, « A new human immunodeficiency virus derived from gorillas », Nat. Med.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  4. ↑ (en) M.A. Rodgers, « Identification of rare HIV-1 Group N, HBV AE, and HTLV-3 strains in rural South Cameroon », Virology,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  5. ↑ (en) D.J. Choi, « HIV type 1 isolate Z321, the strain used to make a therapeutic HIV type 1 immunogen, is intersubtype recombinant », AIDS Res. Hum. Retroviruses 13,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  6. ↑ (en) R.A. Heipertz,, « Significant contribution of subtype G to HIV-1 genetic complexity in Nigeria identified by a newly developed subtyping assay specific for subtype G and CRF02_AG », Medicine,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  7. ↑ a et b (en) MG Berg, « A high prevalence of potential HIV elite controllers identified over 30 years in Democratic Republic of Congo », EBio Medicine,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  8. ↑ (en) B. Hiener, « Identification of Genetically Intact HIV-1 Proviruses in Specific CD4(+) T Cells from Effectively Treated Participants. », Cell. Rep.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  9. ↑ (en) M.O. Salminen, « Full-length sequence of an ethiopian human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) isolate of genetic subtype C », AIDS Res. Hum. Retroviruses 12,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  10. ↑ (en) F.R. Simonetti, « Antigen-driven clonal selection shapes the persistence of HIV-1 infected CD4+ T cells in vivo », J Clin Invest,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  11. ↑ (en) G. Yebra, « A high HIV-1 strain variability in London, UK, revealed by full-genome analysis: Results from the ICONIC project », PLoS ONE,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  12. ↑ (en) L. Hebberecht, « Characterizing viruses involved in local HIV transmission using near full-length genome sequencing », Unpublished,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  13. ↑ (en) T. Li, « HIV-1 isolate 10818 from China, complete genome », Department of AIDS Research, Beijing Institute of Microbiology and Epidemiology,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  14. ↑ (en) M.G. Berg, « A Pan-HIV Strategy for Complete Genome Sequencing », J. Clin. Microbiol.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  15. ↑ (en) J. Yamaguchi, « Near full-length sequence of HIV type 1 subtype J strain 04CMU11421 from Cameroon. », AIDS Res. Hum. Retroviruses.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  16. ↑ (en) K. Triques, « Near-full-length genome sequencing of divergent African HIV type 1 subtype F viruses leads to the identification of a new HIV type 1 subtype designated K », AIDS Res. Hum. Retroviruses,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  17. ↑ (en) J. Yamaguchi, « Complete genome sequence of CG-0018a-01 establishes HIV-1 subtype L », J. Acquir. Immune Defic. Syndr.,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  18. ↑ (en) M.M. Lunar, « HIV-1 Unique Recombinant Forms Identified in Slovenia and Their Characterization by Near Full-Length Genome Sequencing », Viruses,‎ (lire en ligne, consulté le ).
  19. ↑ Jacques Pépin, Aux origines du SIDA, Seuil, 2019, p. 318
  20. ↑ (en) N. Takekawa, « A comprehensive panel of infectious molecular clones derived from HIV isolates of BBI subtype infectivity panel », Unpublished,‎ (lire en ligne, consulté le ).

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