Fichier:Visual cycle.svg

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Fichier d’origine ‎(Fichier SVG, nominalement de 841 × 750 pixels, taille : 19 kio)

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Description

Description
English: The chemical reactions involved in a visual cycle. Image generated as PDF using LaTeX and then converted to SVG using dvisvgm. The resulting SVG was manually edited.
Date
Source Travail personnel
Auteur Krishnavedala
SVG information
InfoField
W3C grn 
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LaTeX Source Code

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\documentclass[12pt,border=0pt,tikz,class=scrartcl]{standalone}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{mathtools,amssymb}
\usepackage{pgfplots}
\pgfplotsset{compat=1.10}
\usetikzlibrary{positioning,calc,arrows,fit,backgrounds,decorations.text,shapes}

\usepackage{chemfig,chemmacros}
\renewcommand*{\familydefault}{\sfdefault}
\renewcommand*\printatom[1]{\ensuremath{\mathsf{#1}}}
\setatomsep{1.5em}
\setdoublesep{.6ex}
\setarrowdefault{,1,ultra thick}
\setbondstyle{thick,cap=round}

\pagestyle{empty}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}
	\node (n1) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=^[::-60]N(-[6,.6,,1,draw=none]H|^{\scriptstyle+})-[::60,,,1]R|hodopsin
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n1)-(25em,0)$) (n2) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]O
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n2)-(2,4.8)$) (n3) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]OH
		)-(-[::-30])(-[::-90])--)}
	};
	\node at ($(n3)-(0,3.8)$) (n4) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]OH
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n4.west)-(0,4)$) (n5) [anchor=west] {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]-[::-60]O-[::60](=[2]O)-[::-60]R
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5)+(34em,0)$) (n6) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]OH
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n6)+(0,4)$) (n7) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
		-=_[::-60]-[::60](-[2])
		=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]=^[::60]O
		)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n7.east)+(.1,2.9)$) (n8) [anchor=south east] {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]=^[::60]
			N(-[6,.6,,1,draw=none]H|^{\scriptstyle+})-[::60,,,1]R|hodopsin
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5.east)!.5!(n6.west)-(3.7,4)$) (n9) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]OH
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\node at ($(n5.east)!.5!(n6.west)+(3.7,-4.5)$) (n10) {
		\chemfig{*6(--(-)=(
			-=_[::-60]-[::60](-[2])
			=_[::-60]-[::60]=_[::-60]-[6](-[::-60])=^[::60]-[::-60]-[::60]O-[::-60] (-[::60]R)=[::-60]O
			)-(-[:120])(-[:60])--)}
	};
	\begin{pgfonlayer}{background} 
		\node [rounded corners=2em,draw=green,fill=yellow!30,line width=6pt,fit=(n1) (n2) (n3) (n8),inner sep=8pt] (big1) {};
		\node [rounded corners=2em,draw=green,fill=cyan!30,line width=6pt,fit=(n4) (n5) (n6) (n7) (n9) (n10),inner sep=8pt] (big2) {};
	\end{pgfonlayer}
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n1.west) -- (n2.east) 
		node [pos=.5,above] {\large\chemfig[green!50!black]{H_2O}};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n2.south) node [above right] {\large all-trans retinal} 
		-- (n3.north) 
		node [pos=.5,left] {\large\color{green!50!black}all-trans RDH};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n3.south) node [above right] {\large all-trans retinol} 
		-- (n4.north);
	\draw [-latex,ultra thick] 
		(n4.south) node [above right] {\large all-trans retinol} 
		-- (n4.north |- n5.north) 
		node [pos=.5,right] {\large\color{green!50!black}LRAT};
	\draw [-latex,ultra thick] 
		node at ($(n5)+(1,-1)$) {\large all-trans retinyl ester} 
		(n5.east) -- (n6.west) 
		node [pos=.5,above] {\large\color{green!50!black}RPE65};
	\draw [very thick] 
		(n9.north) .. controls ++(0,1.5) and ++(-1.5,0) .. ($(n5.east)!.5!(n6.west)$);
	\draw [-latex,very thick] 
		($(n5.east)!.5!(n6.west)$) .. controls ++(1.5,0) and ++(0,1.5) .. (n10.north);
	\draw [-latex,ultra thick] 
		node at ($(n6)+(0,-1)$) {\large 11-cis retinol} 
		(n6.north) -- ($(n7.south)+(0,.45)$) 
		node [pos=.5,left] {\large\color{green!50!black}11-cis RDH} 
		node [pos=1,above] {\large 11-cis retinal};
	\draw [-latex,ultra thick]
		(n7.north) -- (n7.north |- n8.south)
		node [pos=1,left] {\large 11-cis retinilidene};
	\draw [-latex,ultra thick]
		(n8.north) -- ($(n1.south)-(0,.1)$)
		node [pos=1,above] {\large all-trans retinilidene}
		node [pos=.5,right,inner xsep=8pt] {\large\color{green!50!black}h$\nu$};
	\draw [decorate, decoration={brace,amplitude=2em}, ultra thick]
		(big1.south west) -- (big1.north west)
		node [pos=.5,anchor=south,xshift=-20pt,rotate=90] {\Large Rod outer segment};
	\draw [decorate, decoration={brace,amplitude=2em}, ultra thick]
		(big2.south west) -- (big2.north west)
		node [pos=.5,anchor=south,xshift=-20pt,rotate=90] {\Large Retinal pigment epithelium};
\end{tikzpicture}
\end{document}

Conditions d’utilisation

Moi, en tant que détenteur des droits d’auteur sur cette œuvre, je la publie sous la licence suivante :
w:fr:Creative Commons
paternité partage à l’identique
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actuel30 mars 2016 à 04:13Vignette pour la version du 30 mars 2016 à 04:13841 × 750 (19 kio)KrishnavedalaMuch reduced and text is now translatable
11 avril 2015 à 09:34Vignette pour la version du 11 avril 2015 à 09:34824 × 748 (82 kio)KrishnavedalaPDF conversion using {{w|dvisvgm}} giving a much optimized SVG
10 avril 2015 à 19:59Vignette pour la version du 10 avril 2015 à 19:59829 × 748 (121 kio)KrishnavedalaUser created page with UploadWizard

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