Discussion:Orthologie

A priori deux gènes sont toujours homologues, car à moins que plusieurs gènes ne soient apparus indépendamment et simultanément, ils ont forcément un gène ancêtre en commun. Ceci dit on peut avoir du mal à démontrer leur parenté; c'est dans ce cas que l'on dit qu'ils ne sont pas homologues. C'est toutefois contradictoire avec la définition du mot.

Deux cas se présentent ensuite. Les gènes ont été séparés par une duplication, ces gènes sont paralogues. Les gènes ont été séparés par un évènement de spéciation, les gènes sont orthologues.

Le fait d'être situés ou pas dans une même région chromosomique n'est pas la preuve d'une orthologie. A la limite c'est un argument en faveur de l'orthologie. Lors de la spéciation, le gène orthologue a pu être transloqué sur un autre chromosome: on a donc un gène orthologue sur un autre chromosome. De même, dans une espèce il y a une duplication en tandem (côte à côte sur le même chromosome). Ces gènes sont des paralogues. Dans une espèce descendante on perd la première copie, dans une seconde espèce on perd la deuxième copie. On a des paralogues dans le même environnement chromosomique.

Voir Fitch WM, Homology a personal view on some of the problems, Trends in Genetics, 2000, 16(5): 227-231 — Le message qui précède, non signé, a été déposé par l'IP 90.25.71.48 (discuter), le 6 septembre 2008 à 16:17 CET

En effet, ce qui définit un orthologue c'est l'évènement de spéciation. Merci de signer vos commentaires avec ~~~~. Calimo (d) 11 janvier 2009 à 15:10 (CET)