Proteopedia

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Logo de Proteopedia

URL proteopedia.org
Slogan La vie en 3D
Commercial Non
Type de site Encyclopédie en ligne
Langue(s) Anglais
Créé par Joel L. Sussman, Eran Hodis et Jaime Prilusky
Lancement 2007
État actuel En activité

Proteopedia est une encyclopédie en ligne, en anglais, présentant des images 3D, fonctionnant sur le principe des wikis. Elle traite des protéines et autres molécules relevant de la biologie.

Le site de l'encyclopédie propose une page pour chaque entrée du Protein Data Bank (plus de 77 000 pages), mais aussi des pages concernant la description des structures des constituants des protéines au sens large et des articles annexes portant par exemple sur les acétylcholinestérases, l’hémoglobine ou le Photosystème II. Ces descriptions 3D utilisent des images élaborées via Jmol, une applet Java. Les images mettent en évidence les emplacements fonctionnels (appelés sites) et les ligands (molécules avec leurs liaisons).

Le site utilise un outil de réalisation de représentations 3D qui fait que les auteurs n’ont pas à apprendre le langage de script de Jmol pour créer des représentations personnalisées de molécules. Les contributeurs peuvent facilement relier les emplacements fonctionnels (appelés les sites) et les ligands dans chacune de ces représentations par des liens verts qui apparaissent dans le texte de description sous la vue 3D. En cliquant sur un lien vert, les éléments correspondants sont mis en évidence dans la vue en 3D.

On n’a besoin que d’un navigateur internet pour accéder au site et aux informations 3D, il n’est pas nécessaire de télécharger et d’installer une visionneuse. Tout le contenu est gratuit sous couvert du respect de la licence de documentation libre GNU.

Proteopedia est hébergée au Israel Structural Proteomics Center à l’Institut Weizmann.

L’Award 2010 a été décerné à Proteopedia en tant que meilleur site Internet par le mensuel The Scientist: Magazine of Life Sciences (en).

Références[modifier | modifier le code]

Voir aussi[modifier | modifier le code]

Liens externes[modifier | modifier le code]