« David Sankoff » : différence entre les versions

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'''David Sankoff''', né le 31 décembre 1942, est un [[mathématicien]] et [[informaticien]], [[canadien]], professeur à l'[[université d'Ottawa]], reconnu comme l'un des pères fondateurs de la [[bioinformatique]]. Il a la réputation d’être [[visionnaire]], et d’avoir établi les bases d’une multitude de domaines de la bioinformatique, en commençant par l’[[alignement de séquences]]. C’est en grande partie grâce à lui que la [[programmation dynamique]] a fait son apparition en bioinformatique. Il a également été à l’origine des recherches sur le repliement des ARN, la reconstruction phylogénétique, les réarrangements génomiques, et bien des aspects de la génomique comparative.
{{Infobox Scientifique
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| légende = David Sankoff durant la conférence "Models and Algorithms for Genome Evolution", en 2013, Bromont, Québec.
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'''David Sankoff''', né le 31 décembre 1942, est un mathématicien, bioinformaticien, informaticien et linguiste canadien. Professeur au département de mathématiques et statistiques de l'[[Université d'Ottawa]], détient la chaire de recherche du Canada en génomique mathématique, tout en étant membre du département de biologie et de l'école des sciences de l'information. Il a lancé la revue scientifique "Language Variation and Change" (Cambridge) et est membre des comités éditoriaux de plusieurs revues scientifiques dans les domaines de la bioinformatique, de la biologie computationnelle et de la linguistique. David Sankoff est reconnu comme un pionnier en linguistique computationnelle et en génomique computationnelle, et comme l'un des pères fondateurs de la [[bioinformatique]]. Il a notamment joué un rôle important dans l'introduction de la [[programmation dynamique]]<ref name="dphist">{{cite doi|10.1093/bioinformatics/16.1.41}}</ref> pour la résolution de problèmes comme l'[[alignement de séquences]]. Il a également été à l’origine des recherches sur le repliement des ARN, la reconstruction phylogénétique, les réarrangements génomiques, et bien des aspects de la génomique comparative. Selon <ref name="iscb assp 2006">{{cite doi|10.1371/journal.pcbi.0020105}}</ref>, "[ [[Michael Waterman]] ] and David Sankoff are responsible for transforming bioinformatics from a ‘stamp collection' of ill-defined problems into a rigorous discipline with important biological applications."
Professeur à l'Université d'Ottawa, il détient une [[chaire]] de recherche du Canada en génomique mathématiques. Il est membre du CRM (Centre de Recherche Mathématiques) depuis sa création en 1969, où il a été parmi les 8 premiers chercheurs. En 1971-1972, il a initié le domaine de la biologie computationnelle au CRM, en collaboration avec Robert Cedergren du Département de Biochimie de l'UdeM. David a été professeur au Département de Mathématiques et Statistiques (DMS) de l'Université de Montréal de 1984 à 2002. Il a été le premier professeur de l'UdeM à devenir "fellow" du CIFAR (Canadian Institute for Advanced Research). Il est « fellow» de la Société Royale du Canada et de la prestigieuse « International Society for Computational Biology ». Il est récipiendaire du prix d’excellence ne recherche, médaillé de l'association francophone pour le savoir, récipiendaire du premier « Senior Science Accomplishment Award » de « International Society for Computational Biology » et de « Weldon Memorial Prize and Medal from Oxford University ». David Sankoff est le fondateur de la revue «Language Variation and Change » (Cambridge). Il est également éditeur de plusieurs journaux de bioinformatique, de biologie computationnelle et de linguistique. David a publié son premier article scientifique en 1963, lorsqu'il était étudiant au B.Sc. à l'Université McGill. Cette conférence soulignera ses 50 ans de contributions scientifiques.


{{Portail|Mathématiques|Informatique|Canada}}


== Career ==
[[Catégorie:mathématicien]]
David Sankoff a publié son premier article scientifique en 1963<ref name="vaccinia">{{cite pmid| 14081366}}</ref> alors qu'il était étudiant en mathématiques à l'[[Université McGill]]. Dès son doctorat, il a formalisé rigoureusement plusieurs concepts importants en socio-linguistique et en linguistique historique, comme par exemple la [[glottochronologie]]<ref name="word-meaning">{{cite journal|last=Sankoff|first=David|title=On the rate of replacement of word-meaning relationships|journal=Language|year=1970|volume=46|issue=3|pages=564-569|url=http://www.jstor.org/stable/412307}}</ref>.
[[Catégorie:informaticien]]

Après avoir obtenu son doctorat en mathématiques, David Sankoff a obtenu un premier poste à l'[[Université de Montréal]] en 1969. En 1971, il mit au point la première version de l'algorithme de l'[[algorithme de Needleman-Wunsch]] ayant une complexité en temps quadratique<ref name="gaps">{{cite pmid| 4500555}}</ref>. En 1973, avec Robert Cedergren, David Sankoff mit au point une méthode d'estimation conjointe d'un [[alignement de séquences]] et d'un [[arbre phylogénétique]]<ref name="5S">{{cite journal|last=Sankoff|first=D|coauthors=C. Morel and R. J. Cedergren|title=Evolution of 5S RNA and the non-randomness of base replacement|journal=Nature New Biology|year=1973|volume=245|pages=232-234|pmid=4201431}}</ref>, posant ainsi les bases de la [[génomique comparative]]. En 1980, Robert Cedergren et David Sankoff fondèrent le premier groupe de recherche en bioinformatique a l'[[Université de Montréal]]<ref>{{cite web|title=History of the Robert Cedergren Centre|url=http://www.centrerc.umontreal.ca/historiquea.html|accessdate=25 August 2013}}</ref>. David Sankoff a travaillé sur des problèmes de [[structure secondaire]], [[réarrangement de génomes]], [[alignement de séquences]], évolution des génomes et de [[phylogénétique]].<ref name="Sankoff ISCB Senior Scientist award page">{{cite web|title=ISCB Senior Scientist Award to Sankoff|url=http://www.iscb.org/iscb-awards/1135|accessdate=24 August 2013}}</ref>.


==Awards==
* Sankoff was the first recipient of the [[International Society for Computational Biology]]'s Senior Scientist Award in 2003.
* Fellow of the [[Royal Society of Canada]] (1995)
* Fellow of the [[International Society for Computational Biology]]
* [[:fr:Prix Marcel-Vincent|Marcel-Vincent Prize]] (1977)
* Ontario Distinguished Researcher Award (2002)
* [[Weldon Memorial Prize]] (2004)
* [[University of Ottawa]] Excellence in Research Award<ref>{{cite web|title=David Sankoff - Excellence in Research Award|url=http://www.research.uottawa.ca/excellence-awards-recipient_515.html|accessdate=25 August 2013}}</ref> (2013)

==References==
{{reflist}}

[[Category:Fellows of the Royal Society of Canada]]
[[Category:Canada Research Chairs]]
[[Category:Fellows_of_the_International_Society_for_Computational_Biology]]

Version du 26 août 2013 à 07:45

David Sankoff
Description de cette image, également commentée ci-après
David Sankoff durant la conférence "Models and Algorithms for Genome Evolution", en 2013, Bromont, Québec.

Nationalité Drapeau du Canada Canadien
Institutions Université d'Ottawa, Université de Montréal; Centre de Recherches Mathématiques, Canadian Institute for Advanced Research, Bureau of Statistics of Papua and New Guinea [1]
Directeur de thèse David Andrew Dawson
Renommé pour Variable rules analysis, Code switching, Alignement de séquences, Structure secondaire, Bioinformatique
Distinctions Membre honoraire de la Société royale du Canada, 1995; Chaire de recherche du Canada 2002-2016; Fellow, International Society for Computational Biology, ISCB Senior Scientist Accomplishment Award, 2003; Weldon Memorial Prize, 2004

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David Sankoff, né le 31 décembre 1942, est un mathématicien, bioinformaticien, informaticien et linguiste canadien. Professeur au département de mathématiques et statistiques de l'Université d'Ottawa, détient la chaire de recherche du Canada en génomique mathématique, tout en étant membre du département de biologie et de l'école des sciences de l'information. Il a lancé la revue scientifique "Language Variation and Change" (Cambridge) et est membre des comités éditoriaux de plusieurs revues scientifiques dans les domaines de la bioinformatique, de la biologie computationnelle et de la linguistique. David Sankoff est reconnu comme un pionnier en linguistique computationnelle et en génomique computationnelle, et comme l'un des pères fondateurs de la bioinformatique. Il a notamment joué un rôle important dans l'introduction de la programmation dynamique[2] pour la résolution de problèmes comme l'alignement de séquences. Il a également été à l’origine des recherches sur le repliement des ARN, la reconstruction phylogénétique, les réarrangements génomiques, et bien des aspects de la génomique comparative. Selon [3], "[ Michael Waterman ] and David Sankoff are responsible for transforming bioinformatics from a ‘stamp collection' of ill-defined problems into a rigorous discipline with important biological applications."


Career

David Sankoff a publié son premier article scientifique en 1963[4] alors qu'il était étudiant en mathématiques à l'Université McGill. Dès son doctorat, il a formalisé rigoureusement plusieurs concepts importants en socio-linguistique et en linguistique historique, comme par exemple la glottochronologie[5].

Après avoir obtenu son doctorat en mathématiques, David Sankoff a obtenu un premier poste à l'Université de Montréal en 1969. En 1971, il mit au point la première version de l'algorithme de l'algorithme de Needleman-Wunsch ayant une complexité en temps quadratique[6]. En 1973, avec Robert Cedergren, David Sankoff mit au point une méthode d'estimation conjointe d'un alignement de séquences et d'un arbre phylogénétique[7], posant ainsi les bases de la génomique comparative. En 1980, Robert Cedergren et David Sankoff fondèrent le premier groupe de recherche en bioinformatique a l'Université de Montréal[8]. David Sankoff a travaillé sur des problèmes de structure secondaire, réarrangement de génomes, alignement de séquences, évolution des génomes et de phylogénétique.[9].


Awards

References

  1. ↑ :(en) David Sankoff, In Meyerhoff, Miriam and Naomi Nagy (eds.), Social Lives in Language – Sociolinguistics and multilingual speech communities: Celebrating the work of Gillian Sankoff (pp. 179–194), Amsterdam, John Benjamins, , « How to Predict the Evolution of a Bilingual Community »
  2. ↑ DOI 10.1093/bioinformatics/16.1.41
  3. ↑ DOI 10.1371/journal.pcbi.0020105
  4. ↑ J. D. Friesen, D. Sankoff et L. Siminovitch, « Radiobiological Studies of Vaccinia Virus », Virology, vol. 21, no 3,‎ , p. 411–424 (PMID 14081366, DOI 10.1016/0042-6822(63)90203-4) modifier
  5. ↑ David Sankoff, « On the rate of replacement of word-meaning relationships », Language, vol. 46, no 3,‎ , p. 564-569 (lire en ligne)
  6. ↑ D. Sankoff, « Matching sequences under deletion-insertion constraints », Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 69, no 1,‎ , p. 4–6 (PMID 4500555, PMCID 427531) modifier
  7. ↑ D Sankoff, « Evolution of 5S RNA and the non-randomness of base replacement », Nature New Biology, vol. 245,‎ , p. 232-234 (PMID 4201431)
  8. ↑ « History of the Robert Cedergren Centre » (consulté le )
  9. ↑ « ISCB Senior Scientist Award to Sankoff » (consulté le )
  10. ↑ « David Sankoff - Excellence in Research Award » (consulté le )
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