Le système théologique appelé "origénisme" par la tradition a pour fondements deux ouvrages: d'une part, le traité Sur les principes, d'Origène lui-même; d'autre part, les Centuries gnostiques d'Evagre le Pontique. Les thèses dénoncées dès la fin du IVe siècle par les adversaires de ce système ont en fait plutôt été trouvées dans ce dernier texte, comme l'a montré A. Guillaumont.
Il y a eu deux créations. La première donna naissance à un monde d'êtres purement spirituels, les intellects, créés par Dieu pour être contemplé par eux. Ces intellects étaient unis au Verbe de Dieu, étaient tous égaux entre eux et formaient une unité parfaite. La rupture de cette unité se produit par la faute des intellects: ils sont saisis par une sensation de satiété, de lassitude, appelée l'"acédie", et se relâchent dans leur contemplation. Ce relâchement est le "premier mouvement" qui sépare les intellects du Verbe de Dieu et aussi les uns des autres. Seul de tous les intellects, le Christ, à l'origine égal aux autres, n'a pas été entraîné dans le "premier mouvement" et est resté uni au Verbe divin.
Les intellects séparés et déchus se différencient par une distance plus ou moins grande prise avec la Divinité et par une diversité de dispositions intérieures qui se manifestent par une matérialisation plus ou moins grande, depuis les anges jusqu'aux âmes humaines diversement disposées. Ainsi les anges et les âmes ne se distinguent pas par leur nature, mais par la profondeur de leur déchéance par rapport à l'unité originelle, et la matière, non créée par Dieu, est la conséquence de la chute des intellects.
La seconde création, celle des mondes matériels, est l'oeuvre du Christ; elle est destinée à offrir aux intellects déchus un moyen de salut. Ceux-ci sont dotés, en vertu d'un premier jugement, d'un corps qui correspond à leur degré de déchéance: ainsi, il y a des "états corporels" différents, plus ou moins matériels, qui correspondent à la capacité plus ou moins grande de contemplation de la Divinité qui a été préservée. Le salut des intellects se fait en passant d'un degré inférieur à un degré supérieur de contemplation, jusqu'à la "contemplation naturelle première" qui correspond à l'état angélique, où l'intellect est doté d'un corps angélique et devient quasiment impassible. Mais il se peut aussi que des intellects descendent, c'est-à-dire déchoient encore plus, dans cette échelle de la contemplation. Soulignons que dans ce système les intellects, et donc les âmes, préexistent aux corps, puisqu'ils sont tous nés en même temps lors de la première création.
Dans cette histoire faite d'ascensions et de descentes des intellects, leur purification ne peut se faire par un seul séjour dans les mondes matériels: ils passent successivement dans plusieurs corps supérieurs ou inférieurs, dans un processus de métempsychose. Mais tous les intellects doivent être purifiés, en vertu du principe selon lequel la fin doit être identique au commencement. Grâce à une série de purifications qui les fait passer dans une suite de mondes, tous les intellects s'élèvent peu à peu jusqu'à l'état angélique, c'est-à-dire qu'ils acquièrent un corps qui n'est presque plus matériel. Quand tous les intellects sont devenus des anges, c'est le "septième jour", celui du règne du Christ sur les intellects. Mais ce règne doit aussi prendre fin pour qu'on parvienne au "huitième jour": la matière, et donc les corps, disparaît complètement, les intellects auparavant déchus redeviennent en tous points semblables et égaux au Christ, et l'unité originelle est pleinement restaurée. Cette issue finale, où tous les intellects sans exception sont sauvés, sans qu'il y ait de damnation éternelle d'aucun, est l'"apocatastase universelle" (du grec apokatastasis, "restauration dans l'état premier").
Toutes les grandes lignes de ce système se trouvent dans le traité Sur les Principes, d'Origène, mais la précision systématique vient plutôt des Centuries d'Evagre le Pontique, qui est l'auteur des expressions "mouvement premier", "contemplation naturelle première" (l'état angélique), "contemplation naturelle seconde" (l'état des âmes humaines), "septième jour" et "huitième jour".
Ce système fait de la liberté le sens de l'histoire du monde: en effet, Dieu a créé les intellects pour qu'ils existent dans un état de plénitude (unité, égalité parfaites, contemplation de l'être infini de Dieu); mais cette plénitude n'était qu'un don gratuit de la libéralité divine; il fallait que les intellects se l'approprient réellement en la conquérant eux-mêmes, par un mouvement spontané qui les fait vouloir retrouver, avec l'aide du Christ, l'état originel qu'ils ont momentanément perdu. Ainsi les épreuves de purification subies après la chute ne les ramènent pas, en fait, exactement à l'état d'origine, mais à une plénitude encore plus grande, car l'expérience de la liberté les fait participer encore plus intimement à l'être de Dieu. Ainsi la "négativité" introduite par la rupture de l'unité, la séparation, l'aliénation, la chute dans le divers et le pluriel, est à travers la notion de liberté la source et la condition nécessaire d'une "positivité" encore plus grande. L'origénisme est le premier système de la pensée occidentale qui interprète la liberté de la créature se déployant dans les épreuves constitutives de l'histoire comme un achèvement du processus créateur.
Les thèses de l'origénisme qui ont été condamnées comme hérétiques par les Eglises chrétiennes sont notamment: la préexistence des âmes aux corps et la métempsychose; l'égalité de nature de tous les intellects, y compris le Christ; l'idée que le Christ est d'une nature inférieure à celle du Père; l'idée que la chute est due à la satiété de la contemplation; l'idée que la matière n'a pas été créée par Dieu (qu'on peut interpréter comme l'éternité de la matière, ou comme le fait qu'elle est une conséquence de la chute); l'apocatastase universelle, et donc le salut final de toutes les créatures, y compris les démons et les auteurs de péchés mortels; l'idée que tous les intellects sont semblables par nature, et donc entre autres non sexués.
