Utilisateur:Fdardel/BacASable
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | 4 | -1 | -2 | -2 | 0 | -1 | -1 | 0 | -2 | -1 | -1 | -1 | -1 | -2 | -1 | 1 | 0 | -3 | -2 | 0 |
| R | 5 | 0 | -2 | -3 | 1 | 0 | -2 | 0 | -3 | -2 | 2 | -1 | -3 | -2 | -1 | -1 | -3 | -2 | -3 | |
| N | 6 | 1 | -3 | 0 | 0 | 0 | 1 | -3 | -3 | 0 | -2 | -3 | -2 | 1 | 0 | -4 | -2 | -3 | ||
| D | 6 | -3 | 0 | 2 | -1 | -1 | -3 | -4 | -1 | -3 | -3 | -1 | 0 | -1 | -4 | -3 | -3 | |||
| C | 9 | -3 | -4 | -3 | -3 | -1 | -1 | -3 | -1 | -2 | -3 | -1 | -1 | -2 | -2 | -1 | ||||
| Q | 5 | 2 | -2 | 0 | -3 | -2 | 1 | 0 | -3 | -1 | 0 | -1 | -2 | -1 | -2 | |||||
| E | 5 | -2 | 0 | -3 | -3 | 1 | -2 | -3 | -1 | 0 | -1 | -3 | -2 | -2 | ||||||
| G | 6 | -2 | -4 | -4 | -2 | -3 | -3 | -2 | 0 | -2 | -2 | -3 | -3 | |||||||
| H | 8 | -3 | -3 | -1 | -2 | -1 | -2 | -1 | -2 | -2 | 2 | -3 | ||||||||
| I | 4 | 2 | -3 | 1 | 0 | -3 | -2 | -1 | -3 | -1 | 3 | |||||||||
| L | 4 | -2 | 2 | 0 | -3 | -2 | -1 | -2 | -1 | 1 | ||||||||||
| K | 5 | -1 | -3 | -1 | 0 | -1 | -3 | -2 | -2 | |||||||||||
| M | 5 | 0 | -2 | -1 | -1 | -1 | -1 | 1 | ||||||||||||
| F | 6 | -4 | -2 | -2 | 1 | 3 | -1 | |||||||||||||
| P | 7 | -1 | -1 | -4 | -3 | -2 | ||||||||||||||
| S | 4 | 1 | -3 | -2 | -2 | |||||||||||||||
| T | 5 | -2 | -2 | 0 | ||||||||||||||||
| W | 11 | 2 | -3 | |||||||||||||||||
| Y | 7 | -1 | ||||||||||||||||||
| V | 4 |
Pour la page Structure de l'ARN
| séquence | 5'AA3'
3'UU5' |
5'AU3'
3'UA5' |
5'UA3'
3'AU5' |
5'CA3'
3'GU5' |
5'CU3'
3'GA5' |
5'GA3'
3'CU5' |
5'GU3'
3'CA5' |
5'CG3'
3'GC5' |
5'GC3'
3'CG5' |
5'GG3'
3'CC5' |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| kcal/mol | -0,9 | -0,9 | -1,1 | -1,8 | -1,7 | -2,3 | -2,1 | -2,0 | -3,4 | -2,9 |
Pour la page Hyperchromicité (biologie)
Étude de la stabilité des acides nucléiques
[modifier | modifier le code]L'étude de l'effet hyperchrome constitue la base des études de stabilité des acides nucléiques[1]. A partir de l'étude des courbes de fusion, on peut en effet extraire les paramètres thermodynamiques de l'association des deux brins d'un ADN ou d'un ARN. On utilise en général des courts oligonucléotides de 10 à 20 bases de longs, ce qui permet d'avoir des températures de fusion comprises entre 30 et 70 degrés Celsius. Dans l'exemple simplifié d'un oligonucléotide de séquence palindromique, qui est donc son propre brin complémentaire, cela revient à étudier l'équilibre :
Equations de base
- La constante d'équilibre associée à la réaction est
- L'enthalpie libre standard associée à la réaction à pour expression
- La conservation du nombre total de brins dans la solution implique :
![{\displaystyle K=[brin]^{2}/[duplex]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/0ea305e55973dcbf371ee8c24cff76644d709719)
![{\displaystyle [brin]+2[duplex]=[ADN_{total}]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/00e4e2ef8a59fa08e9806bba92a23dc38924db68)
Avec T, la température, R, la constante des gaz parfaits et , la concentration totale de brins d'ADN (appariés ou non) dans la solution.
![{\displaystyle [ADN_{total}]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/f5560ad187f166bc5957a38a7ea5cdefb6a9557e)
A la température de fusion
A la température de fusion , par définition, la moitié des brins d'ADN se trouve sous forme appariée et l'autre moitié sous forme de duplex. On a donc . On peut alors résoudre les équations ci-dessus et calculer en fonction des autres paramètres. On a à partir de l'expression de l'enthalpie libre :
![{\displaystyle [brin]=2[duplex]}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/ee51cdf7dbcf1c2a929b39f7c0a25f5603a8926c)
![{\displaystyle RT_{m}\log(2[brin])=\Delta H^{0}-T_{m}\Delta S^{0}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/7895fd309b6d2c609102c057058f26bdb6c667e0)
En tenant compte de la conservation des brins, on trouve :
![{\displaystyle T_{m}={\frac {\Delta H^{0}}{\Delta S^{0}+R\log([ADN_{total}]}}}](https://wikimedia.org/api/rest_v1/media/math/render/svg/aaae96de3b83e7a8fe29626fb77abf441dd38a2b)
En mesurant expérimentalement la température de fusion pour plusieurs valeurs de concentration de l'oligonucléotide, il est possible, par ajustement de l'expression ci-dessus, de déterminer les valeurs de l'entropie et de l'enthalpie standard ( et ) et donc de l'enthalpie libre à la température souhaitée.
