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Manuel Lloret commence sa carrière professionnelle en 2005 dans l'équipe Comunidad Valenciana. Il signe un premier succès en février 2006 en remportant la deuxième étape du Tour d'Andalousie. Cette année-là, il est cependant l'un des 14 coureurs de Comunidad Valenciana cités dans l'affaire Puerto comme étant client du docteur Fuentes. Comme ses coéquipiers, il est blanchi par la justice espagnole durant le mois de juillet[1]. L'équipe disparaît néanmoins en fin de saison.
Manuel Lloret revient dans les rangs amateurs en 2008, au sein de l'équipe Comunitat Valenciana-CCN. En avril, il gagne une étape du Tour d'Estrémadure, dont il prend la deuxième place. En juillet, il retrouve une place dans une équipe professionnelle avec formation portugaiseBarbot-Siper[2].