Miguel Indurain emmené par Gérard Rué à Arrens-Marsous le
Après une première semaine dominée par les sprinters, dont Mario Cipollini qui revêt le maillot jaune à l'issue du contre-la-montre par équipes, Miguel Indurain prend la tête du classement général dans la 9e étape, un long contre-la-montre individuel de 60 km. Bugno et Breukink limitent relativement bien les dégâts, tout comme Rominger qui cède près de trois minutes mais a eu le désavantage de courir sous un fort orage. Au moment d'aborder la montagne, Indurain possède donc une confortable avance sur ses rivaux.
La 10e étape, entre Villard-de-Lans et Serre Chevalier, apporte quelques enseignements. Dans le col du Télégraphe, Tony Rominger attaque et, si Indurain suit sans grand problème, Bugno, Breukink et Chiappucci passent à la trappe. À l'arrivée, Rominger s'impose devant Indurain et remonte à la cinquième place du classement général. Le lendemain, dans la grande étape des Alpes qui voit l'abandon de Laurent Fignon, le Suisse provoque une nouvelle fois la sélection et accroche une deuxième victoire d'étape consécutive, ainsi que le maillot à pois de meilleur grimpeur.
Les trois étapes pyrénéennes confirment la suprématie d'Indurain et de Rominger, mais marquent également la montée en puissance du Polonais Zenon Jaskuła qui s'impose à Saint-Lary-Soulan au terme de la 16e étape. Le lendemain, dans le col du Tourmalet, Indurain ne parvient pas à suivre l'attaque de Rominger et de Jaskuła, mais il revient sur eux dans la descente, aidé par le manque de collaboration entre les deux hommes. Finalement, l'Espagnol aura passé la montagne sans encombre.
Pourtant, l'ultime contre-la-montre voit la troisième victoire d'étape de Tony Rominger, décidément très fort. Sans le retard accumulé dans le contre-la-montre par équipes, le Suisse aurait été un adversaire redoutable pour Miguel Indurain. S'il ne peut pas espérer passer Indurain, Rominger en profite néanmoins pour prendre la deuxième place du classement général, devant la surprise polonaise Jaskuła, et se pose en prétendant pour 1994.
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